===== Integral Projection Models (IPMs) =====

**Pacote IPMpack** para o R de __Jessica Metcalf__ e __Sean McMahon__ de //January 20, 2011//


  * Problema 1: a coluna de dbh do segundo censo deve se chamar //sizel// com **L** e não size1 com o número 1.
  * Problema 2: definição da coluna 'surv' não deixa claro se status A=0 e D=1 ou D=0 e A=1. Mais sensato: A=1 , D=0.


  * Os indivíduos encontrados mortos no segundo censo em geral não têm dbh_09. Testar se faz diferença manter sem dbh ou colocar dbh09 = dbh04.
    * São excluídos da análise de tamanho, entram para sobrevivência.

  * Indivíduos que não tem dbh em nenhum dos censos não 'atrapalham' na análise de tamanho? OK

  * Indivíduos status09=AS, excluir?

  * Excluir status09=NE e status09=E.

  * Fecundidade: usar a média (chuva de sementes) e determinar classe de tamanho a partir do qual os indivíduos são férteis? (problema!!)
    * Fazer teste com distribuições aleatórias da fecundidade na população (bootstrapping).

==== Códigos ====

<code>

   setwd("C:/Users/Gabriel/Documents/Mestrado/Analises")

   setwd("./IPMpack/")
   reload.source <- function() {
   source("R/TreesDemog-Base.r")
   source("R/TreesDemog-Impl.r")
   source("R/TreesDemog-Util.r")
   }
   reload.source()



   setwd("C:/Users/Gabriel/Documents/Mestrado/Analises")

   peic=read.csv("peic10_16_fev_2012.csv", header=T, sep=";")
   head(peic)

   ### 1 ###
   ##10 espécies mais abundantes e com barcoding feito

   str(peic)
   barcoded=unique(peic[peic$DNA_extracted=="y",]$specie)

   #match(names(summary(peic$specie))[1:10], barcoded)

   names(summary(peic$specie))[1:10] %in% barcoded

   listasp= names(summary(peic$specie))[1:10]



   ## ESPECIE 1 ##

   sp1=data.frame(peic[peic$specie==listasp[1],]$dbh_09, peic[peic$specie==listasp[1],]$dbh_09, peic[peic$specie==listasp[1],]$status09)

   names(sp1)=c("size", "sizel", "surv")

   str(sp1)
   sp1=sp1[sp1$surv!="E",]
   sp1=sp1[sp1$surv!="NE",]
   sp1=sp1[sp1$surv!="AS",]


   #modificando status A para 0 e status D para 1
   sp1$surv=as.character(sp1$surv)
   sp1$surv[sp1$surv=="A"]=as.character(1)
   sp1$surv[sp1$surv=="D"]=as.character(0)

   sp1$surv=as.numeric(sp1$surv)

   str(sp1)
   head(sp1)

   gr1 <- makeGrowthObj(sp1)
   sv1 <- makeSurvObj(sp1)
</code>