==Melhorias (future)== - filogenia das famílias com mais de dois gêneros (Sapo, Faba, Lecy) - calcular abundância das espécies da lista para toda a área ====== Sinal filogenético no pool de espécies ====== Qual o peso da filogenia nos atributos funcionais das espécies? === Método === SYNCSA === Dados === ==B== A planilha de atributos funcionais (médias por espécie, exceto MH) foi modificada da seguinte forma: - Só foram considerados como entradas válidas atributos cujo cálculo fosse baseado em pelo menos 3 (para efeito de comparação a análise também será feita com níveis de corte variando entre 1 e 6) coletas (exceto MH); em vez de "NA" foi utilizado o valor **-999** (padrão Syncsa). - Foram excluídos atributos reprodutivos. - O único atributo categórico (divisão do limbo foliar) foi transformado em binário (simples - 0 e composta - 1). ==W== Para esta análise foi considerada uma única grande comunidade. Os valores de desempenho usados foram a área basal (os mesmos valores que estão na planilha do diversus: plots 1, 3, 7 e 9). Essa matriz W não deve importar, afinal ela não entra no cálculo do sinal filogenético no pool de espécies (PSS, segundo Pillar et al. 2010 EcoLetters). PSS é calculado através da correlação entre as matrizes de similaridade filogenética (Sf) e funcional (Sb). ==Sf== As relações filogenéticas, baseadas no phylocom e em artigos especializados, foram transformadas em uma matriz categórica (ver Pillar et al. 2010 EcoLetters) seguindo os seguintes passos: - Atribui a espécies de um mesmo gênero os mesmos valores (e.g.: Protium hebetatum - 1, Protium tenuifolium - 1, Guarea convergens - 2, Pouteria anomala - 3, Pouteria macrophylla - 3). Espécies de mesmo gênero terão então as mesmas distâncias, a menos que as relações filogenéticas dentro do gênero já estejam estabelecidas. - Atribui diferentes códigos para gêneros de diferentes famílias ou sub-famílias (e.g.: Abarema - 1, Zygia - 1, Pouteria - 2, Manilkara - 2, Couratari - 3, Eschweilera - 3). As informações disponíveis no phylomatic geralmente dão conta a partir de famílias. - As relações a partir de famílias foram baseadas do APGIII (automaticamente pelo phylomatic). - A atribuição de valores acaba quando restam apenas dois grandes grupos: Magnoliales e o resto. Depois de feita a planilha que chamei de //F_gower// (o índice usado para calcular a similaridade é o de Gower), uso o script //arv// no R (pacote vegan) e obtenho a matriz de similaridade **Sf**. ==Arquivos== ^arquivos^detalhes^ |{{f_gower.txt|F}}|matriz com variáveis filogenéticas nominais| |{{p.txt|P}}|filogenia no formato newick| |{{sf.txt|Sf}}|phylomatic + classificação (gen e fam)| |{{bw.xls|BW}}|diversus-Manaus (as matrizes B e W estão no mesmo arquivo)| |{{spp.txt|spp}}|nomes das espécies| |{{info.txt|INFO}}|detalhes da execução do programa| |ORDEN| ---- === Scripts do R=== ^.R^detalhes^ |{{arv.r|}}|transforma o arquivo newick em umamatriz de similaridade filogenética| |{{orden.r|orden}}|gráfico da ordenação| ---- === Resultados === Os sinais (PSS) foram calculados usando-se diferentes números mínimos de réplicas cujas médias foram usadas para calcular os atributos foliares. As randomizações foram feitas com base em uma mesma raiz (seed=125). ^Sinal filogenético^^^^ ^Corte((Neste caso o corte se refere à transformação de atributos calculados com base em poucas réplicas em NA.))^ro(BF)^p(10000X)^ |n>=1|0,0355948|0,1786| |n>=2|0,0173957|0,4868| |n>=3|0,0169503|0,4905| |n>=4|0,0310049|0,1841| |n>=5|0,0426072|0,0608| |n>=6|0,0520978|0,0204*| ^Sinal filogenético^^^^ ^Corte((Aqui o corte é de espécies que não possuam alguns dos atributos. Corte: n=3 .))^ro(BF)^p(10000X)^ |a>=1|Deve ser igual a n>=3 da tabela acima!|| |a>=2|0,0486999|0,0589| |a>=3|Não há espécies com apenas 3 atributos viáveis|| |a>=4|0,0885694|0,0124*| |a>=5|0,0880518|0,0144*| |a>=6|0,0867446|0,0155*| |a>=7|0,130979 |0,0026*| {{pool.rar|todos os arquivos (19/09/10)}} ---- == Otimização== Quais atributos são mais conservados filogeneticamente? O conjunto de atributos que resultou num maior roBF(=0.07949631) foi: sla, ldmc, mh e wd, seguido do conjunto sla, ls, ldmc, lts e wd (roBF=0.07914028;p=0.63). A conferir esses resultados com análises individuais dos atributos! Agora o conjunto de atributos que menor correlação tiveram com a filogenia (roBF=0.0005451079): sla, ldmc e lts. ---- ==Ordenação== - incluir abundância/área basal/frequencia gerais em toda a área de estudo (?) {{ord.sppatr.fam.jpeg?300|}} {{ord.sppatr.e13.jpeg?300|}} {{ord.sppatr.e23.jpeg?300|}} {{ord.sppatr.jpeg?300|}} {{ord.sppatr.viaj.jpeg?300|}} {{b4.txt|b4}} {{spp.ord.txt|spp.ord}} {{scores.ord.sppatr.txt|scores}} {{prinda_ord.sppatr.txt|prinda}} {{ord_spp-atr.txt|coordenadas}} {{ord.sppatr.var.pdf|orden1}} {{ord.sppatr.fam.pdf|orden2}} {{ord.sppatr.abcf.pdf|orden3}} ---- ==== Problemas ==== Há dois tipos de cortes que podem ser feitos quanto aos atributos: - Como os atributos com que trabalhamos se referem à média de alguns indivíduos amostrados, quando o número desses indivíduos é baixo, não temos uma boa representação. Neste caso podemos não considerar o atributo, mas manter a espécie. No lugar do valor entra um NA (no caso do programa deve ser -999). - Um segundo corte poderia ser ao nível da espécie: uma espécie com poucos atributos disponíveis ou **viáveis** representará um ruído desnecessário à análise. - Há atributos que estão muito relacionados à filogenia, como a divisão do limbo foliar em unidades menores. - Altura máxima deve ser tratada como variável categórica? ==== Soluções ==== - Vamos adotar o seguinte critério: apenas serão considerados atributos com pelo menos **3** réplicas. - Só entrarão na análise espécies que contenham pelo menos **4** atributos viáveis. - Atributos obviamente relacionados com a filogenia não serão considerados. - Altura máxima será tratada como categórica ordinal. ==== Impressões ==== * Quanto menos espécies, maior o sinal filogenético. * Atributos altamente relacionados com a filogenia (limbo foliar) inflam o sinal filogenético. ==== Discussão ==== Há um sinal filogenético no pool de espécies (p<0,02), porém ele é muito fraco (ro(BF)<0,09).