====== Protocolo para Digitalização Recenso PEIC ====== [[dados.dig|Mapas e planilhas digitalizados]] (**ACESSO RESTRITO**) ===== Entrada de dados ===== **Atualizado em 17 Maio de 2009**\\ ==== Digitalização do mapa ==== * Abrir o programa de scanner. * Definição da imagem = 200 dpi, escala de cinza. * Salvar em jpg, com o nome da subparcela (ex. B15.jpg) * IMPORTANTE: Salvar a imagem na posição em que o nome da parcela esteja no canto superior esquerdo do mapa!!! ==== ImageJ ==== * Abrir o programa (ij.jar) * Abrir a imagem .jpg da subparcela sendo trabalhada {{:projetos:pp_peic:inicio_imagej.png?300|Início ImageJ}} * Abrir o plugin **pointpicker** {{:projetos:pp_peic:plugin_pointpicker.png?300|Point Picker}} * Selecionar a ferramenta para adição de pontos (a primeira no canto esquerdo do menu) {{:projetos:pp_peic:adiciona_pontos.png?300|Adicionar pontos}} * Marcar os quatro cantos da parcela de 20x20, começando no canto esquerdo-inferior!! Nomeá-los **p1,p2,p3 e p4**. * Marcar cada árvore na subparcela. Lembre-se que os números das árvores são geralmente apenas os três últimos números da sequência utilizada. **Importante anotar os números completos**. {{:projetos:pp_peic:mapa_adição.png?300|Adição pontos mapa}} * Checar bem os resultados (a sequência de números e que os primeiros quatro sejam os cantos da subparcela). Isso é importante porque encontrando erros aqui ainda dá para corrigir sem precisar repetir todo o trabalho.**IMPORTANTE**: pode-se ver o conjunto de dados gerados a cada momento, apertando a tecla mostrada abaixo. Conferir os dados logo após digitar os quatro vértices, pois eles realmente devem ser os quatro primeiros pontos. {{:projetos:pp_peic:visualiza_dados.png?300|}}\\ {{:projetos:pp_peic:visualiza_dados2.png?100|}} * Uma vez terminado, para salvar os resultados, clicar na tecla show acima. Na janela Results, clicar em **File** {{:projetos:pp_peic:saveas_pointpicker.png?200|}} * Entrar em “Set file extension”, dentro de **File**e alterar a extensão do arquivo para .txt. {{:projetos:pp_peic:file_extension.png?200|}} * Clicar em “OK” e, ainda em “File”, clicar em Save as. Salvar os resultados com o nome da subparcela (exemplo H06.txt). * IMPORTANTE: A extensão do arquivo salvo deve ser .txt!! Abrir o arquivo .txt para verificar se o separador é por tabulação, caso esteja separado por vírgulas alterar o separador para tabulação!! * **NÃO** FECHAR O PROGRAMA E O ARQUIVO SENDO TRABALHADO ATÉ RODAR O PROGRAMINHA DO R, POIS ESTE VAI TE DIZER SE HÁ ÁRVORES FALTANDO. * Anotar num papel a **data de coleta**, a **equipe**, a **sequência** de números usados na subparcela, os números das árvores antigas **encontradas**, o número das **transferidas** dentro da subparcela. === Novo: Salvando os pontos do mapa == **ESTE PASSO NÃO É NECESSÁRIO, SERVE APENAS PARA FACILITAR O TRABALHO.** É possível também salvar os pontos já entrados no mapa. Na mesma ferramenta onde se encontra o botão **Show** (veja acima), clique em **Save as**. Após nomear o arquivo e salvá-lo, é possível abrí-lo a qualquer momento neste mesmo menu, no botão **Open**. ==== R - transformação das coordenadas ==== * Colocar o arquivo **.txt** de resultados do mapeamento no mesmo diretório onde está o arquivo //entra_dados_peic.rdata// * Clicar duas vezes no arquivo **entradados_peic.rdata** para abrir o programa no R. * Se quiser verificar o conteúdo do diretório digite dir() no console do R * Para rodar o programa digite **dadosxy.peic()** * Siga as instruções na janela do R. * Essa etapa é rápida, mas é fundamental checar se houve erros na sequência de números. O programa irá perguntar qual a sequência dos números novos e das árvores que tiveram o dados modificados. Digitar esses valores é importante para a checagem e evitar inlcuir erros em dados antigos de mapeamento. São três tipos de dados que são importantes distinguir nessa fase: - Novas árvores mapeadas - Árvores antigas da mesma parcela mas que foram corrigidas - Árvores antigas que não constavam na parcela e foram mapeadas {{:projetos:pp_peic:rodando_dadosxy.peic.png?400|R}} * **IMPORTANTE**: Quando não houver árvores corrigidas ou que não estavam registradas na parcela, apertar “enter” sem digitar nada (nunca colocar 0)! * Entrando esses dados e seguindo as indicações do programa corretamente, será criado um arquivo no mesmo diretório onde encontra-se o arquivo do PointPicker com o nome da parcela seguido por _09.txt (ex. A00_09.txt). Esse arquivo contém a informação de todas as árvores do primeiro censo mais as novas árvores e correções. ==== Mapeando Causas de Erros na Entrada de Dados no R ==== [[map_erros_r| Mapeamento erros R]] ===== Excel - Entrada das informações das árvores ===== === Protocolo para digitalização (segunda parte)=== {{:projetos:pp_peic:protocolo_entradados_nov09.doc|}}\\ Protocolo para a segunda parte da digitalização dos dados, com procedimentos e explicações. * Abrir o arquivo subparcela (e.g. A06.txt) no excel. Selecionar o conteúdo, copiar e colar na planilha (na célula A2 da planilha Modelo_Entrada de Dados_peic). * **IMPORTANTE**: Conferir se as colunas batem e **deletar** a linha 2 (com a repetição do cabeçalho), verifique se a linha toda foi excluída! {{:projetos:pp_peic:entra_dados_excel.png?400|}} * Os dados de cada subparcela devem ser armazenados em arquivos separados, para facilitar a entrada de dados (salvar o arquivo com o nome B15.xls, por exemplo. Salvar o arquivo logo após o passo acima para evitar perda de dados. Quando estiver utilizando o Office 2007, não esqueça de salvar como .xls, ou seja, versão Office anterior!! * Completar para cada árvore as informações nos campos, "entra dados" ou em vermelho. * **IMPORTANTE**: Se houver mais de um fuste (mais de um dbh, eg. 20+10), duplicar a linha da árvore e mudar o número do fuste. * **IMPORTANTE**: Se houver mais de uma observação, separar as observações na coluna "obs" por "**;**" * **IMPORTANTE**: Quando você selecionar a família, no campo gênero só aparecerão os gêneros da família selecionada e no campo espécie só as espécies do gênero selecionado (isso acontece NA nova versão do arquivo .xls). Precisa selecionar a família, gênero e a espécie, quando houver. Se a categoria estiver indeterminada pode deixar em **branco**. Também só é possível entrar nomes que estão na lista. Se houver algum táxon que não está na lista anote no campo **nomevulgar**. * Após o término da entrada de dados de cada linha (15 subparcelas), juntar os arquivos ( de cada subparcela) em um único arquivo. Salvar a planilha do excel com o nome da linha (e.g. **LinhaA.xls**). FAZER BACKUPS diariamente desse arquivo. ===== R - checar dados ===== ==== Protocolo ==== Para checar os dados seguir as instruções do protocolo abaixo. {{:projetos:pp_peic:protocolo_checardados_nov09.doc|}} ==== Arquivo atual ==== Para conferir os dados da linha e checar dados, baixar o RData abaixo e seguir as instruções do protocolo {{:projetos:pp_peic:checa.peic30nov09.rdata|}} ===== Arquivos para baixar ===== ==== ImageJ com PointPicker ==== Programas para extrair as coordenadas das árvores a partir do mapa das parcelas de 20x20. * Baixar a versão mais atualizada do [[http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html|ImageJ]] * Baixar o {{:projetos:pp_manaus:pointpickerctfs.zip|PointpickerCTFS}} e colocar no diretório //Plugin// do programa ImageJ. Versão 01 Mar 09 – versão anterior da ferramenta //remove cross// do pointpicker eliminava ponto errado. * Arquivo zipado contendo o ij e o plugin PointPicker já incluído {{:projetos:pp_peic:imagej.zip|}} ==== Instalar o programa R ==== * Entre no linque a seguir para baixar o [[http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/|Repositório para baixar a versão mais atual do R ]] * [[http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/bin/windows/base/old/|Versões anteriores do R]] **OBS: Aparentemente, pode haver incompatibilidade com algumas versões mais novas do R. Até a versão 2.8.1 o script esta funcional, e na versão 2.10.0 também** * Para maiores informações veja o wiki da disciplina de [[http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/|Introdução ao R]] ==== Workspace do R ==== === Versão Atual === ** Atenção novo arquivo RDATA versão 31 de março de 2010 ** * Baixar a o arquivo {{:projetos:pp_peic:entradadospeic31mar2010.rdata|}} no diretório que irá trabalhar. Se já tiver instalado o R no computador, poderá abri-lo diretamente do diretório de trabalho. === Versão antiga === {{:projetos:pp_peic:entradadospeic08dez2009.rdata|}} ==== Planilha do Excel ==== Para a entrada de dados das planilhas: {{:projetos:pp_peic:entra_dados_peic_07nov09.xls|}}