SYNCSA-R

Esta página é uma área restrita destinada ao desenvolvimento do projeto SYNCSA-R. Sinta-se à vontade para editá-la sempre que for preciso. Abaixo criamos uma área pessoal para cada membro ter mais liberdade para postar arquivos, idéias, artigos etc. O Wiki é bem fácil de usar, mas qualquer problema é só entrar em contato.

• Atualização das funções, arquivo na área pessoal do Vanderlei. — Vanderlei Debastiani 2011/01/13 17:47
• Atualização das funções. Foram escritas as funções de maximização de atributos para TCAP, TDAP e TCAP and TDAP. Arquivos na área pessoal do Vanderlei. — Vanderlei Debastiani 2011/03/01 15:24

1. Entrada de dados
   1. B
   2. W
   3. E
   4. F
2. Transformações
   1. T
   2. Q
   3. P
   4. U
   5. X
3. Correlações
   1. TE
   2. XE.T
   3. BF
   4. PE
   5. PT
   6. PX.T
   7. TE.P
   8. XE.TP
4. Maximizações
   1. Tipos
   2. Correlações
5. Testes de significância
6. Índices de diversidade (?)

Um bom começo é traçar um plano de ação e, para tanto, seria interessante se dividíssemos o longo caminho em passos ou tarefas a serem feitas por cada um. Abaixo um exemplo de como poderia ser nosso cronograma:

Função criada pelo Vanderlei para produzir as matrizes W Q P

Modificada por:

— Alexandre Adalardo 2010/10/27 13:22:

• retirei todas as iterações (operando diretamente as matrizes de entrada)
• objetos de entrada podem ser matrizes ou dataframe, sem distinção!
• incluída checagem de dados de entrada
  • checa se todas as espécies da comunidade estão na matriz de distância filogenética
  • na falta de uma espécies, para e mostra mensagem de erro
  • extrai da matriz de distância somente as espécies presentes na comunidade. A matriz de distância pode conter mais espécies do que na comunidade, não há necessidade dela ter as dimensões iguais ao número de espécies da matriz da comunidade
• o objeto resultante é uma lista que apresenta como atributo a classe de objeto chamada “syncsa” (não sei se será necessário, mas a princípio vamos manter)

Input data could be of classes matrix or data frame

• comm = Community data, with species as columns and sampling units as rows. This matrix can contain either presence/absence or abundance data. 
• dist.filo = Matrix (or data.frame) containing phylogenetic distance between species. Must be a complete matrix (not a half diagonal matrix). This matrix can be larger than community data (more species) as long as it has at least all species that are in community data

Object class “syncsa”, a list with:

• matrix.w = Standardized community matrix, where rows are communities and columns species. Row totals (communities) = 1.
• matrix.q = Standardized matrix containing de degree of belonging of species in relation to each other. Row totals (species) = 1.

* matrix.P = Phylogeny-weighted species composition matrix. Row totals (communities) = 1.

matrix.p<-function(comm,dist.filo)
	{
	namespp.comm=colnames(comm)
	namespp.dist=colnames(dist.filo)
	match.names= match(namespp.comm, namespp.dist)
		if(sum(is.na(match.names))>0)
		{
		stop("\n There are species from community data that are not on phylogenetic distance matrix\n")
		}
	dist.spp=dist.filo[match.names,match.names]
	row.sum<-rowSums(comm)
	matrix.w=as.matrix(comm/row.sum) 
	sim.spp=1-(dist.spp/max(dist.spp)[1]) 
	matrix.q.ale=as.matrix(sim.spp/colSums(sim.spp))
	matrix.P<-matrix.w%*%matrix.q
	resulta=(list(matrix.w=matrix.w,matrix.q=matrix.q,matrix.P=matrix.P))
	attributes(resulta)$class="syncsa"
	#attributes(resulta)$comm=comm
	#attributes(resulta)$dist.spp=dist.spp
	return(resulta)
	}

• função p.matrix(Vanderley) modificada por ale - 27 de outubro de 2010

Já existe outra versão, tanto da p.matrix quanto das outras matrizes e correlações. Não trabalhem nesse, caso precisem entrem em contato, estou trabalhando nelas. — Alexandre Adalardo 2010/11/05 10:05

Aqui você pode ficar ainda mais à vontade e postar scripts em fase de construção, arquivos que não julga ser do interesse de todos e coisas do gênero. É só criar um linque e você terá uma página só para você.

alexandre_syncsa

marcel_syncsa

valerio_syncsa

vanderlei_syncsa

• pillar_duarte_2009_ecolletters_reprint.pdf
• pillar_et_al_2009_jvs_supportinginfo.pdf
• electronicsupplements_pillar_duarte2010.pdf
• pillar_et_al_2009_jvs.pdf