====== Reuniões ====== **Início do Mestrado**: 17/02/2011 ===== Reuniões Ale ===== ==== 08/03/2012 ==== Reunião rápida, definimos o que preciso trazer para a próxima reunião: * Uma apresentação (no wiki ou powerpoint) com a pauta da reunião, que deve incluir: * diagnóstico de como está o andamento do projeto; * os pontos discutidos no comitê: como abordá-los, e SE vou abordá-los. * quais os próximos passos; * os códigos que estou montando/utilizando. * Pesquisar o artigo de Clark 1999 (sugerido pelo Renato) sobre como definir classes de tamanho para a fecundidade das árvores. ==== 16/03/2012 ==== - Andamento do projeto - As coletas estão finalizadas, estamos aguardando 10-15 identificações do Renato para fechar uma última versão do banco de dados PEIC. - Iniciei a compilação do código para rodar o modelo de projeção integral (IPM). Realizei alguns testes com os dados da população de //Euterpe edulis// e as funções do pacote IPM. - As coletas do barcoding foram extraídas no laboratório do Jerome. O sequenciamento já retornou para a técnica, que havia iniciado a "limpeza" das sequências no fim de outubro. Não obtive resposta dela até agora sobre as sequências. - Algumas coletas do barcoding apresentaram problemas de identificação. Além disso, novas espécies foram incluídas e precisam ser coletadas o mais rápido possível para enviarmos para o Jerome. Faltam 28 espécies. - Comitê - resumo dos pontos levantados: - Único período de transição: Pode haver um viés relacionado a um único período. - Papel diferente das elasticidades, MAS taxas lambda bem parecidas. - Elasticidades diferentes, saldo liquido do lambda é equivalente. - Intervalo de confiança para as probabilidades de transição (elas tem maior ou menor precisão) –> maneiras de estimar/ encontrar alguma medida de precisão das medidas… - Evidencia de Evolução relacionada: modelo browniano nulo. um modelo nulo evolutivo prevê a diversificação e a maior proximidade entre entidades filogenéticamente mais próximas. - Combinar a elasticidade e a assinatura filogenética na composição do lambda total: Evolução relacionada → A taxa de crescimento é igual, mesmo que haja uma assinatura filogenética na elasticidade de algumas taxas vitais. - Há processos que favorecem divergencia (evolução diversificadora) - evolução diversificadora → mais diferentes do que o esperado - evolução estabilizadora → mais parecidas do que esperado - a variancia no sinal filogenético é maior ou menor do que o esperado por um modelo de evolução neutro (modelo browninano)? Livro: Biologies first law → sistema com herança leva a heterogeneidade. - Paulo Inácio não está certo se é necessário falar na Teoria Neutra de Hubbell - Dinamica neutra evolução e dinamica neutra demográfica… aqui está a contradição e uma oportunidade… - Introdução: dinâmica neutra na demografia e dinâmica neutra na evolução - Modelo de Hubell tem competição forte, não é mais neutro possível - Historias de vida muito distintas resultando em taxas de crescimento similares (previsão do Hubbel) - A teoria neutra preve que a especiação não tem assinatura filogenética, por outro lado, o modelo nulo de evolução preve a diversificação por modelos brownianos. - O que aconteceria com o modelo hubbell se tivesse assinatura filogenética? Predição de especiação não tem assinatura filogenética, simplesmente ao acaso - Colocar trade-off na história: elasticidades - Classificar as espécies pelos grupos do Grime (Silverton) e ver se há relaçào filogenética a partir dessa classificação - Convesar com o Gabriel Marroig (random skewers): certas regiões ou traits são colineares - Painel de elasticidade de um atributo com outros para verificar trade-offs. - Que tipo de estrutura de trade-off mantém esse tipo de relação? Scatterplot dos valores das matrizes…um valor contra o outro: trade-off Elasticidade de um atributo contra o outro pra todas as espécies. - Teste de Mantel mais específico - Curso de Álgebra linear - Próximos passos - Novas idéias sobre sinal filogenético têm que ser colocadas na introdução do trabalho. Reformular a pergunta e as hipóteses de modo claro. - Estudar uma maneira de calcular a fecundidade das populações por classes de DBH. - Rodar então o modelo de projeção integral com as fecundidades incluídas e obter as elasticidades. - Com as elasticidades construir os triângulos de Grime para cada espécie. - Obter as seqüencias com a técnica do Jerome e iniciar finalmente a construção da filogenia. - [[.:codigos|Códigos]] ==== 12/04/2012 ==== ==== 26/04/2012 14:30 ==== ===== Comitê ===== ==== 1ª reunião ==== data: : 02/08/2011 == Anotações Ale == ## Reunião Comite do Gabriel ## 1. Único período de transição 2. Pode haver um vies relacionado a um único período 3. Evidencia de Evolução relacionada; 4. modelo browniano nulo; um modelo nulo evolutivo preve a diversificaçao e a maior proximidade entre entidades filogenéticamente mais próximas Combinar a elasticidade e a assinatura filogenética na composição do lambda total: Evolução relacionada -> A taxa de crescimento é igual, mesmo que haja uma assinatura filogenética na elasticidade de algumas taxas vitais . Há processos que favorecem divergencia (evolução diversificadora) - a variancia no sinal filogenético é maior ou menor do que o esperado por um modelo de evolução neutro (modelo browninano). Biologies first law -> sistema com herança leva a heterogeneidade., - Historias de vida muito distintas resultando em taxas de crescimento similares (previsão do Hubbel) - evolução diversificadora -> mais diferentes do que o esperado - evolução estabilizadora -> mais parecidas do que esperado Dinamica neutra evolução e dinamica neutra demográfica... aqui está a contradição e a oportunidade... Alguma medida de precisão das medidas... Classificar as espécies pelos grupos do Grammy (Silverton) e ver se há relaçào filogenética a partir dessa classificação - Convesar com o Gabriel Marroig (random skills) : certas regiões ou traits são colineares Pleitropia... A teoria neutra preve que a especiação não tem assinatura filogenética, por outro lado, o modelo nulo de evolução preve a diversificação por modelos brownianos. Painel de elasticidade de um atributo com outros para verificar trade-offs. == Anotações Gabriel == Deixar claro os problemas Publicação BCI para reforçar padrão? Modelo de Hubell tem competição forte, não é mais neutro possível Elasticidades diferentes, saldo liquido do lambda é equivalente Papel diferente das elasticidades, MAS taxas lambda bem parecidas. Pensar nas previsões Variância nas taxas vitais é >, < ou = ao esperado num processo evolutivo neutro? Biology’s First Law (livro) Tempo evolutivo >> tempo ecológico Caso a evolução seja neutra, espera-se movimento browniano (Markov). Intro: dinâmica neutra na demografia e dinâmica neutra na evolução Explicação de conceitos centrais do projeto. Teste de Mantel mais específico Intervalo de confiança para as probabilidades de transição (elas tem maior ou menor precisão) --> maneiras de estimar Álgebra linear --> curso! Silverton --> triângulo das taxas vitais (Grime): síntese da matriz, fazer análise filogenética (Caswel) Gabriel Marroig (random skewers??)/ Diogo: estrutura de covariância O que aconteceria com o modelo hubbell se tivesse assinatura filogenética? Predição de especiação não tem assinatura filogenética, simplesmente ao acaso Colocar trade-off na história: elasticidades Que tipo de estrutura de trade-off mantém esse tipo de relação? Scatterplot dos valores das matrizes...um valor contra o outro: trade-off Elasticidade de um atributo contra o outro pra todas as espécies. ==== 2ª reunião ==== • Período: entre 8 e 16 meses após o ingresso **(= até 17 de junho de 2012)** • Temas sugeridos para discussão com o comitê: (1) andamento da coleta de dados; (2) eventuais dificuldades encontradas até o momento; (3) possíveis alterações no plano original e/ou no cronograma; (4) análise preliminar de dados; (5) sugestões de disciplinas a serem cursadas pelo(a) aluno(a). • Recomendações aos alunos: encaminhar para os membros do seu comitê (1) síntese dos objetivos do projeto e descrição sucinta das etapas cumpridas, (2) resultados preliminares, (3) um novo cronograma, caso isso seja necessário, (4) uma listagem com as dificuldades encontradas e possíveis soluções. ==== 3ª reunião ==== • Período: entre 18 e 26 meses após o ingresso **(= até 17 de abril de 2013)** • Temas sugeridos para discussão com o comitê: (1) conteúdo, forma e estruturação final da dissertação; (2) sugestões diretas ao(s) manuscrito(s) contido(s) na dissertação. • Recomendações aos alunos: encaminhar o boneco da dissertação ou os manuscritos produzidos para os membros do seu comitê, no mínimo, três semanas antes da realização da reunião.