===== Preparando os dados =====

===== Atualização Nov 2010 =====
 --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo]] 2010/11/04 12:28//
Esses dados foram repassados pelo Renato Lima ao Ale para as análises da Mari. Foram reajustados segundo mapa disponível em {{solo_restinga_do_peic1_gomes_etal2007.pdf|Gomes et. al 2007}}. 
As análises da Marcia foram feitas com a versão antiga. Depois de pequenos ajustes a versão atual é:
  * {{solo.class04nov2010.txt|}} 

Essa versão está bem parecida com o mapa de Gomes. Entratanto, nossos códigos tem algumas diferenças que devem ser ajustadas para publicar (caso queiram adotar a classificação!): 

  * esp.hist = Organossolo + Espodossolo organossólico  
  * esp.org = Espodossolo organossólico com horizonte (Cgi)

No artigo ele comenta que são muito parecidos, tanto os Organossolos como os espdossolos organossólicos (que para ele inclui o hístico). Todos estão em terrenos mais baixos ("abaciados" no organossolo) e tem forte influência da flutuação do lençol. Parece que são os solos encharcados e alagados da parcela.


Dados Base de solo. {{solo.ale.txt.pdf|}}

==== Matriz de habitat de solo ====
dados de solo no arquivo solo.ale.txt


<code>
> read.table("solo.ale.txt",header=T, sep="\t", as.is=T)->solo

> str(solo)

  'data.frame':   256 obs. of  7 variables:
  $ col  : chr  "A" "A" "A" "A" ...
  $ row  : int  0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
  $ quad : chr  "A00" "A01" "A02" "A03" ...
  $ ntree: int  62 51 80 69 62 73 65 57 47 55 ...
  $ soil : chr  "neo" "neo" "trans" "esp.aren" ...
  $ pred : chr  "total" "total" "" "total" ...
  $ tipo : num  1 1 2 3 3 3 3 3 3 3 ...


> unique(solo$soil)

  [1] "neo"      "trans"    "esp.aren" "esp.hist"


> solo$tipo[solo$soil=="neo"]=1

> solo$tipo[solo$soil=="trans"]=2

> solo$tipo[solo$soil=="esp.aren"]=3

> solo$tipo[solo$soil=="esp.hist"]=4

> solo$tipo

  [1] 1 1 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 3 3 3 1 1 2 3 3 3 3 3 3 3 3 2 4 3 3 3 1 1 1 3 3
  [38] 3 3 3 3 3 3 3 2 3 3 3 1 1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 3 3 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3
  [75] 3 2 4 2 3 3 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 2 4 4 4 3 3 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 2 4 4 4 3
  [112] 3 1 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3 2 4 4 2 3 1 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3 2 4 4 2 3 1 1 1 1
  [149] 1 3 3 3 3 3 3 3 2 4 2 3 1 1 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3 3 2 2 3 1 1 1 1 1 2 3 3 3
  [186] 3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3 2
  [223] 2 3 1 1 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 3 2 2 3 1 1 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 3 2 2 3


> matrix(solo$tipo,16,16,byrow=F)-> matsolo

> image(t(matsolo)) 

</code>

{{peicsolo.jpg?500| }}


##produz a imagem gráfica dos habitats de solo ####


==== Matriz de densidade de Calophyllum ====


> read.table("peic_nov2008.txt",header=T, sep="\t", as.is=T)->peic

> table(peic$spcode,peic$quadrat)->allspp

>  allspp["Calobr",]->calo