Análises gráficas da abundância de plântulas com relação à profundidade no R
Não esqueça de retirar a extensão pdf dos arquivos.
Ale
Reunião 25 de novembro
Cap 4. → comparação entre a estrutura de tamanho entre os fragmentos
Cap. 2. pensar na forma de comparar as classes de posição da copa
Cris
Encaminhamentos da reunião de 25/11/08
#ANÁLISE DE DADOS
- para os indivíduos grandes, separar as planilhas para a comparação entre classes e pensar em como fazer essa comparação…o que os trabalhos usam? Acho que ao invés do Gini poderíamos fazer como bruna_kress_2002.pdf, que utilizaram modelagem log-linear, com a hipótese nula de que o número de plantas em cada classe era independente tanto do tipo de habitat quanto da identidade da parcela (nesse caso as réplicas de fragmentos e floresta contínua).
ALE:(30 nov) Ainda não sei porque Bruna utilizou modelo lognormal, e não há referência do método para olharmos, além de Caswell(2001) na tabela de resultado do modelo. Vou procurar algo para tentar entender melhor. Ainda não entendo muito bem como transformar a estrutura demográfica em variável resposta, mas parece que é tudo comparado ao modelo nulo onde não há diferenças relacionadas aos efeitos de habitat e localização.
Ale (05 dez) Vou usar a seleção de modelo, tomando o DBH como variável contínua, é um começo, mas se conseguirmos fazer uma ordenação dos fragmentos seria bom*
Acho que podemos comparar a estrutura demografica entre todos os fragmentos a principio, simplesmente vendo se há alguma tendencia, mas o ideal e confrontá-lo com alguma variável preditora (estrutura da floresta!).
- para a dinâmica, investir nas plântulas pensar em análises de sobrevivência, mortalidade, pesquisar como analisar isso e comparar os fragmentos;
ALE (05 dez) vamos utilizar GLM (generalized linear model) com erro binomial…. parece simples no R!
#REVISÃO BIBLIOGRÁFICA DE MATRIZES:
- procurar mais trabalhos sobre a repercussão da idéia lançada batista_etal_1998_ecology.pdf que chama a atenção para que a importância do nicho de regeneração proposto por Grubb (1977) nos modelos de dinâmica das comunidades seja repensada: desenvolver mais sobre essa questão teórica Lembrar do artigo gotelli_1991_ecology.pdf que discute a importância do recrutamento para organismos de vida longa, a discussão dele é muito boa.
- lembrar também de citar os trabalhos que avaliam a importância para a conservação de uma área baseados na abundância de plântulas (alves_metzger_2006_bio_neo.pdf citam pelo menos um): nesse contexto de que o recrutamento é pouco importante (relativamente às outras fases), lembrar de comentar que essa pode ser uma estratégia de conservação equivocada!
- procurar mais trabalhos sobre a outra discussão de Batista et al. (1998) que sugere um padrão para espécies de sub-bosque que é gerado por uma alta pressão seletiva nesse habitat (ele cita Caswell 1989), no último parágrafo da discussão do artigo
- estudar as implicações sugeridas por silvertown_1993_journal_ecology.pdf para o axioma da teoria sobre histórias de vida, que foi questionado por shea_etal_1994_journal_of_ecology.pdf
#REVISÃO BIBLIOGRÁFICA DE ESTUDOS DE DINÂMICA POPULACIONAL versus PARADIGMAS DOS ESTUDOS DE FRAGMENTAÇÃO
- procurar mais trabalhos que inovaram e incorporaram a estrutura da vegetação (como arroyo-rodrigues_etal_2007_biological_conservation.pdf
- procurar mais trabalhos que mostraram que a fase mais crítica para o ciclo de vida de determinada espécie pode variar dependendo do habitat, como souza_martins_2004_biodiversity_and_conservation.pdf, que mostraram isso para fragmentos diferentes: ISSO É FANTÁSTICO!!!!!
- após a leitura crítica desses trabalhos, pensar em como justificar e contextualizar melhor as minhas perguntas e previsões: chamar a atenção para a originalidade da nossa abordagem, o que foi inicialmente questionado e que a partir das modificações se mostra bastante interessante e pouco usual!Ou seja, reverter esse quadro…
- Sobre as análises do Capítulo 2 (estrutura componente arbóreo), aqui está a planilha com os dados de área basal total, diâmetro final, altura total e índice de iluminação da copa para todos os indivíduos amostrados por fragmento (lembrando que foram feitas 10 parcelas por fragmento).
- Para a dinâmica de plântulas, calculei as taxas de crescimento em altura e número de folhas, vou tentar analisar em casa e amanhã te mostro.
- O Emilio não respondeu sobre os modelos log-lineares de comparação da estrutura e nem sobre a minha dúvida das divisões de classes. Basicamente, queria saber se considero a o tamanho mínimo do adulto (reprodutivo) para cada lugar ou se padronizo para poder comparar, amanhã te mostro como ficaram as classes.
- O Emilio respondeu hoje que na verdade esses modelos são como um qui-quadrado de mais de uma dimensão, mas que o Caswell explica como fazer, também sugeriu um Kolmogorov-Smirnov, já que os dados são contínuos, mas não sei como operacionalizar isso…
- Para as plântulas, calculei as taxas de crescimento em altura e número de folhas, tinha pensado em verificar se há diferença entre as florestas e também entre espécies com uma anova two-way, mas ambos não têm nem homogeneidade de variâncias nem distribuição normal dos resíduos. Como não tem a alternativa não-paramétrica, queria saber se tu tem alguma sugestão, aí está a planilha (são 4 colunas: espécie, fragmento, taxa crescimento em altura e em número de folhas por dia). cresc.txt.pdf
- Ainda sobre essas taxas, tentei fazer uns gráficos no R, mas não consegui fazer o comando para apresentar o gráfico por floresta, na verdade queria fazer um gráfico de barras, mas ele não aceita variáveis categóricas no x, então tentei um box-plot mesmo, aí está meu script… cresc_script.pdf
Na verdade, gostaria de preparar um gráfico no R como o mostrado por benitez-malvido_kossmann-ferraz_1999_biotropica.pdf, o cálculo das taxas segue as mesmas fórmulas desse artigo, exceto que ela usa log e eu usei ln. Procurei um pouco como fazer os gráficos, mas como não consegui depois de um tempo fui fazer outra coisa… Tu pode dar uma olhada nisso e me ajudar a fazê-lo?
- Dei uma olhada nos resultados da tua análise da mortalidade de Rudgea e o que eu consegui captar é que o frag 5, nesse caso o osasco, é o único que tem uma mortalidade diferenciada dos demais. Precisamos ver isso depois, queria entender o modelo. Isso é interessante, pois nesse lugar temos algumas das maiores densidades e é nesse local também que a serapilheira é uma das mais espessas.
- Quando tiver um tempo dê uma olhada na parte introdutória do relatório, tentei construir uma argumentação sobre os principais pontos que já discutimos em relação ao que o assessor criticou e ao que ele espera. Anexo também o parecer dele, para contrastar se achar necessário. Lembro que tu falou de vários pontos a serem contemplados e por vezes tenho dúvida se a forma como me dirigo está adequada, precisaria melhorar a escrita, mas já não consigo mais avançar. relatorio_3_bolsa_fapesp.doc bolsa_fapesp_parecer_relatorio2.pdf
- Planilhas para as análises de estrutura das populações: estão separadas por tipo de medida, mas se tu achar que dá para juntar estão padronizadas.
- Guapira (indivíduos com medidas à altura do peito - DAP/PAP - dados contínuos, sem separar por classes): fragmento (1-6); placa; área basal total (todos fustes em mm2); dap final (todos fustes, em mm2); reprodutiva (0/1); altura; índice iluminação da copa (para os frags 4 e 5 não temos esses dados ainda) gua_estr_dap_pap.txt.pdf
- Guapira (indivíduos com medidas à altura do solo - DAS - dados contínuos, sem separar por classes): fragmento (1-6); placa; área basal total (todos fustes em mm2); das final (algumas tinham dois ou até mais caules saindo do solo, em mm2); reprodutiva (0/1 - deixei aqui só para padronizar, mas nenhuma é reprodutiva nesse tamanho); altura; índice iluminação da copa (para os frags 4 e 5 não temos esses dados ainda) É importante destacar que essa planilha de DAS não contém as plântulas (menores do que 1 m em subparcelinhas) gua_estr_diam_das.txt.pdf
- Rudgea (indivíduos com medidas à altura do peito - DAP/PAP - dados contínuos, sem separar por classes): fragmento (1-6); placa; área basal total (todos fustes em mm2); dap final (todos fustes, em mm2); reprodutiva (0/1); altura; índice iluminação da copa (para os frags 4 e 5 não temos esses dados ainda) rud_estr_dap_pap.txt.pdf
- Rudgea (indivíduos com medidas à altura do solo - DAS - dados contínuos, sem separar por classes):VOU TERMINAR AINDA HOJE…
- Sobre o modelo para Rudgea e serapilheira, achei bem legal! Que bom que teve efeito da profundidade de serapilheira, em campo parece muito, é muito legal quando isso se confirma. Só preciso estudar um pouco mais o que foi feito (o “p” do summary já me diz em qual floresta há efeito ou não é tão simples assim?), vou fazer isso ainda hoje, mas estamos saindo daqui a pouco e então só vou postar algo sobre isso amanhã. Salvei os resultados que tu postou em txt e vou examinar em casa. Vou tentar já encaixar essas análises já feitas no próprio relatório. Obrigada!
- Sobre os gráficos de crescimento, lembra que havia comentado dos valores muito baixos? Eu usei o intervalo de tempo em dias porque, como os intervalos variam entre fragmentos, calculei as diferenças entre o t0 e o t1 em dias. Mas vou transformar esses valores em anos, ou quem sabe meses? Bom, é só alterar a fórmula…
- Quanto às fórmulas, para o crescimento em altura utilizei essa que tu mencionou, só que ln ao invés de log. Para o crescimento em número de folhas usei a diferença simples (final - inicial), mas dividida pelo intervalo de tempo multiplicado pelo número inicial de folhas. Ambas fórmulas são utilizadas no artigo que postei dia 04/12 e em outros que fazem o mesmo tipo de análise. Vou conferir os cálculos e revisar também as observações como “quebrada”.
- No artigo de Lu Alves os melhores resultados foram com regressões entre o log do diâmetro x log altura alves_santos_2002_jte.pdf
- Sobre o artigo de Arroyo-Rodrigues, não li todo e também não prestei muita atenção, não tinha me dado conta que tinham feito seleção de modelos. Estes parâmetros da paisagem são fáceis de conseguir, tenho que marcar uma reunião com o Leandro do LEPAC. É uma forma interessante mesmo de analisar.
- Queria fechar o capítulo de plântulas logo, então deixo o que eu tenho pronto aqui para ti ver. Não fechei a ultima parte (modelo de ancova da serapilheira) porque encontrei diferenças nos resultados em relação ao que tu fez. Precisamos sentar e ver se usamos as mesmas planilhas. A introdução será bem breve e ainda não está pronta, de resto, na minha opinião já tem bastante coisa e não há mais tempo para investir nesta parte, tem toda a parte das adultas pela frente…
Tive dificuldade para operacionalizar os gráficos de crescimento no R, então decidi fazer no Statistica por enquanto. Mas acho que o importante é que os resultados estão legais.
Os resultados estão bem interessantes, me parace que os padrões para as plântulas são independentes da espécie, mas dependentes do fragmento. Quando apresentei o seminário no laboratório em junho fiz um gráfico que mostrava isso, mas precisaria compilar os resultados do último censo para refazê-lo e decidi deixar por enquanto.
Veja o que tu acha, se estiver muito fraco acho que tenho que reconsiderar a data, pois não terei fôlego para manter esse ritmo de trabalho além da semana que vem.
- Refiz as análises de Rudgea para a profundidade com o primeiro arquivo dessa página. Deu o mesmo resultado do que fiz em casa, tu pode dar uma olhada se fiz algo errado? profund_abund_wiki.txt.pdf
- Além disso, a outra página desconfigurou toda na parte que inseri os resultados do R, não consegui arrumar, desculpe a bagunça!
- Tabelinha com a correspondência entre nomes e números dos fragmentos nomes_numeros_frags.txt.pdf
- O Emilio acaba de enviar a carta para entregar na FAPESP, ficou ótima: cris_fapesp.doc
- Ale, olha que interessante esses gráficos de crescimento em diâmetro! As duas espécies têm um padrão parecido, mas para Guapira está bem de acordo com o que esperávamos. crescimento_em_diametro.doccresc_dap.xls
- Ale, obrigada pelas análises. Que ótimo que a nossa classificação “visual” se confirmou, apenas invertem Osasco e Odorico. Mas é pouca coisa. Acredito que eles separem pela composição futuramente, pois o Osasco tem uns manacás enormes e me parece que o Odorico tem maior riqueza, embora também tenha alguns manacás. Ficaram legais as relações do crescimento com a área basal!
- Estou tentando encerrar o texto do capítulo sobre as plantas > 1m e acabei mudando seu título de estrutura para “aspectos da dinâmica” (não acho esse 'aspectos' muito bom, mas por hora…), já que os resultados são basicamente de crescimento.
- O ruim de fazer em capítulos é que fica tudo meio disperso, estou me concentrando agora pra tentar extrair considerações mais gerais e integrar os capítulos. Acho que temos um bom volume de coisas e vou tentar fechar boa parte do texto hoje. Depois de fazer os gráficos do crescimento fiquei mais animada! Segunda estarei com tudo pronto com o que temos de análise!
Ale, terminei uma versão de tudo (só tem alguma referência e amarelo para inserir, mas é pouca coisa). Acho melhor a gente não ter pressa, gostaria que você lesse antes, pois deve estar faltando alguma “unidade” e acho que o fechamento está meio capenga. Anexo os arquivos na sequencia, se preferir, imprimo e te entrego amanhã (quer dizer, hoje…)
relatorio_3_bolsa_fapesp.doc O paracer do assessor está anexado no dia 05/12
O cap 4 tem umas fotos e não consigo enviar, tá muito pesado…
consideracoes_finais.doc Nessa parte acho que precisaria um bom fechamento…