====== O mundo Neutro é K estrategista ======

===== Usando o R-cloud =====
Estou usando o cloud do European Bioinformatic Institute (EBI) que roda o R no cluster deles.
 --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo]] 2011/03/07 00:04//
  * Veja informações sobre o serviço online de uso de cluster R para as simulações
    * [[http://www.ebi.ac.uk/Tools/rcloud/]]
  * Estou usando a interface java para acessar o projeto: 
      * {{jaws.jnlp|}}
      * 
===== IDÉIAS =====
 --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo]] 2011/03/12 15:26//
  * Rodar modelos sem variação para ver se emergem K estrategistas quando não há variação 
  * Aumentar o cv para verificar se há uma estabilização da coexistência de estratégias distintas (K & R) e qual o limiar de variação necessária...



Rodei quatro simulações com as seguintes combinações de parâmetros: 
  - padrão  1: S= 100, j=10, X=1.000,  cv=0.1, ciclo=1e6, step=100
  - cenario 2: S= 100, j=10, X=10.000, cv=0.1, ciclo=1e6, step=100 ((aumento de propágulos: a média de 1 por ciclo permite pouca variação, mesmo com aumento do cv))
  - cenário 3: S= 100, j=10, X=10.000, cv=0.4, ciclo=1e6, step=100 ((aumento do cv 4x))
  - cenário 4: S= 100, j=100, X=100.000,cv=0.4, ciclo=1e6, step=100 ((aumento do j))
 

===== Rodando simulações no R-cloud =====
--- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo]] 2011/03/07 00:04//

===== Resultados =====
==== Número de Espécies ====

A figura abaixo reporta o número de espécies por iteração:

{{nulo_spp1.jpeg?500|}}
  - HÁ PERDA DE ESPÉCIES TENDENDO A UMA ESTABILIZAÇÃO COM COEXISTÊNCIA
  - O AUMENTO NO NÚMERO DE PROPÁGULOS PRODUZIDOS EM MÉDIA POR INDIVÍDUO RETARDA A PERDA DE ESPÉCIES
  - O AUMENTO DO CV. TAMBÉM! 
  - O SISTEMA ESTABILIZA COM MAIOR NÚMERO DE ESPÉCIES QUANDO COMEÇA COM POPULAÇÕES MAIORES

=== Distribuição de Abundância ===
Abaixo está a distribuição de abundância das quatro simulações: situação inicial (neutra) é apresentada em verde e a final em vermelho. As curvas azuis são de situações intermediárias ao longo da simulação. Há clara trajetória ao longo das simulações, não verifiquei nenhuma trajetória erratica.
  

{{abund1.jpg?800 |}}


==== 04 maio 2011 ====
Rodando no Rcloud:

<code> 
### Simulações de Cenários Nulos ####
## 04 de maio de 2011
#S =  número de espécies da comunidade : inteiro positivo
#J =  número de indivíduos da comunidade (tamanho da comunidade): inteiro positivo
#xi =  número de propágulos que o indivíduo i produz por intervalo
#cv =  proporção de variação na produção de propágulos em relação a sua esperança: real positivo
#X =  total de propágulos que um indivíduo produz (esforço reprodutivo total): inteiro positivo

### Aumentando o número de indivíduos da comunidade
## Já rodados:
# padrão 1: S= 100, j=10, X=1.000, cv=0.1, ciclo=1e6, step=100
# cenario 2: S= 100, j=10, X=10.000, cv=0.1, ciclo=1e6, step=100 
# cenário 3: S= 100, j=10, X=10.000, cv=0.4, ciclo=1e6, step=100 
# cenário 4: S= 100, j=100, X=100.000,cv=0.4, ciclo=1e6, step=100

## A PARTIR DO CENÁRIO 2 VARIANDO O CV:
# cv=0.01
sn_cv0.01=simula.neutra.step(S=100, j=10,X=10000, cv=0.01, ciclo=1e6, simula=100)
# cv=0.05
sn_cv0.05=simula.neutra.step(S=100, j=10,X=10000, cv=0.05, ciclo=1e6, simula=100)
# cv=0.15
sn_cv0.15=simula.neutra.step(S=100, j=10,X=10000, cv=0.15, ciclo=1e6, simula=100)
# cv=0.3
sn_cv0.3=simula.neutra.step(S=100, j=10,X=10000, cv=0.3, ciclo=1e6, simula=100)
# cv=0.6
sn_cv0.6=simula.neutra.step(S=100, j=10,X=10000, cv=0.6, ciclo=1e6, simula=100)
# cv=0.9
sn_cv0.9=simula.neutra.step(S=100, j=10,X=10000, cv=0.9, ciclo=1e6, simula=100)
# cv=1.2
sn_cv1.2=simula.neutra.step(S=100, j=10,X=10000, cv=1.2, ciclo=1e6, simula=100)
# cv=1.6
sn_cv1.6=simula.neutra.step(S=100, j=10,X=10000, cv=1.6, ciclo=1e6, simula=100)
# cv=2.0
sn_cv2.0=simula.neutra.step(S=100, j=10,X=10000, cv=2, ciclo=1e6, simula=100)
</code>