Reuniões

Início do Mestrado: 17/02/2011

Reunião rápida, definimos o que preciso trazer para a próxima reunião:

• Uma apresentação (no wiki ou powerpoint) com a pauta da reunião, que deve incluir:
  • diagnóstico de como está o andamento do projeto;
  • os pontos discutidos no comitê: como abordá-los, e SE vou abordá-los.
  • quais os próximos passos;
  • os códigos que estou montando/utilizando.
• Pesquisar o artigo de Clark 1999 (sugerido pelo Renato) sobre como definir classes de tamanho para a fecundidade das árvores.

1. Andamento do projeto
   1. As coletas estão finalizadas, estamos aguardando 10-15 identificações do Renato para fechar uma última versão do banco de dados PEIC.
   2. Iniciei a compilação do código para rodar o modelo de projeção integral (IPM). Realizei alguns testes com os dados da população de Euterpe edulis e as funções do pacote IPM.
   3. As coletas do barcoding foram extraídas no laboratório do Jerome. O sequenciamento já retornou para a técnica, que havia iniciado a “limpeza” das sequências no fim de outubro. Não obtive resposta dela até agora sobre as sequências.
   4. Algumas coletas do barcoding apresentaram problemas de identificação. Além disso, novas espécies foram incluídas e precisam ser coletadas o mais rápido possível para enviarmos para o Jerome. Faltam 28 espécies.
2. Comitê - resumo dos pontos levantados:
   1. Único período de transição: Pode haver um viés relacionado a um único período.
   2. Papel diferente das elasticidades, MAS taxas lambda bem parecidas.
      1. Elasticidades diferentes, saldo liquido do lambda é equivalente.
      2. Intervalo de confiança para as probabilidades de transição (elas tem maior ou menor precisão) –> maneiras de estimar/ encontrar alguma medida de precisão das medidas…
   3. Evidencia de Evolução relacionada: modelo browniano nulo. um modelo nulo evolutivo prevê a diversificação e a maior proximidade entre entidades filogenéticamente mais próximas.
   4. Combinar a elasticidade e a assinatura filogenética na composição do lambda total: Evolução relacionada → A taxa de crescimento é igual, mesmo que haja uma assinatura filogenética na elasticidade de algumas taxas vitais.
   5. Há processos que favorecem divergencia (evolução diversificadora)
      1. evolução diversificadora → mais diferentes do que o esperado
      2. evolução estabilizadora → mais parecidas do que esperado
   6. a variancia no sinal filogenético é maior ou menor do que o esperado por um modelo de evolução neutro (modelo browninano)? Livro: Biologies first law → sistema com herança leva a heterogeneidade.
   7. Paulo Inácio não está certo se é necessário falar na Teoria Neutra de Hubbell
      1. Dinamica neutra evolução e dinamica neutra demográfica… aqui está a contradição e uma oportunidade…
      2. Introdução: dinâmica neutra na demografia e dinâmica neutra na evolução
      3. Modelo de Hubell tem competição forte, não é mais neutro possível
      4. Historias de vida muito distintas resultando em taxas de crescimento similares (previsão do Hubbel)
      5. A teoria neutra preve que a especiação não tem assinatura filogenética, por outro lado, o modelo nulo de evolução preve a diversificação por modelos brownianos.
      6. O que aconteceria com o modelo hubbell se tivesse assinatura filogenética? Predição de especiação não tem assinatura filogenética, simplesmente ao acaso
   8. Colocar trade-off na história: elasticidades
      1. Classificar as espécies pelos grupos do Grime (Silverton) e ver se há relaçào filogenética a partir dessa classificação
      2. Convesar com o Gabriel Marroig (random skewers): certas regiões ou traits são colineares
      3. Painel de elasticidade de um atributo com outros para verificar trade-offs.
      4. Que tipo de estrutura de trade-off mantém esse tipo de relação? Scatterplot dos valores das matrizes…um valor contra o outro: trade-off Elasticidade de um atributo contra o outro pra todas as espécies.
   9. Teste de Mantel mais específico
   10. Curso de Álgebra linear
3. Próximos passos
   1. Novas idéias sobre sinal filogenético têm que ser colocadas na introdução do trabalho. Reformular a pergunta e as hipóteses de modo claro.
   2. Estudar uma maneira de calcular a fecundidade das populações por classes de DBH.
   3. Rodar então o modelo de projeção integral com as fecundidades incluídas e obter as elasticidades.
   4. Com as elasticidades construir os triângulos de Grime para cada espécie.
   5. Obter as seqüencias com a técnica do Jerome e iniciar finalmente a construção da filogenia.
4. Códigos

data: : 02/08/2011

## Reunião Comite do Gabriel ##

1. Único período de transição

2. Pode haver um vies relacionado a um único período

3. Evidencia de Evolução relacionada;

4. modelo browniano nulo; um modelo nulo evolutivo preve a diversificaçao e a maior proximidade entre entidades filogenéticamente mais próximas

Combinar a elasticidade e a assinatura filogenética na composição do lambda total: Evolução relacionada → A taxa de crescimento é igual, mesmo que haja uma assinatura filogenética na elasticidade de algumas taxas vitais .

Há processos que favorecem divergencia (evolução diversificadora)

- a variancia no sinal filogenético é maior ou menor do que o esperado por um modelo de evolução neutro (modelo browninano). Biologies first law → sistema com herança leva a heterogeneidade.,

- Historias de vida muito distintas resultando em taxas de crescimento similares (previsão do Hubbel)

- evolução diversificadora → mais diferentes do que o esperado

- evolução estabilizadora → mais parecidas do que esperado

Dinamica neutra evolução e dinamica neutra demográfica… aqui está a contradição e a oportunidade…

Alguma medida de precisão das medidas…

Classificar as espécies pelos grupos do Grammy (Silverton) e ver se há relaçào filogenética a partir dessa classificação

- Convesar com o Gabriel Marroig (random skills) : certas regiões ou traits são colineares

Pleitropia…

A teoria neutra preve que a especiação não tem assinatura filogenética, por outro lado, o modelo nulo de evolução preve a diversificação por modelos brownianos.

Painel de elasticidade de um atributo com outros para verificar trade-offs.

Deixar claro os problemas

Publicação BCI para reforçar padrão?

Modelo de Hubell tem competição forte, não é mais neutro possível

Elasticidades diferentes, saldo liquido do lambda é equivalente

Papel diferente das elasticidades, MAS taxas lambda bem parecidas.

Pensar nas previsões

Variância nas taxas vitais é >, < ou = ao esperado num processo evolutivo neutro?

Biology’s First Law (livro)

Tempo evolutivo » tempo ecológico

Caso a evolução seja neutra, espera-se movimento browniano (Markov).

Intro: dinâmica neutra na demografia e dinâmica neutra na evolução

Explicação de conceitos centrais do projeto.

Teste de Mantel mais específico

Intervalo de confiança para as probabilidades de transição (elas tem maior ou menor precisão) –> maneiras de estimar

Álgebra linear –> curso!

Silverton –> triângulo das taxas vitais (Grime): síntese da matriz, fazer análise filogenética (Caswel)

Gabriel Marroig (random skewers??)/ Diogo: estrutura de covariância

O que aconteceria com o modelo hubbell se tivesse assinatura filogenética? Predição de especiação não tem assinatura filogenética, simplesmente ao acaso

Colocar trade-off na história: elasticidades

Que tipo de estrutura de trade-off mantém esse tipo de relação? Scatterplot dos valores das matrizes…um valor contra o outro: trade-off Elasticidade de um atributo contra o outro pra todas as espécies.

• Período: entre 8 e 16 meses após o ingresso (= até 17 de junho de 2012)

• Temas sugeridos para discussão com o comitê: (1) andamento da coleta de dados; (2) eventuais dificuldades encontradas até o momento; (3) possíveis alterações no plano original e/ou no cronograma; (4) análise preliminar de dados; (5) sugestões de disciplinas a serem cursadas pelo(a) aluno(a).

• Recomendações aos alunos: encaminhar para os membros do seu comitê (1) síntese dos objetivos do projeto e descrição sucinta das etapas cumpridas, (2) resultados preliminares, (3) um novo cronograma, caso isso seja necessário, (4) uma listagem com as dificuldades encontradas e possíveis soluções.

• Período: entre 18 e 26 meses após o ingresso (= até 17 de abril de 2013)

• Temas sugeridos para discussão com o comitê: (1) conteúdo, forma e estruturação final da dissertação; (2) sugestões diretas ao(s) manuscrito(s) contido(s) na dissertação.

• Recomendações aos alunos: encaminhar o boneco da dissertação ou os manuscritos produzidos para os membros do seu comitê, no mínimo, três semanas antes da realização da reunião.