actograma package:unknown Documentation
PLOTAGEM DE RITMOS BIOLÓGICOS NA FORMA DE ACTOGRAMA
Descrição:
Função para retornar graficamente dados biológicos ritmicos no formato típico de
actograma, comumente utilizado na área de estudos cronobiológicos. O actograma
permite combinar os dados de um mesmo indivíduo a diferentes regimes ambientais
de fotoperíodo (obrigatório) e de temperatura(opcional). Além do gráfico, a função
retorna o número de dias presente no actograma gerado e uma tabela detalhando os
regimes cícilos de claro-escuro e de quente-frio declarados para cada data.
Uso:
actograma(data_hora, ritmo, n.linhas, Ei, Ef, Fi=rep("00:00:00",n.linhas),
Ff=rep("00:00:00",n.linhas))
Argumentos:
data_hora: Vetor contendo valores de data e hora no formato de 'time stamp'
(mês/dia/ano hora:minutos:segundos).
ritmo: Vetor contento valores numéricos positivos da variável biológica
ritmica observada para cada data_hora.
n.linhas: Valor numérico equivalente à posição da última observação contida no
conjunto que deve ser incluído no actograma.
Ei: Vetor contendo os horários de início de escuro para cada observação, no
formato "hh:mm:ss".
Ef: Vetor contendo os horários de término de escuro para cada observação, no
formato "hh:mm:ss".
Fi: (Opcional) Vetor contendo os horários de início de frio para cada observação,
no formato "hh:mm:ss". Quando não informado, assume-se valores "00:00:00".
Ff: (Opcional) Vetor contendo os horários de término de frio para cada observação,
no formato "hh:mm:ss". Quando não informado, assume-se valores "00:00:00".
Detalhes:
O argumento n.linhas pode ser utilizado para selecionar um conjunto dos dados
desejados, tendo-se em mente que como trata-se de dados temporais em sequência,
n.linhas se refere à quantidade de observações contidas no intervalo 1:n.linhas,
ou seja, sempre a partir da primeira observação fornecida.
Caso não sejam fornecidos valores para Fi nem Ff, assume-se um regime de tempera-
tura constante e o actograma é gerado com as barras referentes aos valores do
ritmo na cor preta. Na tabela de detalhamento das condições utilizadas, esse tipo
de regime é indicado como Q:F 24:0.
É possível indicar trechos de temperatura constante utilizando valores iguais para
Fi e Ff. Dessa forma, pode-se combinar num mesmo actograma regimes térmicos cons-
tantes e cíclicos.
Da mesma forma para regimes fotoperiódicos (de claro-escuro), é possível indicar
regime de claro contante ao utilizar valores iguais para Ei e Ef, regime de escuro
constante ao utilizar Ei="00:00:00" e Ef="23:59:59", ou regime de claro-escuro
cíclico de acordo com os horários indicados de início e término para cada data.
Também é possível combinar diferentes condições utilizadas num mesmo actograma.
Valores retornados:
Actograma duplo do ritmo indicado, representado na forma de barras, combinado a
regimes de fotoperíodo e temperatura detalhados pelo usuário.
Tabela com detalhamento do regime de claro-escuro descrito para cada dia do acto-
grama, combinado ao regime de quente-frio quando inserido pelo usuário.
Avisos:
Valores negativos para o vetor de ritmo são permitidos, embora não sejam represen-
tados no gráfico e gerem uma mensagem de aviso.
Todas as observações de uma mesma data devem conter os mesmos horários para Ei,
Ef, Fi ou Ff. A fim de permitir maleabilidade de regimes claro-escuro e quente-
frio em um mesmo actograma, a inserção correta fica a cargo do usuário.
Em caso de inserções incorretas, podem haver falhas gráficas no actogtama sem
que haja avisos.
A fim de permitir melhor visualização de padrões, as larguras das barras que
representam o ritmo no actograma estão configuradas para abranger 500 segundos
na escala de 24 horas. Em caso de sobreposição de dados nesse intervalo, o acto-
grama é gerado com mensagens de aviso.
Caso algum dos argumentos seja inserido incorretamente, a função é interrompida
e traz uma mensagem de erro.
Autores:
Beatriz Foganholi Fernandes
e-mail: beatriz.foganholi.fernandes@usp.br
beatrizfernandes.bff@gmail.com
Referências:
MARQUES, M. D.; GOLOMBEK, D.; MORENO, C. Adaptação Temporal. In: MARQUES, N. &
MENNA-BARRETO, L. Cronobiologia: princípios e aplicações. São Paulo: Editora
Universidade de São Paulo, 1999. p.45-62.
Exemplos:
#Representando um actograma com quatro dias, com seis observações equidistantes
#de ritmo em cada, e diferentes condições de regime claro-escuro e quente-frio:
#Seis horários equidistantes em quatro datas (totalizando 24 observações).
data_hora <- c("03/29/1995 00:00:00", "03/29/1995 04:00:00",
"03/29/1995 08:00:00", "03/29/1995 12:00:00",
"03/29/1995 16:00:00", "03/29/1995 20:00:00",
"03/30/1995 00:00:00", "03/30/1995 04:00:00",
"03/30/1995 08:00:00", "03/30/1995 12:00:00",
"03/30/1995 16:00:00", "03/30/1995 20:00:00",
"03/31/1995 00:00:00", "03/31/1995 04:00:00",
"03/31/1995 08:00:00", "03/31/1995 12:00:00",
"03/31/1995 16:00:00", "03/31/1995 20:00:00",
"04/01/1995 00:00:00", "04/01/1995 04:00:00",
"04/01/1995 08:00:00", "04/01/1995 12:00:00",
"04/01/1995 16:00:00", "04/01/1995 20:00:00")
#24 valores aleatórios para ritmo.
ritmo <- c(abs(rnorm(n=24, mean=10, sd=9)))
#1º dia com regime de claro constante, 2º dia com escuro entre 6h e 18h,
#3º dia com escuro entre 18h e 6h, 4º dia com escuro constante.
Ei <- c(rep("00:00:00",6),rep("06:00:00",6),rep("18:00:00",6),rep("00:00:00",6))
Ef <- c(rep("00:00:00",6),rep("18:00:00",6),rep("06:00:00",6),rep("23:59:59",6))
#1º dia com regime de temperatura constante, 2º dia com frio entre 6h e 18h,
#3º dia com frio entre 18h e 6h, 4º dia com frio entre 4h e 20h.
Fi <- c(rep("00:00:00",6),rep("06:00:00",6),rep("18:00:00",6),rep("04:00:00",6))
Ff <- c(rep("00:00:00",6),rep("18:00:00",6),rep("06:00:00",6),rep("20:00:00",6))
#Executando a função para todos os dados e regimes:
actograma(data_hora=data_hora,ritmo=ritmo,n.linhas=24,Ei=Ei,Ef=Ef,Fi=Fi,Ff=Ff)
#Executando a função para todos os dados sem fornecer Fi nem Ff:
actograma(data_hora=data_hora,ritmo=ritmo,n.linhas=24,Ei=Ei,Ef=Ef)
#Executando a função para os 3 primeiros dias, com todos os regimes:
actograma(data_hora=data_hora,ritmo=ritmo,n.linhas=18,Ei=Ei,Ef=Ef,Fi=Fi,Ff=Ff)
#Executando a função para os 3 primeiros dias, sem fornecer Fi nem Ff:
actograma(data_hora=data_hora,ritmo=ritmo,n.linhas=18,Ei=Ei,Ef=Ef)