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====== SYNCSA-R ======
Esta página é uma área restrita destinada ao desenvolvimento do projeto SYNCSA-R. Sinta-se à vontade para editá-la sempre que for preciso. Abaixo criamos uma área pessoal para cada membro ter mais liberdade para postar arquivos, idéias, artigos etc. O Wiki é bem fácil de usar, mas qualquer problema é só entrar em contato.

===== News =====

  * Atualização das funções, arquivo na área pessoal do Vanderlei. --- //[[vanderleidebastiani@yahoo.com.br|Vanderlei Debastiani]] 2011/01/13 17:47//
  * Atualização das funções. Foram escritas as funções de maximização de atributos para TCAP, TDAP e TCAP and TDAP. Arquivos na área pessoal do Vanderlei.  --- //[[vanderleidebastiani@yahoo.com.br|Vanderlei Debastiani]] 2011/03/01 15:24//

===== Lista de funções =====
  - Entrada de dados
    - B
    - W
    - E
    - F
  - Transformações
    - T
    - Q
    - P
    - U
    - X
  - Correlações
    - TE
    - XE.T
    - BF
    - PE
    - PT
    - PX.T
    - TE.P
    - XE.TP
  - Maximizações
    - Tipos
    - Correlações
  - Testes de significância
  - Índices de diversidade (?)

===== Cronograma =====
Um bom começo é traçar um plano de ação e, para tanto, seria interessante se dividíssemos o longo caminho em passos ou tarefas a serem feitas por cada um. Abaixo um exemplo de como poderia ser nosso cronograma:

^ ^2010^^^2011^^^^^
^Membro^novembro^dezembro^janeiro^fevereiro^março^abril^maio^
|Alexandre|revisar as funçoes de matrizes|x|x|x|x|x|x|
|Marcel|rodar no R as funções do syncsa|x|x|x|x|x|x|
|Valério|x|x|x|x|x|x|x|
|Vanderlei|Terminar os comandos que geram as matrizes - Organizar o texto com entrada e saída de dados para cada função|x|x|x|x|x|x|

===== Funções =====

==== matrix.p ====
Função criada pelo Vanderlei para produzir as matrizes W Q P
 
Modificada por:

 --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo]] 2010/10/27 13:22//:

  * retirei todas as iterações (operando diretamente as matrizes de entrada)
  * objetos de entrada podem ser matrizes ou dataframe, sem distinção!
  * incluída checagem de dados de entrada
      * checa se todas as espécies da comunidade estão na matriz de distância filogenética 
      * na falta de uma espécies, para e mostra mensagem de erro 
      * extrai da matriz de distância somente as espécies presentes na comunidade. A matriz de distância pode conter mais espécies do que na comunidade, não há necessidade dela ter as dimensões iguais ao número de espécies da matriz da comunidade
  * o objeto resultante é uma lista que apresenta como atributo a classe de objeto chamada "syncsa" (não sei se será necessário, mas a princípio vamos manter) 
 
 

=== Instructions for data input ===
Input data could be of classes matrix or data frame
  * comm = Community data, with species as columns and sampling units as rows. This matrix can contain either presence/absence or abundance data. 
  * dist.filo = Matrix (or data.frame) containing phylogenetic distance between species. Must be a complete matrix (not a half diagonal matrix). This matrix can be larger than community data (more species) as long as it has at least all species that are in community data 

=== Function output ===
Object class "syncsa", a list with:
  * matrix.w = Standardized community matrix, where rows are communities and columns species. Row totals (communities) = 1.
  * matrix.q = Standardized matrix containing de degree of belonging of species in relation to each other. Row totals (species) = 1.
 * matrix.P = Phylogeny-weighted species composition matrix. Row totals (communities) = 1.

=== Function Code ===

<code>
matrix.p<-function(comm,dist.filo)
	{
	namespp.comm=colnames(comm)
	namespp.dist=colnames(dist.filo)
	match.names= match(namespp.comm, namespp.dist)
		if(sum(is.na(match.names))>0)
		{
		stop("\n There are species from community data that are not on phylogenetic distance matrix\n")
		}
	dist.spp=dist.filo[match.names,match.names]
	row.sum<-rowSums(comm)
	matrix.w=as.matrix(comm/row.sum) 
	sim.spp=1-(dist.spp/max(dist.spp)[1]) 
	matrix.q.ale=as.matrix(sim.spp/colSums(sim.spp))
	matrix.P<-matrix.w%*%matrix.q
	resulta=(list(matrix.w=matrix.w,matrix.q=matrix.q,matrix.P=matrix.P))
	attributes(resulta)$class="syncsa"
	#attributes(resulta)$comm=comm
	#attributes(resulta)$dist.spp=dist.spp
	return(resulta)
	}
</code>


=== Arquivos ===

  * função {{p.matrix_ale.r|p.matrix}}(Vanderley) modificada por ale - 27 de outubro de 2010

Já existe outra versão, tanto da p.matrix quanto das outras matrizes e correlações. Não trabalhem nesse, caso precisem entrem em contato, estou trabalhando nelas.  --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo]] 2010/11/05 10:05//


===== Áreas pessoais =====
Aqui você pode ficar ainda mais à vontade e postar scripts em fase de construção, arquivos que não julga ser do interesse de todos e coisas do gênero. É só criar um linque e você terá uma página só para você.

[[alexandre_syncsa]]

[[marcel_syncsa]]

[[valerio_syncsa]]

[[vanderlei_syncsa]]



===== Referências =====
  * {{pillar_duarte_2009_ecolletters_reprint.pdf|}}
  * {{pillar_et_al_2009_jvs_supportinginfo.pdf|}}
  * {{electronicsupplements_pillar_duarte2010.pdf|}}
  * {{pillar_et_al_2009_jvs.pdf|}}