==== Reunião de 06 de novembro de 2009 ==== === Resultados da reunião: decisões tomadas === == Escopo do capítulo == O objetivo e as perguntas do capítulo sofreram pequenas alterações decorrentes do emprego de outras análises: \\ **Objetivo:**\\ Relacionar a estrutura das populações aos atributos de estrutura e idade dos fragmentos. \\ **Perguntas:**\\ - Os fragmentos podem ser diferenciados entre si a partir da estrutura do componente arbóreo? Havendo diferença, eles podem ser ordenados ou agrupados por estádio sucessional/grau de alteração com base nesses dados? - Quais são as diferenças na densidade e estrutura das populações entre os fragmentos? - Qual é a relação entre a densidade e a estrutura das populações e os atributos de estrutura (densidade, área basal) dos fragmentos? **Como responder às perguntas:** - Diferenças entre os fragmentos e sua ordenação: análise multivariada (PCO+DCA) - pacote vegan R - Diferenças na densidade das populações: intervalo de confiança por //bootstraping//? - Diferenças na estrutura das populações (sugestão Paulo Inácio): empregar funções de densidade probabilística para variáveis aleatórias contínuas, como é o caso do diâmetro, tais como a exponencial, lognormal e Weibull, a fim de verificar qual distribuição melhor se ajusta aos dados. Em seguida calcularemos o log da verossimilhança para essa distribuição em cada fragmento e usaremos o AIC. Diferenças nos parâmetros da distribuição entre fragmentos refletem a diferença entre eles. Uma vantagem é utilizar o conjunto todo de dados sem a necessidade da divisão em classes. Para entender melhor todo o procedimento fazer os tutoriais da disciplina de seleção de modelos e estudar as distribuições no livro do Bolker. Artigos sugeridos pelo Paulo Inácio:{{palahi_etal_2007_european_journal_research.pdf|Palahi_etal_2007}}{{podlaski_2008_can_j_for_res.pdf|Podlaski_2008}} - Para relacionar os resultados de estrutura das populações à estrutura dos fragmentos, vamos fazer um procedimento de //bootstraping// para a área basal e a densidade e usar o intervalo de confiança resultante (ordenando as florestas por idade) para comparar com a estrutura das populações. O uso do //bootstraping// elimina o problema de dependência das amostras, já que faremos uma subamostragem com reposição. Não é possível empregar o procedimento de seleção de modelos utilizado em Arroyo-Rodriguez et al. 2007, pois o tamanho da nossa amostra seria apenas seis. == Cálculo da área basal por indivíduo (fustes múltiplos)== O Ale elaborou uma função para lidar com o problema do cálculo da área basal por indivíduo para uma planilha de dados em que os fustes múltiplos são as linhas e que o número (placa/tag) do indivíduo pode repetir entre fragmentos.\\ Funcao área basal para fuste múltiplo, por fragmento: \\ {{area.basal.r|}} === Assuntos abordados na reunião === - Definição do escopo do capítulo de comunidades: fechar perguntas (ver abaixo) e análises que serão empregadas - Dúvida no R: como calcular os parâmetros por indivíduo **1. ESCOPO DO CAPÍTULO** \\ \\ **Objetivo:** Relacionar a estrutura das populações com os atributos de composição e estrutura dos fragmentos florestais estudados a partir dos quais será definido o estádio sucessional/grau de alteração da floresta. \\ **1.1 Perguntas:** * Os fragmentos podem ser diferenciados entre si com base nos dados de estrutura do componente arbóreo? Os fragmentos podem ser agrupados ou ordenados por estádio sucessional/grau de alteração com base nesses dados? * Quais são as diferenças na densidade e estrutura das populações entre os fragmentos? * Existe relação entre a densidade das populações e variáveis descritoras do fragmento como densidade de árvores, área basal, riqueza, tamanho, idade (dados com Paula Lira)? **Ou:** Existe relação entre a densidade das populações e o estádio sucessional/grau de alteração do fragmento? \\ **1.2 Como respondê-las...** * Diferenças entre os fragmentos: análise multivariada (PCO+DCA) * Diferenças em densidade e estrutura das populações. Primeira decisão: é adequado usar a densidade inicial ou final (não vejo sentido em comparar os anos, já que tem o capítulo de dinâmica). Diferenças na estrutura: coeficiente de Gini (assimetria) key fit (pondera a proporção de indivíduos por classe) * Como relacionar as duas coisas? Ver abordagem de Arroyo-Rodriguez et al. 2007. GLM onde a densidade das populações (densidade média?) é a resposta e as variáveis do fragmento (densidade árvores, área basal, riqueza, tamanho, idade) são as preditoras? Como lidar com a questão de que a densidade das populações foi tomada numa parcela só e as demais são no seu entorno? \\ **1.3 Idéias para o título** \\ - Relação entre características estruturais dos fragmentos e a estrutura populacional de espécies comuns em uma paisagem de Floresta Atlântica no sudeste do Brasil - Características estruturais dos fragmentos são boas preditoras da densidade populacional? Um teste com duas espécies arbóreas comuns em uma paisagem de Floresta Atlântica - Características estruturais dos fragmentos são boas preditoras de parâmetros populacionais? Um teste com duas espécies arbóreas comuns em uma paisagem de Floresta Atlântica \\ **1.4 Revistas possíveis** \\ - focar na fragmentação e então a revista teria seria voltada para a conservação. Exemplos: Biodiversity and Conservation (1.473), Biological Conservation (3.566), Conservation Biology (4.705), Forest Ecology and Management - mas essa não tem tanto a ver (2.110)? - focar na estrutura populacional e pensar em algo como Plant Ecology (1.73). \\ **2. DÚVIDAS NO R** \\ Como fazer para calcular os parâmetros por indivíduo (problemas com a numeração...). Calculei separadamente por fragmento, já que o número pode repetir e agora não consigo juntar... \\ {{comun.r|}} {{comun.rdata|}} {{dados_analise_comunidade.txt|}}