Dados da Parcela - Hectares

☛ Protocolo e arquivos para entrada de dados

Situação dos dados da parcela. LEIA COM ATENÇÃO.

Nota de 01-03-2009. Beto: o programa de extração de coordenadas (ImageJ) foi modificado. Nova versão está disponível. BAIXAR NOVA VERSÃO E SUBSTITUIR AQUELA QUE VOCÊ TEM. Havia um erro referente a função remove crosses (terceiro botâo da esquerda para a direita do plugin pointpicker). A versão anterior estava eliminando os pontos errados na tabela de dados produzida (Suzie Lao do CTFS viu o erro e corrigiu o programa). Portanto, se você utilizou a ferramenta remove crosses antes de 01 de Março de 2009, então precisa comparar a planilha de dados do excel com a planilha original para ver se os dados correspondem.

Nota de 11-02-2009. Beto: a função checar.dados() foi modificada e precisa ser USADA. Ver abaixo.

• Hectares: 2, 3, 6, 8, 9, 10.

Responsável: Daniela

• hectare_1_100x180.xls
• hectare1_26_abr_09_daniela.xls [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]

-o R indica um n° maior de linhas do que do arquivo; se prossigo na checagem ele indica 2 subparcelas (é 1) e as linhas a mais em branco; de resto sem erros

• Quadrantes faltando:160×140; 160×160; 160×180; 160×420; 160×440; 160×460; 160×480; 160×500; 160×520; 160×540; 160×560; 160×580
• hectare_4_26_abr_09_daniela_1_.xls
• hectare_4_23_mar_09_daniela.xls

-o R indica um n° maior de linhas do que do arquivo; se prossigo na checagem ele indica 13 subparcelas (são 12) e as linhas a mais em branco; de resto sem erros.

• hectare_4_26_abr_09_daniela_1_.xls[ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]

• Quadrantes faltando: 180×100; 180×120; 180×140; 180×160; 180×180; 180×200; 180×220; 180×240
• hectare_5_30mar09_daniela.xls
• última versão hectare_5_26abr09_daniela_1_.xls

-o R indica um n° maior de linhas do que do arquivo; se prossigo na checagem ele indica 9 subparcelas (são 8) e as linhas a mais em branco; de resto sem erros.

• hectare_5_26abr09_daniela_1_.xls [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]

• Quadrantes faltando: 220×320
• hectare_7_30mar09_daniela.xls [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]

-o R indica um n° maior de linhas do que do arquivo; se prossigo na checagem ele indica 2 subparcelas (é 1) e as linhas a mais em branco; de resto sem erros. -Não houve alterações no arquivo, e não o substitui.

Nota de 11-02-2009. Beto: os dados abaixo precisam ser checados com a função checar.dados(). Isso não foi feito ainda e essas planilhas (e.g. hectare11) apresentam erros. A função checar.dados() do arquivo entradados.rdata foi modificada em 11-02-09 e está funcionando corretamente.

CHECAR OS DADOS PARA ERROS, CORRIGIR OS ERROS E COLOCAR OS ARQUIVOS DE ERROS (indique que foi checado se não encontrar erros) E AS PLANILHAS DE DADOS CORRIGIDAS NESTA PÁGINA (e.g. hectare11 do Sérgio). ISSO DEVE SER FEITO PELA PESSOA QUE ENTROU OS DADOS.

QUEREMOS MANTER TUDO NO WIKI PORTANTO NÃO APAGUE NADA, MAS USE O WIKI PARA ACRESCENTAR DADOS, TEXTOS, ETC. VOCÊ PODE CRIAR NOVOS ITENS NESTA PÁGINA. OS NOMES DOS ARQUIVOS QUE VOCÊS COLOCAREM NO SERVIDOR, PRINCIPALMENTE ARQUIVOS DE DADOS (E ERROS) DEVEM CONTER A DATA E O NOME DA PESSOA QUE MODIFICOU OU CRIOU O ARQUIVO (seguir o e.g. hectare11.xls_01mar09_sergio.xls). DADOS DE HECTARES NOVOS TAMBÉM DEVEM SEGUIR ESSA REGRA. ACRESCENTAR DATA NO TEXTO DO LINQUE DOS ARQUIVOS QUE JÁ ESTÃO AQUI E ESTÃO SEM DATA.

• Completar os quadrantes que estavam errados para esses hectares. Ver acima.

Arquivos já inseridos acima (Daniela)

• Hectare 11 14jan09

* Arquivo não checado (n° de linhas do arquivo e o indicado pelo entradaxy não bate!); *falta atualizar códigos e observações (Dani_23_04_09)

• hec11.xls ultimo arquivo. Códigos atualizados. Checado (sem erros) números de linhas ok (sergio_26_04_09)

• hec.11.xls (sergio17_06_09) [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]

• Hectare 12 14jan09
• hectare12.xls - Arquivo checado (sem erros). - Falta atualizar códigos e observações (Dani_23_04-09)
• hec12.xls ultimo arquivo - códigos atualizados (sergio_26_04_09)
• hec.12.xls (sergio17_06_09).[ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]

• Hectare 13 14jan09
• Hectare 13 01mar09
• erroshectare13_01mar09_gabriel.rtf - Certos indivíduos foram plaqueados, porém não estão mapeados. Os dados de identificação aparecem nas planilhas escaneadas. Se forem deixadas em branco as células referentes à localização do indivíduo, a função checar.dados reconhece a célula vazia como uma subparcela, e serão contadas 26 subparcelas, gerando erro na função. Mesmo após completar as células vazias na coluna DAP com “MissDBH”, a função checar.dados continua acusando o erro.

• Última Versão : Hectare 13 14abr09. Não chequei por erros novamente, apenas atualizei as colunas “Nome Vulgar”, “Códigos” e “Obs”. [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]

• Hectare 14 14jan09.
• hec14.xls ultimo arquivo. Arquivo checado (sem erros); falta atualizar códigos e observações (Dani_23_04_09)
• hec.14.xls (17_06_09). Códigos atualizados (sergio_26_04_09). [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ] - Os códigos nao estão atualizados porque você não colocou abaixo o significado deles. Preciso que você esclareça o que significam esses códigos que aparecem no arquivo (apenas neste arquivo aparecem esses códigos e eles não estão explicados abaixo):

x
xx
ce1
1
I
nc
ceI
2

Esses Códigos foram copiados da planilha de campo (sergio_25_07_09)

• Hectare 15 14jan09.
• Ultima Versão:Hectare 15 18abr09.[ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]

• erroshectare15_18abr09_gabriel.rtf. Erro 1: MissDBH foi digitado, mas o script do R não reconhece. Erro 2: O diâmetro de fato está como 2 na planilha de campo original (em papel). Adicionado o código Cdap. Atualizados os códigos e observações.

• Hectare 16 07abr09. [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]
• erroshectare16_07abr09_gabriel.rtf. Novamente, dois indivíduos não foram mapeados, porém estavam nas planilhas de campo. Os dados em branco geraram uma 26a. subparcela (erro 1). Além disso, MissDBH foi digitado, mas não reconhecido pelo script do R (erro 2).

• Hectare 17 14jan09.

{{hectare17_18abr09_gabriel_marcel1.xls|}} * Hectare 17 16mar09

• Ultima Versão:Hectare 17 18abr09. [ AV 13Jul09 - Este arquivo que é a versão final não abre! Favor colocar um arquivo novo].
• erroshectare17_18abr09_gabriel.rtf. O erro não existe, MissDBH já foi digitado, mas o script do R não reconhece. Atualizados os códigos e observações.

hectare17_18abr09_gabriel.xls

hectare17_18abr09_gabriel_marcel1.xls

• Hectare 18 14jan09
• Hectare 18 16mar09

• Ultima Versão:Hectare 18 18abr09. [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ].
• erroshectare18_18abr09_gabriel.rtf. O erro não existe, MissDBH foi digitado, mas o script do R não reconhece. Atualizados os códigos e observações.

• hectare19.xls. Arquivo checado (1 erro: 26 subparcelas). Falta atualizar códigos e observações(Dani_23_04_09)

• hec19.xls ultimo arquivo. Códigos atualizados (sergio_26_04_09). [AV 13Jul09 - Este arquivo não abre! Favor colocar um arquivo novo]

• hec.19.xls (sergio_25_07_09)

• Número de árvores faltando na sequência de números do hectare: 190521, 193521, 190613, 190521, 192168, 192219, 192521,193146,195024,193613,194521,194613,194743,195521,195538, 195631,196060, 196561 [AV 26Jul09]

• Apena o numero 194743 estava realmente faltando, ou outros numeros não existem nas planilhas de campo
• hecta.19.xls (sergio_27_07_09)[ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 29-Jul-09 ]

• Hectare 20 05mai09. [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]
• erroshectare20_05mai09_gabriel.rtf. Novamente, o erro acusado não existe: MissDBH não é reconhecido pelo script do R.

• hectare21_26jul09_gabriel.xls[ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 29-Jul-09 ]
• erroshectare21_26jul09_gabriel.rtf - De fato os diâmetros são maiores que 1000mm nas planilhas.

• última versão:hectare_22_26_abr_09_1.xls. [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 ]
• 4 árvores não foram mapeadas (indicado por Fxy). 1 árvore foi mapeada duas vezes (indicado em Obs). Na checagem o R indica um n° maior de linhas que o existente; se presigo na checagem mesmo assim ele indica 26 subparcelas e as linhas a mais em branco. De resto não há erros. Códigos e observações atualizados

Versão incluída dia 25_06_09:

hectare_22_26_abr_09_2.xls

• hectare23.xls. Hectare pronto, códigos ok. (sergio_11_05_09). [AV26Jun09 - este arquivo tem erros graves. Tem linhas a mais e incompletas, números de árvores estranhos e não sei como foi possível aparecer o nome da família com grafias diferentes. Foi checado com R. CHECAR O QUANTO ANTES]

Ja estou verificando, entrego o quanto antes, (sergio 07_07_09).

• hectare.23.xls (sergio_25_07_09)[ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 29-Jul-09 ]

Árvore 231288 não está no arquivo.[AV - 10AGO09]

* Árvore 231288 não existe em campo. (sergio 20_08_09)

Este hectare estava sob responsabilidade do Marcelo Pansonato que não pode mais fazer. O Marcelo fez a parte do pointpicker (mapeamento) para algumas subparcelas (até o 560×260) e praticamente não fez nada dos nomes das espécies. Os dados parciais que ele entrou estão no arquivo:

• hectare24_13jul09_marcelo_dadosparciais.xls Alguém precisa assumir esse hectare e fazer isso.

• hectare24_02fev10_gabriel.xls Versão Final

• erroshectare24_02fev10_gabriel.rtf - De fato, a planta está com 3 mm de DAP na planilha.

• hectare_25_04mar09_.xls. Dani esse arquivo tem informação no campo errado (e.g. MissDBH no campo código), também e estranho que tem coordenadas onde o valor decimal é delimitado por vírgula e outras onde o valor decimal é delimitado por ponto. Não entendo como aconteceu isso mas precisa tomar cuidado. Checou por erros?

• Última versãohectare_25_23abr09_.xls. códigos e observações corrigidos e atualizados; checado por erros; Não sei como corrige o problema do valor decimal. [AV. Pode deixar que eu corrijo.]. [ arquivo utilizado para inclusão no DB, AV - 23-Jun-09 Esse arquivo tem erros graves. Varios DAPS sumiram em realcao ao arquivo de 04mar09. Beto corrigiu na importanção]

este item seria legal que as pessoas que estão entrando os dados escrevam qualquer anormalidade ou problema que encontraram durante as longas horas que se dedicam a esta tarefa. Isto é afim de evitar que fiquemos enroscados em alguma etapa em que alguém já enfrentou e também colaboremos para correção dos possíveis erros existentes. COLOQUEM A DATA DO COMENTÁRIO. OBS1 - Estava dando uma olhada na lista das espécies que têm na planilha e notei que há o Protium unifoliolatum. Essa planta, no período do meu estágio, estava sendo identificada como P. ocutum e o pessoal de lá dizia que ela havia mudado de nome mesmo. Portanto P.unifoliolatum = P. ocutum das planilhas mais recentes. Acontece que um dia na sala da P.P lá em Manaus encontrei uma folha (parece que o Douglas Daly havia elaborado) com os desenhos diferenciando essas duas espécies devido a posição do espessamento do pecíolo. Perguntei para o João se ele sabia daquilo e ele disse que sim, mas por algum motivo, durante os 9 meses trabalhando lá não anotei nenhuma vez P.unifoliolatum, só P.ocutum. Creio que isso merece ser investigado para saber se há uma possível confusão de identificação…(Marcelo Pansonato) ANOTADO (Beto, 19mar09).

OBS2 - Estou com um problema quando vou colar o arquivo 000×000.out no excel, ao copiar a lista e colar no célula A2 todo o conteúdo que havia copiado se concentra nesta única célula, não se distribuindo corretamente nas colunas… não sei como arrumar isso de maneira eficiente. Preciso de uma dica rápido pois estou para terminar de digitalizar os mapas e pretendo começar a digitar as planilhas em breve. (MArcelo Pansonato) MARCELO ESSA PARCELA NAO EXISTE! OS DADOS FORAM COLETADOS EM 25ha NO CENTRO DA PARCELA DE 49ha OU SEJA, DA SUBPARCELA 100×100 À 580×580. VOCE ESTA FAZENDO O HECTARE 24 QUE VAI DA SUBPARCELA 560×100 a parcela 560×580, confira isso (Beto, 19mar09)

OBS3- De um tempo pra cá o ImageJ NÂO ESTÁ ABRINDO OS MAPAS no meu computador, e aparece a seguinte mensagem: “Out of memory. All avaliable memory (63MB) has been used. Instructions to making more avaliable can be found in the 'memory' sections of the installation notes at http://rsb.info.nih.gov/ij/docs/install/ ” Não entendo as instruções que há nesse site, e assim não estou conseguindo continuar o trabalho. (Daniela Zanelato).

SOLUÇÃO OBS3: baixar a versão do ImageJ plataform Independent dessa página: http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html Unzip o arquivo ij141.zip coloque no diretorio PlugIn o diretorio que está em “métodos e protocolos” (Pointpicker). Utilize o ImageJ.exe para executar o programa. O padrão de configuração de memória será automaticamente setado para 2/3 da memória RAM do teu computador. Para checar essa configuração veja no menu Edit, Options, Memory / Threads… (Instruções passadas pelo Beto. Daniela)

OBS 4: no hectare 22 há uma subparcela em que um indivíduo não aparece no mapa, porém sim na lista das espécies, e outro que foi mapeado duas vezes. (Daniela 02_04_09)

Solução OBS 4: para os não mapeados colocar no campo códigos “Fxy”

• 2010-Fev-05 Arvore 174725 tem amostra de Lauraceae (Aniba sp.4PP) e no banco de dados está como Hirtella.mirmecophylla. As seguintes amostras alexandra nao estao no DB tambem e sao todas hirtelas: 11606;242160;174725;175744;220949;242894;244824

Utilizar esses códigos no campo códigos:

• BH - quando um indivíduo não está na vertical (inclinada) e a medida é realizada a 1,30 m da base
• Cdap - dúvida na medida do diâmetro, ou seja precisa checar o DAP
• CE - coletada estéril
• CF - coletada fértil (acompanha a observação do número de amostras feitas)
• Cai - planta ou árvore caída
• Cipo - se for um cipó.
• Coq - copa quebrada (se tem a altura onde está quebrada, repetir o código no campo OBS e colocar a altura entre “()”)
• DBH - Diameter at Breast Height - medida do diâmetro à altura do peito (1,30 m) - desnecessário.
• ES - precisa de escada para medir o diâmetro
• Fxy - falta coordenada, quando a planta não está no mapa
• Lmor - lado morto, parcialmente morta, etc.
• NCCC - indivíduo não coletado e identificado no campo
• Paq - paquímetro, precisa de paquímetro para medir o diâmetro
• POM - Point-of-Measure - quando a medida não é realizada à 1,30 m (fissuras, nós ou machucados no caule)
• PF - indivíduo com poucas folhas
• SF - indivíduo sem folhas (dormência), ou copa seca.
• SUB - subir para coletar, essa palavra aparece frequentemente, colocar no campo código
• Trir - tronco irregular
• Rebr - rebroto ou árvore morta com rebroto. Quando o tronco principal estiver morto e o fuste marcado é um rebroto.

Se encontrar outros códigos, por favor poste aqui.

• Caule Danificado - ? (Hectare 13)
• CE/CF - ? (Hectare 13)
• nff - ? (Hectare 17)
• CC - ?(Hectare 25) - Provavelmente é CE que não apareceu direito no escaneado, vou checar nas planilhas originais em papel. (Gabriel 22 abr 09). Nos 3 casos é CE (Gabriel 24 abr 09).
• FN -? (Hectare 22) - Folha Nova (Gabriel 22_abr_09)

Perguntas: 1)Há um código para “rebrota” e para “árvore morta com rebrota”? (Dani 22_abr_09)- Acabei de criar, ver lista (Beto 23 abr 09). 2) “Inclinado” é o mesmo que tronco irregular? (Dani 22_abr_09) - Acredito que inclinado seja o mesmo que BH. (Gabriel 22 abr 09). Veja direito a lista. Já há um código para tronco irregular (Beto 23 abr 09)

Para entender melhor como são realizados os censos de parcelas, um bom livro é Tropical Forest Census Plots, por Richard Condit. Há uma versão prévia aqui, no site do Google Pesquisa de livros.

<html> <a href=“mailto:dzanelato@gmail.com,gapfrey@yahoo.com,marcelcvaz@yahoo.com.br, marcelopansonato@hotmail.com,sergiocosta_f@yahoo.com.br,adalardo@usp.br,vicentini.beto@gmail.com”>Envie um email para o grupo todo</a> </html>

• 03/12/2010:2010_03_dezembroppkm37.sql.bz2
  • * 2010_03_dezembroppkm37taxa.sql.bz2
  • * 2010_03_dezembroppkm37users.sql.bz2
  • * 2010_03_dezembroppkm37variables.sql.bz2
• 23/11/2010:2010_novembro_23_backupctfs.sql.bz2
• 16/11/2010:2010_novembro_16_backupctfs.sql.bz2
• 27/10/2010:2010_outubro_27_backupctfs.sql.bz2
• 13/10/2010:2010_outubro_13_backupctfs.sql.bz2
• 17/09/2010:2010_setembro_17_backupctfs.sql.bz2
• 02/09/2010:2010_setembro_02_backupctfs.sql.bz2
• 01/09/2010:2010_setembro_01_backupctfs.sql.bz2
• 23/08/2010:2010_agosto_23_backupctfs_2_.sql.bz2
• 05/08/2010:2010_agosto_05_backupctfs.sql.bz2
• 27/07/2010:2010_julho_27_backupctfs.sql.bz2
• 12/07/2010:2010_julho_12_backupctfs.sql.bz2
• 25/06/2010:2010_junho_25_backupctfs.sql.bz2
• 08/06/2010:2010_junho_08_backupctfs.sql.bz2
• 21/05/2010:2010_maio_21_backupctfs.sql.bz2
• 06/05/2010:2010_maio_06_backupctfs.sql.bz2
• 30/04/10:db_30_04_2010.sql.bz2

• 2010_03_dezembroctfsfolder.bz2
• 2010_03_dezembro_conn.tar.bz2
• 2010_maio_06_conn_folder.tar.bz2
• 2010_ctfs_folder.tar.bz2