====== Filogenia ======

Através do phylomatic, construi a arvore filogenetica das 42 especies para as quais temos a chuva de sementes (e portanto é possivel estimar a fecundidade).
Usei o algoritmo que cria uma arvore baseada em Davies et al. 2004, que usou o gene de plastideo rbcL.
A partir de Wikström et al. 2001 retirei as idades dos nos da arvore (ancestral comum dos taxons terminais).
As idades dos braços (branches) sao necessarias para o calculo do sinal filogenetico. 
==== Árvore construída no phylomatic com o algoritmo Davies et al. 2004 ====

Quando as datas são aproximadas, procuro aceitar a data mais antiga, desde que respeite a data do acestral imediato.

{{seedrain.daviestree2.jpg|}}

^Nó^Táxon^Idade (MYR) ^Fonte^
|0|Pinales/Podocarpaceae|252|APG III|
|1|Angiosperms|**158**|Wikström et al. 2001 (nó ~1 - aqui ha conflito com as monocots)|
|2|Magnoliids+Eudicots|**143**|Wikström et al. 2001 (nó ~4 - conflito com as monocots)|
|3|Eudicots/Core eudicots|114|Wikström et al. 2001 (nó 13)|
|4|Rosids|111|Wikström et al. 2001 (nó 14)|
|5|Eurodids II|100|Wikström et al. 2001|
|6|Myrtaceae|87|APG III|
|7|Eurosids I|94|Wikström et al. 2001 (nó 19)|
|8|Celastrales+Malpighiales|89|Wikström et al. 2001 (nó 20)|
|9|Malpighiales|77|Wikström et al. 2001 (nó 22)|
|10|Clusiaceae+(Erythroxylaceae+Humiriaceae)|75|Wikström et al. 2001 (nó 24)|
|11|Clusiaceae|54|Wikström et al. 2001 (nó ~55)|
|12|Erythroxylaceae+Humiriaceae|73|Wikström et al. 2001 (nó 25)|
|13|Euphorbiaceae+Malpighiaceae|**70**|Wikström et al. 2001 (nó 63 (seria nó ~22))|
|14|Euphorbiaceae|70|APG III|
|15|Fabaceae (Fabales)|64|APG III|
|16|Santalales+Asterids|112|Wikström et al. 2001 (nó 211)|
|17|Asterids|107|Wikström et al. 2001 (nó 212)|
|18|Euasterids I + Euasterids II|102|Wikström et al. 2001 (nó 213)|
|19|Euasterids II|99|Wikström et al. 2001 (nó 214)|
|20|Euasterids I|83|Wikström et al. 2001 (nó 256)|
|21|Ericales|106|Wikström et al. 2001 (nó 315)|
|22|Theaceae+Clethraceae|91|APG III (idade de Theaceae)|
|23|Primulaceae+Sapotaceae|83|APG III (idade de Sapotaceae)|
|24|Magnoliids|133|Wikström et al. 2001 (nó 521)|
|25|Annonaceae|110|APG III (110.4)|
|26|Lauraceae|100|APG III|
|27|Ocotea|||
|28|Arecaceae|120|APG III|
|29|Gomidesia|||
|30|Myrcia|||

código da árvore no R (generos com mais de uma espécie diversificando 1 milhao de anos depois do seu primeiro ancestral, politomias dentro de familias):

  library(ape)
  
  TREE= "((((((Tapirira_guianensis:100,(Blepharocalyx_salicifolius:87,Calyptranthes_concinna:87,Eugenia_sulcata:87,(Gomidesia_affinis:86,Gomidesia_fenzliana:86,Gomidesia_schaueriana:86)Gomidesia:1,Marlierea_racemosa:87,(Myrcia_glabra:86,Myrcia_grandiflora:86,Myrcia_multiflora:86,Myrcia_racemosa:86)Myrcia:1,Siphoneugena_guilfoyleiana:87)Myrtaceae:13):11,((Maytenus_robusta:89,(((Calophyllum_brasiliense:54,Clusia_criuva:54,Garcinia_gardneriana:54)Clusiaceae:21,(Erythroxylum_amplifolium:73,Humiriastrum_dentatum:73):2):2,((Alchornea_triplinervia:69,Pera_glabrata:69)Euphorbiaceae:1,Byrsonima_ligustrifolia:70):7):12):5,(Andira_anthelmia:64,Balizia_pedicellaris:64)Fabaceae:30):17):3,((((Ilex_theezans:99,Schefflera_angustissima:99):3,(Tabebuia_cassinoides:83,Amaioua_intermedia:83):19):5,((Clethra_scabra:91,Ternstroemia_brasiliensis:91):15,(Myrsine_venosa:83,Manilkara_subsericea:83):23):1):5,Heisteria_silvianii:112):2):29,((Guatteria_australis:110,Xylopia_langsdorffiana:110)Annonaceae:23,(Endlicheria_paniculata:100,(Ocotea_dispersa:99,Ocotea_pulchella:99)Ocotea:1)Lauraceae:33):10):15,(Bactris_setosa:38,Euterpe_edulis:38,Geonoma_schottiana:38)28:120):94,Podocarpus_selowii:252);"
  
  treeDavies= read.tree(text=TREE)
  
  plot(treeDavies, show.node.label=FALSE, no.margin=TRUE, cex=0.7, root.edge=FALSE, label.offset=1)