explor.an                packages: MASS, vegan               R Documentation

Função que realiza um conjunto de análises exploratórias a partir de dados 
quantitativos das espécies por paisagem e do gradiente numérico das variáveis ambientais. 

Description:

Produz um data frame com o número total de indivíduos por paisagem, o número de 
espécies/paisagem e as proporções de indivíduos e espécies por paisagem - que pode 
ser escrito como um arquivo 'csv' no diretório de trabalho. A função também resulta 
em um gráfico da distribuição da abundância ponderada das espécies de acordo com 
o gradiente da variável selecionada pel@ usuári@ das paisagens.

Usage:

explor.an(x, y, tabela=TRUE, graph=TRUE)
    

Arguments:

 x: data frame com dados numéricos do número de espécies.
 y: data frame com dados numéricos do gradiente da variável ambiental.
 tabela: cria arquivo csv no diretório de trabalho.
 graph: cria o gráfico de distribuição de espécies

Details:

Os valores da amostra (x) são ordenados e plotados contra os quantis esperados para uma
distribuição normal com média e desvio padrão iguais aos da amostra. A linha esperada tem
inclinação um e intercepto zero, e difere da obtida com a função 'qqline', que passa pelos
segundo e terceiro quartis.
Para o intervalo de confiança, nrep amostras de mesmo tamanho de x são simuladas de uma
distribuição normal de mesma média e variância de x. Os valores em cada amostra simulada 
são ordenados e o intervalo de confiança é aquele que inclui a proporção dos valores
simulados definida por alfa. Estes intervalos são obtidos aplicando-se a função 'quantile'
aos nrep valores simulados do primeiro, segundo, terceiro, enésimo valor do vetor ordenado.
 

Value:
 Um gráfico é gerado. Um data frame é retornado mas não é exibido na tela, com os 
 seguintes vetores:
Obs : valores da amostra em ordem crescente
Percentis: os percentis correspondentes a cada elemento de x
Quantis: os quantis esperados pela distribuição normal
Lower, Upper: se o argumento ci é verdadeiro, os limites inferior e superior do intervalo de confiança simulado.

Warning:

O intervalo simulado não é uma solução analítica e serve apenas para fins exploratórios.

Author(s):

Pâmela Friedemann

pfriedemann@usp.br


References:
 
 Cleveland, W.S. (1994) The Elements of Graphing Data, Hobart Press ISBN 0-9634884-1-4

 Wilk, M.B., Gnanadesikan, R. (1968) Probability plotting methods for the analysis of data.

 Normal probability plot. http://en.wikipedia.org/wiki/Normal_probability_plot


See Also:

'qqnorm' e 'qqline' do pacote base, para o gráfico de quantil padrão do R, e a função
'ppoints', com a qual os percentis são calculados. 

Examples:

    qqnorm.ci(rnorm(100)) ## Uma amostra de uma normal padronizada.
    
    qqnorm.ci(rexp(100, rate=10)) ## Amostra de uma distribuição exponencial com média =10
      
    valores <- qqnorm(rpois(30,5)) ## Cria um objeto com os valores do gráfico