evol package:unknown R Documentation
SIMULAÇÃO DE DERIVA GENÉTICA OU SELEÇÃO NATURAL
Description:
Função para simular a trajetória das frequências alélicas de um gene bialélico usando
um modelo de deriva genética ou de seleção natural. Os modelos possuem argumentos em
comum e outros específicos de cada um deles. A função fornece um gráfico com as
trajetórias individuais de cada população, um histograma com as frequências alélicas
finais e, opcionalmente, a probabilidade de uma frequência alélica final específica.
Usage:
evol (mod, gen, f, pop, N, wAA, wAa, waa, p = FALSE)
Arguments:
mod: Um caráter indicando o modelo a ser usado na funcao: "d" para deriva genética e
"s" para seleção natural.
gen: Número inteiro maior do que zero indicando o número de gerações a serem
simuladas.
f: Número no intervalo 0 <= f <= 1 indicando a frequência alélica inicial - i.e.:
f(A) ou p. No modelo de seleção natural, f deve ser um vetor com as frequências
alélicas iniciais a serem simuladas.
pop: Número inteiro maior do que zero indicando o número de populações a serem
simuladas. No modelo de seleção natural, pop indica o número de populações a serem
simuladas por frequência alélica inicial.
N: Número inteiro maior do que zero indicando o tamanho populacional.
wAA: Número no intervalo 0 <= wAA <= 1 indicando o valor adaptativo relativo do
genótipo AA.
wAa: Número no intervalo 0 <= wAa <= 1 indicando o valor adaptativo relativo do
genótipo Aa.
waa: Número no intervalo 0 <= waa <= 1 indicando o valor adaptativo relativo do
genótipo aa.
p = Número no intervalo 0 <= p <= 1 com a frequência alélica final a ser testada.
O valor de p é arredondado para uma casa decimal.
Details:
Para o modelo de deriva genética (mod = "d"), os seguintes argumentos devem ser
fornecidos: mod, gen, f, pop e N. Para o modelo de seleção natural (mod = "s"), os
seguintes argumentos devem ser fornecidos: mod, gen, f, pop, wAA, wAa e wAa.
No modelo de seleção natural, f deve ser um vetor com as frequencias alélicas
iniciais a serem simuladas. O valor de pop indica o número de populações que será
simulado para cada uma das frequências alélicas iniciais de f.
Se p != FALSE, a probabilidade de uma frequência alélica final p é calculada. Para
isso, ao fim das simulações, é verificado quantas populações apresentam a frequência
alélica final p.
Value:
Gráfico de linhas com as trajetórias individuais das frequências alélicas de cada
população.
Histograma com a distrobuição das frequências alélicas finais.
Se p != FALSE, valor da probabilidade da frequência alélica final p.
Warning:
Se algum dos argumentos for inserido incorretamente, a função não é executada.
No modelo de deriva genética, o valor de p é uma probabilidade baseada em simulações
e, portanto, pode diferir da solução analítica.
Para valores altos de gen, pop ou N a função pode requerer alguns minutos para ser
executada.
Author(s):
Carolina de Athayde Mendonça
e-mail: carol.mendonca.bio@gmail.com
References:
RIDLEY, M. Evolution. Oxford: Blackwell Science Ltd, 2006. 752 p.
Examples:
evol (mod = "d", gen = 100, f = 0.5, pop = 10, N = 100, p = FALSE)
evol (mod = "d", gen = 10, f = 0.3, pop = 20, N = 100, p = 0.5)
freq = c (0, 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1)
evol (mod = "s", gen = 100, f = freq, pop = 10, wAA = 1, wAa = 1, waa = 0.9, p = FALSE)
evol (mod = "s", gen = 100, f = freq, pop = 10, wAA = 0.8, wAa = 1, waa = 0.8, p = 0.5)