====== Determinação da Fecundidade ====== A FECUNDIDADE É PROVAVELMENTE O "CALCANHAR DE AQUILES" DO PROJETO ===== Agosto 2012 ===== Decidi estimar a fecundidade aspenas com o recrutamento e mortalidade de plântulas nos censos da Mari. Isso é uma superestimativa, já que não temos os dados de mortalidade até os indivíduos entrarem no censo dos adultos (>10mm DAP). Outra opção seria usar o recrutamento dessa classe, porém só temos os dados de >50mm para os dois censos. * Criei um código para o cálculo da fecundidade das espécies presentes nos censos das plantulas. São calculadas as fecundidades para cortes nas populações por classes de DBH (10mm, 20mm, 30mm, 40mm, 50mm) * Conceito: - Fecundidade = número de novos individuos produzidos pelos individuos férteis. - Subtrair o número de plantulas que morreram do primeiro censo até o último (3 censos: 5 meses +6 meses +10 meses = 21 meses) do número de recrutadas (média mensal de recrutamento por censo) e multiplicar por 12 meses (taxa anual) - Dividir esse número pelo número de indivíduos da população adulta com DBH > 10, 20, 30, 40 ou 50mm. Com isso temos a fecundidade individual anual por classe de DBH. {{plantulas.mari.ra.csv|}} Código: (o código para uso da chuva de sementes está aqui também) setwd("C:/Users/Gabriel/Documents/Mestrado/Analises") peic=read.csv("peic10_16_fev_2012.csv", header=T, sep=";", as.is=TRUE) setwd("C:/Users/Gabriel/Documents/Mestrado/Analises/Fecundidade") #chuva=read.table("chuvaAgo2011Ale-modif.txt", header=T, sep="\t", as.is=TRUE) pl.mari=read.csv("plantulas.mari.RA.csv", header=T, sep=";", as.is=TRUE) #retirando Restinga Baixa e formas de vida diferentes de Arvore #chuvaparc=chuva[chuva$ambiente!="RB" & chuva$forma_vida=="Arvore",] #especies conhecidas de arvores do PEIC presentes na chuva de sementes e plantulas (-morfoespecies) #spchuva=sort(unique(chuvaparc$especie)) spplantulas=sort(unique(pl.mari$especie)) sppeic=sort(unique(peic$specie)) #listasp1=spplantulas[spplantulas %in% spchuva] #listasp= sppeic[sppeic %in% listasp1] listasp= sppeic[sppeic %in% spplantulas] #listasp1=sppeic[match(spchuva,spplantulas,nomatch=0)] #listasp=sppeic[match(,listasp1,sppeicnomatch=0)] listasp listasp=listasp[-which(listasp=="Indet")] #SEMENTES #a=chuvaparc[chuvaparc$especie %in% listasp, c("especie", "n.seeds")] #tapply(a$n.seeds, a$especie, sum) #b=data.frame(specie=listasp, n.seeds=tapply(a$n.seeds, a$especie, sum)) #dimnames(b)[[1]]=1:length(dimnames(b)[[1]]) #b[,"seeds.total"]=b[,2]/60*256 #b[,"seeds.mean"]=b[,3]/52 #PLANTULAS pl.select=pl.mari[pl.mari$especie %in% listasp,] alive0=tapply(pl.select$status0=="A", pl.select$especie, sum, na.rm=TRUE) recruit1=tapply(pl.select$status0=="R", pl.select$especie, sum, na.rm=TRUE) alive01=tapply(pl.select$status0=="A" & pl.select$status1=="A", pl.select$especie, sum, na.rm=TRUE) recruit2=tapply(pl.select$status1=="R", pl.select$especie, sum, na.rm=TRUE) #alive012=tapply(pl.select$status0=="A" & pl.select$status1=="A" & pl.select$status2=="A", pl.select$especie, sum, na.rm=TRUE) recruit3=tapply(pl.select$status2=="R", pl.select$especie, sum, na.rm=TRUE) alive0123=tapply(pl.select$status0=="A" & pl.select$status1=="A" & pl.select$status2=="A" & pl.select$status3=="A", pl.select$especie, sum, na.rm=TRUE) #alive12=tapply(pl.select$status0=="R" & pl.select$status1=="A" & pl.select$status2=="A", pl.select$especie, sum, na.rm=TRUE) #alive123=tapply(pl.select$status0=="R" & pl.select$status1=="A" & pl.select$status2=="A" & pl.select$status3=="A", pl.select$especie, sum, na.rm=TRUE) #alive23=tapply(pl.select$status1=="R" & pl.select$status2=="A" & pl.select$status3=="A", pl.select$especie, sum, na.rm=TRUE) #pl=cbind(b, alive0,alive01,alive012, alive0123, recruit1, alive12, alive123, recruit2, alive23, recruit3) #pl=cbind(b, alive0,alive0123, recruit1, recruit2, recruit3) pl=data.frame(specie=listasp, alive0,alive0123, recruit1, recruit2, recruit3) #write.table(pl, "fecundidade.txt", sep="\t") #FECUNDIDADE ANUAL pl[,"recruit/year"]=(pl[,"recruit1"]+pl[,"recruit2"]+pl[,"recruit3"])/21*12 pl[,"mortal/year"]=(pl[,"alive0"]-pl[,"alive0123"])/21*12 pl[,"fec/year"]=pl[,"recruit/year"]-pl[,"mortal/year"] pl #FECUNDIDADE INDIVIDUAL ANUAL POR DBH stem10=peic[peic$dbh_04>=10 & peic$specie %in% listasp, c("specie","dbh_04")] stem10=tapply(stem10$dbh_04, stem10$specie, length) stem20=peic[peic$dbh_04>=20 & peic$specie %in% listasp, c("specie","dbh_04")] stem20=tapply(stem20$dbh_04, stem20$specie, length) stem30=peic[peic$dbh_04>=30 & peic$specie %in% listasp, c("specie","dbh_04")] stem30=tapply(stem30$dbh_04, stem30$specie, length) stem40=peic[peic$dbh_04>=40 & peic$specie %in% listasp, c("specie","dbh_04")] stem40=tapply(stem40$dbh_04, stem40$specie, length) stem50=peic[peic$dbh_04>=50 & peic$specie %in% listasp, c("specie","dbh_04")] stem50=tapply(stem50$dbh_04, stem50$specie, length) n.stem=data.frame(specie=listasp, fec.year=pl[,"fec/year"], stem10,stem20,stem30,stem40,stem50) #numero de individuos por dbh n.stem[,"fec.stem10"]=n.stem[,"fec.year"]/n.stem[,"stem10"] n.stem[,"fec.stem20"]=n.stem[,"fec.year"]/n.stem[,"stem20"] n.stem[,"fec.stem30"]=n.stem[,"fec.year"]/n.stem[,"stem30"] n.stem[,"fec.stem40"]=n.stem[,"fec.year"]/n.stem[,"stem40"] n.stem[,"fec.stem50"]=n.stem[,"fec.year"]/n.stem[,"stem50"] n.stem fecundity=n.stem[,c("specie", "fec.stem10", "fec.stem20", "fec.stem30", "fec.stem40", "fec.stem50")] write.table(fecundity, "fecundity.csv", sep=";") {{fecundity_13ago12.csv|}} * 4 espécies tiveram fecundidades = zero - Eugenia stigmatosa: apenas 1 indivíduo no censo de plantas - Guatteria australis: recrutamento é igual a mortalidade das plantulas - Ocotea dispersa: recrutamento é igual a mortalidade das plantulas - Pera glabrata: recrutamento é igual a mortalidade das plantulas * 11 espécies tiveram fecundidades negativas (IPM trata isso como = zero) - Andira anthelmia: não houve recrutamento no período, mas houve mortalidade - Aparisthmium cordatum: não houve recrutamento no período, mas houve mortalidade - Calophyllum brasiliense: mortalidade maior que o recrutamento - Chionanthus filiformis: mortalidade maior que o recrutamento - Eugenia neoglomerata: não houve recrutamento no período, mas houve mortalidade - Eugenia umbelliflora: não houve recrutamento no período, mas houve mortalidade - Gomidesia affinis: não houve recrutamento no período, mas houve mortalidade - Ilex pseudobuxus: não houve recrutamento no período, mas houve mortalidade - Ocotea pulchra: não houve recrutamento no período, mas houve mortalidade - Ocotea venulosa: não houve recrutamento no período, mas houve mortalidade - Posoqueria latifolia: não houve recrutamento no período, mas houve mortalidade * Preciso checar se a variação na fecundidade com o aumento do diâmetro selecionado da população é significativo para as espécies. **COMO?** ===== 31/05/2012 ===== Adequei a planilha dos censos das plântulas da Mari. Mudanças: - Criei uma coluna "status" para cada censo - Status D para as que morreram - Status A para quem estava viva em um censo - Status R para o status0 quando a plantula entrou no censo1, para o status1 quando a plantula entrpu no censo2, etc. - Retirei texto das colunas "Altura" (p.ex: morta, caiu árvore) - Quando nenhuma plântula era encontrada, a Mari deixava uma linha vazia. Essas linhas vazias foram apagadas. - Quando há a observação "caiu árvore", considerei o status como "NA" (não há informação) - Todos as alturas não coletados foram preenchidas com "NA" - Os separadores decimais foram ajustados para ponto. (havia alguns com vírgula) - A coluna Familia foi completada, faltavam algumas. \\ ===== Anterior ao segundo comite (28/05/2012) ===== Vou usar os dados da chuva de sementes para calcular a fecundidade. \\ Temos os dados de chuva de sementes por coletor por mês. A idéia é dividir o número de sementes de cada espécie encontrado num coletor pela área basal de todos os indivíduos da espécie no entorno do coletor. $$ (N(X)_{col_{1}^60}) / (sum AB(X)_{col_{1}^60}) **N(X)** = número de sementes da espécie X **col** = coletor **AB(X)** = área basal de cada indivíduo da espécie X encontrado no entorno de um coletor Obs: temos apenas sementes de 42 espécies de árvores encontradas nos coletores. Terei que inferir para as outras espécies, mas isso pode enviesar totalmente minhas análises, já que a fecundidade vai também alterar as elasticidades. * Uma dessas espécies é **//Bactris setosa//**. Quase todos os indivíduos dessa espécie são recrutados, portanto não têm dbh em 2004. Assim, não posso usar essa espécie no modelo integral de projeção (IPM). **TOMADA DE DECISÃO:** //Bactris setosa// foi excluída desta primeira análise. ---- Procedimento: - Obter a área basal total de cada espécie por subparcela com coletor. - Obter o numero de sementes de cada espécies por subparcela com coletor (em 52 meses). Algumas subparcelas têm sementes de espécies que não estão presentes nelas. Fica claro que a subparcela não indica qual espécie cai no coletor. Decidi expandir para todas as subparcelas adjacentes à subparcela com coletor. Se o coletor está no centro da subparcela (dx:10m x dy:10m), os indivíduos que estão a até 30m de distancia devem ser considerados (10+20). **TOMADA DE DECISÃO:** expandir para todas as subparcelas adjacentes à subparcela com coletor * **Com a distância de 30 metros a partir dos coletores, não havia indivíduos de Clusia criuva para um coletor. Aumentando a distância para 40m resolveu o problema.** **PROBLEMA:** As subparcelas que ficam próximas às arestas ou nas arestas da parcela têm uma área menor de inclusão de indivíduos. ----