====== Projeto ======


BASE TEÓRICA (INTRODUÇÃO)
  - A Ecologia pretende entender os padrões de diversidade e os processos que geram e mantêm esses padrões
  - Importante olhar para diversidades funcional e filogenética
  - Sob movimento browniano, é esperado que as espécies que divergiram a menos tempo sejam mais parecidas.
    - O movimento browniano é um processo, mas neste caso é o modelo nulo.
  - Filtros ambientais fazem com que as espécies sejam mais parecidas que por mov. browniano (convergência de caracteres)
  - Porém, competição gera divergência (teoria clássica do nicho) (espécies menos parecidas que por mov. browniano.
  - Para diferentes caracteres (morfológicos, ecológicos, fisológicos,etc) são observados diferentes padrões de relação das espécies com suas proximidades filogenéticas.
  - Não se deve assumir //a priori// a relação entre filogenia e semelhança de caracteres.
  - O fitness de uma população pode ser medido através de suas taxas demográficas.
  - Os caracteres demográficos são resultado direto das interações entre as espécies e de suas relações filogenéticas. O que esperar do comportamento desses caracteres quando se olha para a filogenia das espécies?

PERGUNTA:
  - Quais os processos ecológicos que levam aos padrões demográficos observados em uma comunidade?

  - Há sinal filogenético para a demografia das espécies?
  - Se há sinal filogenético, ele é mais conservador ou estabilizador?


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==Passos==

  - Obter as distâncias ecológicas entre as espécies.
    - determinar fecundidades das espécies usando chuva de sementes e plantulas.
      - **Encontrar um modelo alométrico para a fecundidade**.
    - Rodar Modelo De Projeção Integral (IPM)
      - **Roda bem com dados fictícios**.
    - Obter as elasticidades
      - **Como interpretar as elasticidades do Modelo de Integração Integral no R?**
    - Plotar as elasticidades no triângulo de Grime
      - **OK, função //triax.plot// do pacote //plotrix//**
    - Calcular as distâncias ecológicas.
      - **Como transformar a posição no triangulo em distancia ecologica?**
  - Obter as distâncias filogenéticas entre as espécies.
    - Aguardando o Jerome enviar os dados das sequencias.
    - Construir a árvore.
      - Que método usar? Parsimônia, verossimilhança...
    - A partir da árvore, obter as distâncias entre taxons.
      - pacote //picante//. Livro do Paradis.
  - Calcular o sinal filogenético.
    - há sinal filogenético? 
      - Teste de Mantel.
    - as espécies são ecologicamente mais ou menos similares que o esperado apenas por evolução em movimento Browniano?
      - estatística K (Blomberg et al. 2003). Pacote //picante// calcula K.


  * Phylogenetic comparative methods (PCMs) on R: [[http://cran.r-project.org/web/views/Phylogenetics.html]]
  * Analysis of Phylogenetics and Evolution with R - Emmanuel Paradis (pdf)


==Terminologia==

  * Sinal filogenético: tendência de espécies relacionadas parecerem mais entre si que com espécies tiradas ao acaso da árvore filogenética. **EVOLUÇÃO NEUTRA**

  * __Phylogenetic niche conservatism__ results when closely related species are **MORE ECOLOGICALLY SIMILAR** that would be expected based on their phylogenetic relationships. (Losos, 2008) **EVOLUÇÃO NÃO-NEUTRA**

Sinal filogenético é esperado quando há divergência evolutiva por movimento Browniano (divergência ao acaso). É necessário mas não suficiente para que haja "//conservantismo de nicho filogenético//" (tradução da Lúcia Lohmann).


sinal filogenético = efeito filogenético