====== Reunião 15 ======

=== Ale, 23 de maio de 2016 ===
Pautas

__O que fiz__
  * defini dp e número de ciclos para as próximas simulações (dp = 500 e ciclo = 3e5) a partir de simulações-teste (explicar que as simulações eram interrompidas precocemente)
       * extremo 1 sp com evolução: hipercubo {xi0 (1 a 5000), dist.pos (1 a 3e5), dist.int (0 a 1) }/ fixos {S (1), j (5000), dp (500), ciclo (3e5), step (100)}
       * extremo várias spp sem evolução: hipercubo {S (5 a 500), dist.pos (1 a 3e5), dist.int (0 a 1)} /  fixos {xi0 (1 a 5000), j (round(5000/S)), dp (0), ciclo (3e5), step (100)}
       * várias spp com evolução: hipercubo {S (5 a 500), xi0 (1 a 5000), dist.pos (1 a 3e5), dist.int (0 a 1)} / fixos {j(round(5000/S)), dp (500), ciclo (3e5), step (100)}
  * modifiquei simula_input para fixar o dp em todas as simulações (e não colocar no hipercubo)
  * modifiquei código de simula.neutra.step para gravar o número de mortes cumulativo
  * modifiquei o código de simula_ouput para olhar pro tempo de 1 (ou mais) gerações
  * modifiquei o código de simula_output para acrescentar análises por espécies (média das médias, média das variâncias, etc) e também "taxa de mudança" da estratégia (diferença entre estratégias final e inicial / estratégia inicial)
  * modifiquei código de simula.neutra.step para retirar o trade-off, rodei algumas simulações e interpretei
  * modifiquei o código de simula.neutra.step para gerar caracter "neutro" e rodei algumas simulações
  * modifiquei o código de simula.neutra.step para aceitar indivíduos com valores diferentes de estratégia de vida inicial
  * entendi problema do servidor (RStudio)
  * paralelizei o código com os pacotes "plyr" e "doMC"

__O que vou fazer__

1
  * interpretar melhor simulações com caracter neutro
2
  * resolver dúvidas código
       * manter cálculo inicial de 1/J para a probabilidade de morte dos indivíduos?
       * usar o xi0 mín ou o xi0 máx no cálculo de X no código modificado para aceitar spp com diferentes estratégias iniciais? (escolha atual: xi0 min)
       * o fato de termos sempre gerado simulações em que as spp nunca estão no extremo r (já que X é xi0J) pode resultar/enviesar alguma coisa?
       * por que na hora de selecionar o papi, vcs não escolheram diretamente do banco de sementes? Isso é prejudicial pra galera r dentro de cada espécie, não? Devo mudar isso?
  * olhar pacote "parallel" para outra opção de paralelização
  * fazer marcação no código para que eu saiba como está o andamento das simulações
  * **rodar simulações (extremos) no servidor**
  * realizar SBMA para saber se o número de simulações foi o suficiente
3
  * pensar em como operacionalizar coexistência (ou melhor: diversidade de estratégias)
  * pensar sobre olhar para vários tempos (em gerações) para garantir que a mudança na média e na variância das estratégias esteja indo sempre para a mesma direção
  * reduzir número de variáveis operacionais
4
  * ler sobre contexto teórico!

__Outros__
  * Curso Unicamp

Ata
  * Gerais:
     * criar função geral com argumento lógico para trade-off (demônio de Darwin) e para prop/ciclo (caracter neutro)
     * rodar simulações (com valores de parâmetros acima!) no Ábacus
     * colocar dados no servidor do Labtrop!
     * depois de fazer as análises exploratórias das novas simulações, escolher as variáveis operacionais (output) mais informativas
     * olhar para vários tempos (em tempos de geração) para simulações mais interessantes (não é necessário fazer pra todas)
  * Dúvidas:
     * usar o xi0 mín ou o xi0 máx no cálculo de X no código modificado para aceitar spp com diferentes estratégias iniciais? Resposta: usar xi0 mín. Possível problema: dar pau caso o xi0 máx seja maior que o J. Solução: Colocar no argumento apenas a opção de escolher o xi0 mín (o xi0 máx seria dado por xi0J).
     * manter cálculo inicial de 1/J para a probabilidade de morte dos indivíduos? Resposta: não. 
     * o fato de termos sempre gerado simulações em que as spp nunca estão no extremo r (já que X é xi0J) pode resultar/enviesar alguma coisa? Resposta: talvez. Se resolvermos o problema de não calcularmos pi como 1/J, podemos colocar X como um argumento.
     * [Resumo (o que faz sentido disso tudo, já que tem coisas acima que não fazem sentido): criar um argumento X!]
  * Dicas:
     * editor de texto: kate (tem integração com o R)
     * R Markdown (RStudio) - pacote: knit
  * Extras:
     * Curso Unicamp: fazer últimos dois dias (2 e 3 de junho)
  * O que faltou falar:
     * por que na hora de selecionar o papi, vcs não escolheram diretamente do banco de sementes? Isso é prejudicial pra galera r dentro de cada espécie, não? Devo mudar isso?
     * pensar em como operacionalizar coexistência (ou melhor: diversidade de estratégias)

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