====== Arquivos e Discussão ====== {{profund_x_abund_plantulas.xls|}} Análises gráficas da abundância de plântulas com relação à profundidade no R {{crigrafscript.r.pdf|script R}} {{crisgraf.rdata.pdf|Workspace R}} Não esqueça de retirar a extensão pdf dos arquivos. ===== Relatório 3 (Bolsa FAPESP) ===== **Ale** Reunião 25 de novembro Cap 4. -> comparação entre a estrutura de tamanho entre os fragmentos - Usar o Coeficiente de Gini ? - Comparar a distribuição? G - Pensar uma distribuição nula para testar a diferença (ou bootstrap)! Cap. 2. pensar na forma de comparar as classes de posição da copa - numeros de indivíduos por classe e méida de altura por classe **Cris** Encaminhamentos da reunião de 25/11/08 #ANÁLISE DE DADOS - para os indivíduos grandes, separar as planilhas para a comparação entre classes e pensar em como fazer essa comparação...o que os trabalhos usam? Acho que ao invés do Gini poderíamos fazer como {{bruna_kress_2002.pdf|}}, que utilizaram modelagem log-linear, com a hipótese nula de que o número de plantas em cada classe era independente tanto do tipo de habitat quanto da identidade da parcela (nesse caso as réplicas de fragmentos e floresta contínua). **ALE:(30 nov)** Ainda não sei porque Bruna utilizou modelo lognormal, e não há referência do método para olharmos, além de Caswell(2001) na tabela de resultado do modelo. Vou procurar algo para tentar entender melhor. Ainda não entendo muito bem como transformar a estrutura demográfica em variável resposta, mas parece que é tudo comparado ao modelo nulo onde não há diferenças relacionadas aos efeitos de habitat e localização. **Ale (05 dez) Vou usar a seleção de modelo, tomando o DBH como variável contínua, é um começo, mas se conseguirmos fazer uma ordenação dos fragmentos seria bom*** Acho que podemos comparar a estrutura demografica entre todos os fragmentos a principio, simplesmente vendo se há alguma tendencia, mas o ideal e confrontá-lo com alguma variável preditora (estrutura da floresta!). - para a dinâmica, investir nas plântulas pensar em análises de sobrevivência, mortalidade, pesquisar como analisar isso e comparar os fragmentos; **ALE (05 dez) vamos utilizar GLM (generalized linear model) com erro binomial.... parece simples no R!** #REVISÃO BIBLIOGRÁFICA DE MATRIZES: - procurar mais trabalhos sobre a repercussão da idéia lançada {{batista_etal_1998_ecology.pdf|}} que chama a atenção para que a importância do nicho de regeneração proposto por Grubb (1977) nos modelos de dinâmica das comunidades seja repensada: desenvolver mais sobre essa questão teórica Lembrar do artigo {{gotelli_1991_ecology.pdf|}} que discute a importância do recrutamento para organismos de vida longa, a discussão dele é muito boa. - lembrar também de citar os trabalhos que avaliam a importância para a conservação de uma área baseados na abundância de plântulas ({{alves_metzger_2006_bio_neo.pdf|}} citam pelo menos um): nesse contexto de que o recrutamento é pouco importante (relativamente às outras fases), lembrar de comentar que essa pode ser uma estratégia de conservação equivocada! - procurar mais trabalhos sobre a outra discussão de Batista et al. (1998) que sugere um padrão para espécies de sub-bosque que é gerado por uma alta pressão seletiva nesse habitat (ele cita Caswell 1989), no último parágrafo da discussão do artigo - estudar as implicações sugeridas por {{silvertown_1993_journal_ecology.pdf|}} para o axioma da teoria sobre histórias de vida, que foi questionado por {{shea_etal_1994_journal_of_ecology.pdf|}} #REVISÃO BIBLIOGRÁFICA DE ESTUDOS DE DINÂMICA POPULACIONAL versus PARADIGMAS DOS ESTUDOS DE FRAGMENTAÇÃO - procurar mais trabalhos que inovaram e incorporaram a estrutura da vegetação (como {{arroyo-rodrigues_etal_2007_biological_conservation.pdf|}} - procurar mais trabalhos que mostraram que a fase mais crítica para o ciclo de vida de determinada espécie pode variar dependendo do habitat, como {{souza_martins_2004_biodiversity_and_conservation.pdf|}}, que mostraram isso para fragmentos diferentes: ISSO É FANTÁSTICO!!!!! - após a leitura crítica desses trabalhos, pensar em como justificar e contextualizar melhor as minhas perguntas e previsões: chamar a atenção para a originalidade da nossa abordagem, o que foi inicialmente questionado e que a partir das modificações se mostra bastante interessante e pouco usual!Ou seja, reverter esse quadro... ===== Ale 30 novembro ===== - Cris, preciso daquela planilha que falei sobre a mortalidade de plântulas, pode inserir no Wiki? ===== Cris 02 dezembro ===== - Aí estão as planilhas, uma para cada espécie. A coluna __vivas__ é o número de indivíduos que permaneceram vivos durante todo o intervalo de tempo. Espero que esteja de acordo com o que tu precisava, salvei em txt separado por tabulação, mas coloquei a extensão pdf porque ele não aceitava inserir arquivo txt. As parcelas com zero não constam, pois imagino que isso não seja informativo. {{gua_plantulas_sobrev.txt.pdf|}} {{rud_plantulas_sobrev.txt.pdf|}} ===== Cris 03 dezembro ===== - Sobre as análises do Capítulo 2 (estrutura componente arbóreo), aqui está a planilha com os dados de área basal total, diâmetro final, altura total e índice de iluminação da copa para todos os indivíduos amostrados por fragmento (lembrando que foram feitas 10 parcelas por fragmento). {{comun_tapirai_analise.txt.pdf|}} - Para a dinâmica de plântulas, calculei as taxas de crescimento em altura e número de folhas, vou tentar analisar em casa e amanhã te mostro. - O Emilio não respondeu sobre os modelos log-lineares de comparação da estrutura e nem sobre a minha dúvida das divisões de classes. Basicamente, queria saber se considero a o tamanho mínimo do adulto (reprodutivo) para cada lugar ou se padronizo para poder comparar, amanhã te mostro como ficaram as classes. ===== Cris 04 dezembro ===== - O Emilio respondeu hoje que na verdade esses modelos são como um qui-quadrado de mais de uma dimensão, mas que o Caswell explica como fazer, também sugeriu um Kolmogorov-Smirnov, já que os dados são contínuos, mas não sei como operacionalizar isso... - Para as plântulas, calculei as taxas de crescimento em altura e número de folhas, tinha pensado em verificar se há diferença entre as florestas e também entre espécies com uma anova two-way, mas ambos não têm nem homogeneidade de variâncias nem distribuição normal dos resíduos. Como não tem a alternativa não-paramétrica, queria saber se tu tem alguma sugestão, aí está a planilha (são 4 colunas: espécie, fragmento, taxa crescimento em altura e em número de folhas por dia). {{cresc.txt.pdf|}} - Ainda sobre essas taxas, tentei fazer uns gráficos no R, mas não consegui fazer o comando para apresentar o gráfico por floresta, na verdade queria fazer um gráfico de barras, mas ele não aceita variáveis categóricas no x, então tentei um box-plot mesmo, aí está meu script... {{cresc_script.pdf|}} Na verdade, gostaria de preparar um gráfico no R como o mostrado por {{benitez-malvido_kossmann-ferraz_1999_biotropica.pdf|}}, o cálculo das taxas segue as mesmas fórmulas desse artigo, exceto que ela usa log e eu usei ln. Procurei um pouco como fazer os gráficos, mas como não consegui depois de um tempo fui fazer outra coisa... Tu pode dar uma olhada nisso e me ajudar a fazê-lo? ===== Cris 05 dezembro ===== - Dei uma olhada nos resultados da tua análise da mortalidade de Rudgea e o que eu consegui captar é que o frag 5, nesse caso o osasco, é o único que tem uma mortalidade diferenciada dos demais. Precisamos ver isso depois, queria entender o modelo. Isso é interessante, pois nesse lugar temos algumas das maiores densidades e é nesse local também que a serapilheira é uma das mais espessas. - Quando tiver um tempo dê uma olhada na parte introdutória do relatório, tentei construir uma argumentação sobre os principais pontos que já discutimos em relação ao que o assessor criticou e ao que ele espera. Anexo também o parecer dele, para contrastar se achar necessário. Lembro que tu falou de vários pontos a serem contemplados e por vezes tenho dúvida se a forma como me dirigo está adequada, precisaria melhorar a escrita, mas já não consigo mais avançar. {{relatorio_3_bolsa_fapesp.doc|}} {{bolsa_fapesp_parecer_relatorio2.pdf|}} ===== Cris 06 dezembro ===== - Planilhas para as análises de estrutura das populações: estão separadas por tipo de medida, mas se tu achar que dá para juntar estão padronizadas. - Guapira (indivíduos com medidas à altura do peito - DAP/PAP - dados contínuos, sem separar por classes): fragmento (1-6); placa; área basal total (todos fustes em mm2); dap final (todos fustes, em mm2); reprodutiva (0/1); altura; índice iluminação da copa (para os frags 4 e 5 não temos esses dados ainda) {{gua_estr_dap_pap.txt.pdf|}} - Guapira (indivíduos com medidas à altura do solo - DAS - dados contínuos, sem separar por classes): fragmento (1-6); placa; área basal total (todos fustes em mm2); das final (algumas tinham dois ou até mais caules saindo do solo, em mm2); reprodutiva (0/1 - deixei aqui só para padronizar, mas nenhuma é reprodutiva nesse tamanho); altura; índice iluminação da copa (para os frags 4 e 5 não temos esses dados ainda) É importante destacar que essa planilha de DAS não contém as plântulas (menores do que 1 m em subparcelinhas) {{gua_estr_diam_das.txt.pdf|}} - Rudgea (indivíduos com medidas à altura do peito - DAP/PAP - dados contínuos, sem separar por classes): fragmento (1-6); placa; área basal total (todos fustes em mm2); dap final (todos fustes, em mm2); reprodutiva (0/1); altura; índice iluminação da copa (para os frags 4 e 5 não temos esses dados ainda) {{rud_estr_dap_pap.txt.pdf|}} - Rudgea (indivíduos com medidas à altura do solo - DAS - dados contínuos, sem separar por classes):VOU TERMINAR AINDA HOJE... - Sobre o modelo para Rudgea e serapilheira, achei bem legal! Que bom que teve efeito da profundidade de serapilheira, em campo parece muito, é muito legal quando isso se confirma. Só preciso estudar um pouco mais o que foi feito (o "p" do summary já me diz em qual floresta há efeito ou não é tão simples assim?), vou fazer isso ainda hoje, mas estamos saindo daqui a pouco e então só vou postar algo sobre isso amanhã. Salvei os resultados que tu postou em txt e vou examinar em casa. Vou tentar já encaixar essas análises já feitas no próprio relatório. Obrigada! ===== Cris 07 dezembro ===== - Sobre os gráficos de crescimento, lembra que havia comentado dos valores muito baixos? Eu usei o intervalo de tempo em dias porque, como os intervalos variam entre fragmentos, calculei as diferenças entre o t0 e o t1 em dias. Mas vou transformar esses valores em anos, ou quem sabe meses? Bom, é só alterar a fórmula... - Quanto às fórmulas, para o crescimento em altura utilizei essa que tu mencionou, só que ln ao invés de log. Para o crescimento em número de folhas usei a diferença simples (final - inicial), mas dividida pelo intervalo de tempo multiplicado pelo número inicial de folhas. Ambas fórmulas são utilizadas no artigo que postei dia 04/12 e em outros que fazem o mesmo tipo de análise. Vou conferir os cálculos e revisar também as observações como "quebrada". ===== Cris 09 dezembro ===== - No artigo de Lu Alves os melhores resultados foram com regressões entre o log do diâmetro x log altura {{alves_santos_2002_jte.pdf|}} ===== Ale 09 de dezembro ===== - Vou dar uma olhada no artigo, espero que no nosso caso seja diferente já que as áreas não tem efeito quando usamos o modelo log... - **Dei um lida no artigo do Rodriguez et al. e vi que eles fazem seleção de modelo, acho que devemos pensar em contrastar os parâmetros da paisagem (tamanho do fragmento, distância de áreas fontes etc..) com os parâmetros da estrutura do fragmento (diversidade, riqueza, abertura do dossel), tb. com seleção de modelos. Apesar do n pequeno, seria uma forma nova de verificar a influência da paisagem e do estado de conservação do fragmento em si! Parece-me uma abordagem interessante. De qq forma temos um problema da dinâmica das populações que parece que apresentam pouca variação temporal (baixa mortalidade e recrutamento no geral!). - Uma coisa interessante a ressaltar é que, apesar de ter grandes danos nas plântulas (crescimento negativo), a mortalidade é baixa! Ou seja, essas espécies apresentam resistência a danos, mesmo nas fases inciais do desenvolvimento, o que a confere boa adaptação a ambientes alterados... ===== Cris 11 de dezembro ===== - Sobre o artigo de Arroyo-Rodrigues, não li todo e também não prestei muita atenção, não tinha me dado conta que tinham feito seleção de modelos. Estes parâmetros da paisagem são fáceis de conseguir, tenho que marcar uma reunião com o Leandro do LEPAC. É uma forma interessante mesmo de analisar. - Queria fechar o capítulo de plântulas logo, então deixo o que eu tenho pronto aqui para ti ver. Não fechei a ultima parte (modelo de ancova da serapilheira) porque encontrei diferenças nos resultados em relação ao que tu fez. Precisamos sentar e ver se usamos as mesmas planilhas. A introdução será bem breve e ainda não está pronta, de resto, na minha opinião já tem bastante coisa e não há mais tempo para investir nesta parte, tem toda a parte das adultas pela frente... Tive dificuldade para operacionalizar os gráficos de crescimento no R, então decidi fazer no Statistica por enquanto. Mas acho que o importante é que os resultados estão legais. Os resultados estão bem interessantes, me parace que os padrões para as plântulas são independentes da espécie, mas dependentes do fragmento. Quando apresentei o seminário no laboratório em junho fiz um gráfico que mostrava isso, mas precisaria compilar os resultados do último censo para refazê-lo e decidi deixar por enquanto. Veja o que tu acha, se estiver muito fraco acho que tenho que reconsiderar a data, pois não terei fôlego para manter esse ritmo de trabalho além da semana que vem. {{capitulo_5_relatorio.doc|}} - Refiz as análises de Rudgea para a profundidade com o primeiro arquivo dessa página. Deu o mesmo resultado do que fiz em casa, tu pode dar uma olhada se fiz algo errado? {{profund_abund_wiki.txt.pdf|}} - Além disso, a outra página desconfigurou toda na parte que inseri os resultados do R, não consegui arrumar, desculpe a bagunça! ===== Cris 12 de dezembro ===== - Tabelinha com a correspondência entre nomes e números dos fragmentos {{nomes_numeros_frags.txt.pdf|}} - O Emilio acaba de enviar a carta para entregar na FAPESP, ficou ótima: {{cris_fapesp.doc|}} ===== Cris 13 de dezembro ===== - Ale, olha que interessante esses gráficos de crescimento em diâmetro! As duas espécies têm um padrão parecido, mas para Guapira está bem de acordo com o que esperávamos. {{crescimento_em_diametro.doc|}}{{cresc_dap.xls|}} - Ale, obrigada pelas análises. Que ótimo que a nossa classificação "visual" se confirmou, apenas invertem Osasco e Odorico. Mas é pouca coisa. Acredito que eles separem pela composição futuramente, pois o Osasco tem uns manacás enormes e me parece que o Odorico tem maior riqueza, embora também tenha alguns manacás. Ficaram legais as relações do crescimento com a área basal! - Estou tentando encerrar o texto do capítulo sobre as plantas > 1m e acabei mudando seu título de estrutura para "aspectos da dinâmica" (não acho esse 'aspectos' muito bom, mas por hora...), já que os resultados são basicamente de crescimento. - O ruim de fazer em capítulos é que fica tudo meio disperso, estou me concentrando agora pra tentar extrair considerações mais gerais e integrar os capítulos. Acho que temos um bom volume de coisas e vou tentar fechar boa parte do texto hoje. Depois de fazer os gráficos do crescimento fiquei mais animada! Segunda estarei com tudo pronto com o que temos de análise! ===== Cris 15 de dezembro ===== Ale, terminei uma versão de tudo (só tem alguma referência e amarelo para inserir, mas é pouca coisa). Acho melhor a gente não ter pressa, gostaria que você lesse antes, pois deve estar faltando alguma "unidade" e acho que o fechamento está meio capenga. Anexo os arquivos na sequencia, se preferir, imprimo e te entrego amanhã (quer dizer, hoje...) {{relatorio_3_bolsa_fapesp.doc|}} O paracer do assessor está anexado no dia 05/12 {{capitulo_1.doc|}} {{cap_1_anexo1_tab_matrizes.doc|}} {{capitulo_2.doc|}} {{capitulo_3.doc|}} O cap 4 tem umas fotos e não consigo enviar, tá muito pesado... {{consideracoes_finais.doc|}} Nessa parte acho que precisaria um bom fechamento... ===== Cris 06 de janeiro - FINAL =====