====== Protocolo de Campo ======




====== Recenso ======

Arquivos atualizados pela Mari em 23 de março de 2009.

 
{{planilha_recenso.xls|Planilha recenso(cabeçalho)}}


{{planilha_censo.xls|Planilha censo}}

===== Preparando dados =====

**VEJA A PÁGINA QUE TRATA DO AJUSTE DOS DADOS ** [[planilhas]]

==== 19 DE FEVEREIRO DE 2009 ====

Notei que o campo //codes// do arquivo com os dados de recenso não tinham a legenda //lx// e //ly// quando os dados apresentavam problemas no mapeamento. Isso foi feito durante o workshop do CTFS. Por algum motivo isso ficou fora do arquivo que atualizei em novembro. Refiz isso, agora os códigos estão completos //(Ale)//.

{{peic_fev2009.txt.pdf|}}



==== 28 de outubro de 2008 ====

Estamos utilizando os dados da planilha corrigida pelo Alê no Workshop CTFS, copie esse arquivo e depois de salvar exclua a extensão .pdf do arquivo que se chama peic.txt.pdf. Na realidade o arquivo está em formato txt, mas o wiki não aceita, portanto incluí a extensão pdf, depois da extensão .txt. Seu Windons precisa estar configurado para ver as extensões dos arquivos, caso contrário vc. não verá a extensão .pdf e não poderá excluí-la. 



{{peic_nov2008.txt.pdf|}}

Salvar esse arquivo  no diretório que irá trabalhar.
Abrir o R e mudar diretório, com a ajuda do menu FILE, para onde está o arquivo peic.txt
 
Ler esse arquivo no R:

  read.table("peic_nov2008.txt", header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE)->peic

Criar uma coluna com um índice do tamanho dos pontos no mapa, relativo ao dbh, usando a função point.cex():

  * Copie a função abaixo no R:

  point.cex=function(dados)
  {
    tam=dim(dados)[1]
    cex=rep(0,dim(dados)[1])
    cex[dados$dbh<100]=1
    cex[dados$dbh>=100 & dados$dbh<200]=1.25
    cex[dados$dbh>=200 & dados$dbh<300]=1.5
    cex[dados$dbh>300]=2
  return(cex) 
  }
  

  * Rode esssa função nos dados peic e salve como uma coluna no peic$cex

  point.cex(peic)->peic$cex 

  * Selecionar as vivas:

  peicA = peic[peic$status0=="A",]

  * Selecione uma parcela dos dados:

  peicA_D15=peicA[peicA$quadrat=="D15",]

  * Salve os dados dessa parcela em arquivo .txt 

  write.table(peicA_D15, file="peicA_D15.txt", sep="\t", row.names=FALSE)
  ## esse arquivo pode ser aberto diretamente no Excel


  * desenhe a parcela com os circulos proporcionais ao tamalho do dbh
  
  plot(peicA_D15$lx, peicA_D15$ly, cex=peicA_D15$cex)

  * copie a função para adicionar legenda no R:

  legenda=function(dados)
  {
    tam=dim(dados)[1]
    dt=duplicated(dados$tag)
    x=dados$lx
    y=dados$ly
    
    for(i in 1:tam)
    {
    legend(x[i]-0.5,y[i],legend=as.character(dados$tag[i]),cex=0.5,box.lty=0)
    }
  }

  * incluir as legendas do número das árvores no gráfico:

  legenda(peicA_D15)



**Exemplos de mapas**


**Dados da parcela A00**


{{plota00.jpg|}}



{{peica00.xls|}}


**Parcela D15**


{{peica_d15.xls|}}


{{plotd15.jpg|}}



===== Função Mapa Recenso =====

Função interativa elaborada por Ale em janeiro de 2009 para produzir mapas das árvores, com o circulo proporcional ao diâmetro e as linhas de referência no campo. Além disso, lista as árvores com problemas de mapeamento (lembrar de fazer a lista para levar a campo junto ao mapa). Os problemas encontrados pela Mari em fevereiro (bordas cortadas) foram resolvidos em 17 de fevereiro. 

{{mapa.recenso.r.pdf| Função R mapa recenso}}

**Não esquecer de apagar o .pdf antes de carregar no R**

{{plota15.jpg|}}


**Não me pergunte o que é essa linha vertical a esquerda..., acredito que são intrusões demoníacas***

 


===== Protocolo Censo e Recenso 2009 =====
Arquivo atualizado pela Mari em 26 de fevereiro de 2009.


{{protocolo_censo_e_recenso_2009a.doc|Protocolo do censo e do recenso da parcela permanente do PEIC - 2009}}

===== Digitalizando dados =====


Arquivo excell com indexação das familias, generos e espécies para Mari trabalhar (17/02/2009).

18/02/09 - Mari colocou a planilha já arrumada para o Alê poder trabalhar. Mari inseriu um campo cod_2009 com uma lista dos códigos utilizados no recenso e censo que talvez seja importante mostrar.

{{entra_dados_peic_18-02-09a.xls|}}