====== Desempenho versus atributos ======

=== Pergunta ===
Os atributos coletados são realmente funcionais (segundo definição de Violle), ou seja, determinam o desempenho dos indivíduos?

=== Estratégia ===
Retirar o sinal filogenético (PICs) e ver se há um atributo ótimo para a região. Isso pode ser feito atributo
por atributo, ou utilizar o mesmo método do Pillar: testo a correlação entre uma matriz de similaridade
baseada nos atributos medidos (Sb) e uma matriz de similaridade feita com base em algumas medidas de desempenho
como taxa de crescimento e mortalidade, densidade, dominância etc (Sd), extraindo o efeito da matriz de similaridade 
filogenética (Sf). Esse procedimento é conhecido como correlação parcial de Mantel.


=== Dados ===
^matriz^arquivos^detalhes^
|F|{{f4.txt|F4}}|spp X variáveis categóricas filogenéticas|
|B|{{b4.txt|B4}}|spp X atributos vegetativos|
|D|{{d4.txt|D4}}|spp X medidas de desempenho (N,AB,F,TC,TR,TM)|

=== Scripts ===
{{latest.rdata|Latest}}
{{des_cf.r|des.cf}}
{{rotina.mantel.r|mantel?}}

=== Resultados ===
O teste foi feito através de permutações das matrizes de distância (Gower) Dd (distância entre as espécies
calculadas com base em medidas de desempenho) e Df (distâncias filogenéticas entre as espécies).
Foram feitas 9999 simulações das quais foram calculadas os módulos das quatro correlações (roBD,roDF,roBF e roBD.F).
Os resultados mostram que não há correlação entre os atributos e o desempenho no nível do pool de espécies
(ro(BD.F)). Contudo há um sinal filogenético nos atributos (ro(BF)) e no desempenho (ro(DF)) das espécies 
analisadas no nível do pool de espécies.
Concluindo: o conjunto de atributos não é funcional, ou seja, não afeta o desempenho das espécies que os 
possuem. A filogenia, no entanto, pode explicar tanto os atributos (conservação de nicho), quanto o desempenho
das espécies analisadas. Isto quer dizer que há outras características inerentes às famílias ou gêneros que
podem explicar o desempenho das espécies.

^        ^Correlação ^p      ^
|ro(BD)  |-0.007     |0.52   |
|ro(BF)  |0.031      |0.002 * *|
|ro(DF)  |-0.02      |0.03 *  |
|ro(BD.F)|-0.01      |0.56   |


=== Otimização ===
O conjunto de atributos que maximizou a relação entre atributos e desempenho no nível do pool de espécies 
foi: **mh** (roBD.F=0.08154793; p=0.0475 *).


Quando considerados separadamente os atributos apresentaram os seguintes ros:
^Atributo^roBF^roBD.F^
|SLA |0.011|0.009|
|LS  |0.042|0.003|
|LDMC|0.008|0.054|
|LTS |0.028|0.011|
|LT  |0.032|0.011|
|MH  |0.067|0.082|
|WD  |0.005|0.020|



{{ro_bd.f.jpeg?400|ro(BD.F)}}
{{rel.causais.jpg?300|}}
=== Correções ===
  - Como as taxas de crescimento, mortalidade e recrutamento foram medidas para toda a área do PDBFF, assim deve ser para as outras medidas de desempenho (N, ab e freq).
  

==== Índices de desempenho ====
Um momento crítico é a escolha de um parâmetro que corresponda ao desempenho das espécies no local de estudo.
Temos à disposição a área basal, o número de indivíduos e a presença/ausência nas 225 subparcelas do Cabo Frio.
Há 3 formas clássicas de se medir o desempenho de espécies de árvores em um local, cada uma delas medindo uma
forma de desempenho (relativa se refere à divisão pela soma com os valores de todas as outras espécies):
  - Densidade relativa: Nº de indivíduos da spA / Nº total de indivíduos (todas as espécies)
  - Dominância relativa: soma da área basal da spA / área basal total (todas as espécies)
  - Frequência relativa: % de subparcelas em que a spA está presente / soma das % (todas as espécies)

Uma opção é o clássico valor de importância, onde simplesmente somamos as três medidas relativas (VI=dR+DR+fR).
Um problema é com a frequência: uma vez que a parcela é contínua, é claro que quanto maior o número de 
indivíduos de uma espécie, maior será o número de subparcelas onde ela estará presente. Espero, portanto, que 
densidade e frequência estejam fortemente correlacionadas. Da mesma forma, a área basal total de uma espécie 
deve estar relacionada ao número de indivíduos, novamente por uma razão meramente metodológica: como apenas 
entram na amostra indivíduos com pelo menos 10cm de DAP, quanto maior o número de indivíduos de uma espécie, 
maior a soma de área basal daquela espécie. Veja no gráfico como é criado um valor mínimo em função do número 
de indivíduos.

Outra opção é o índice de área de cobertura (IAC=dR*DR). Este índice é bom porque não usa frequência, mas 
isso quer dizer que fica um lado do desempenho (a dispersão) de fora. Talvez uma solução seja calcular um 
valor de importância da seguinte forma: VI2=DR+0.5*dR + 0.5*fR . Agora frequência e densidade ganham peso 
1/2, já que estão altamente correlacionadas, mas não querem dizer o mesmo. Somadas elas tem o mesmo peso da
dominância, o que no fim das contas deve resultar em um valor relacionado com o IAC. Será? Vou testar!

=== Cabo Frio ===

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