Protocolo para Digitalização Recenso PEIC

Mapas e planilhas digitalizados (ACESSO RESTRITO)

Atualizado em 17 Maio de 2009

• Abrir o programa de scanner.
• Definição da imagem = 200 dpi, escala de cinza.
• Salvar em jpg, com o nome da subparcela (ex. B15.jpg)
• IMPORTANTE: Salvar a imagem na posição em que o nome da parcela esteja no canto superior esquerdo do mapa!!!

• Abrir o programa (ij.jar)
• Abrir a imagem .jpg da subparcela sendo trabalhada

• Abrir o plugin pointpicker

• Selecionar a ferramenta para adição de pontos (a primeira no canto esquerdo do menu)

• Marcar os quatro cantos da parcela de 20×20, começando no canto esquerdo-inferior!! Nomeá-los p1,p2,p3 e p4.
• Marcar cada árvore na subparcela. Lembre-se que os números das árvores são geralmente apenas os três últimos números da sequência utilizada. Importante anotar os números completos.

• Checar bem os resultados (a sequência de números e que os primeiros quatro sejam os cantos da subparcela). Isso é importante porque encontrando erros aqui ainda dá para corrigir sem precisar repetir todo o trabalho.IMPORTANTE: pode-se ver o conjunto de dados gerados a cada momento, apertando a tecla mostrada abaixo. Conferir os dados logo após digitar os quatro vértices, pois eles realmente devem ser os quatro primeiros pontos.

• Uma vez terminado, para salvar os resultados, clicar na tecla show acima. Na janela Results, clicar em File

• Entrar em “Set file extension”, dentro de Filee alterar a extensão do arquivo para .txt.

• Clicar em “OK” e, ainda em “File”, clicar em Save as. Salvar os resultados com o nome da subparcela (exemplo H06.txt).
• IMPORTANTE: A extensão do arquivo salvo deve ser .txt!! Abrir o arquivo .txt para verificar se o separador é por tabulação, caso esteja separado por vírgulas alterar o separador para tabulação!!
• NÃO FECHAR O PROGRAMA E O ARQUIVO SENDO TRABALHADO ATÉ RODAR O PROGRAMINHA DO R, POIS ESTE VAI TE DIZER SE HÁ ÁRVORES FALTANDO.
• Anotar num papel a data de coleta, a equipe, a sequência de números usados na subparcela, os números das árvores antigas encontradas, o número das transferidas dentro da subparcela.

ESTE PASSO NÃO É NECESSÁRIO, SERVE APENAS PARA FACILITAR O TRABALHO.

É possível também salvar os pontos já entrados no mapa. Na mesma ferramenta onde se encontra o botão Show (veja acima), clique em Save as. Após nomear o arquivo e salvá-lo, é possível abrí-lo a qualquer momento neste mesmo menu, no botão Open.

• Colocar o arquivo .txt de resultados do mapeamento no mesmo diretório onde está o arquivo entra_dados_peic.rdata
• Clicar duas vezes no arquivo entradados_peic.rdata para abrir o programa no R.
• Se quiser verificar o conteúdo do diretório digite dir() no console do R
• Para rodar o programa digite dadosxy.peic()
• Siga as instruções na janela do R.
• Essa etapa é rápida, mas é fundamental checar se houve erros na sequência de números. O programa irá perguntar qual a sequência dos números novos e das árvores que tiveram o dados modificados. Digitar esses valores é importante para a checagem e evitar inlcuir erros em dados antigos de mapeamento. São três tipos de dados que são importantes distinguir nessa fase:
  1. Novas árvores mapeadas
  2. Árvores antigas da mesma parcela mas que foram corrigidas
  3. Árvores antigas que não constavam na parcela e foram mapeadas

• IMPORTANTE: Quando não houver árvores corrigidas ou que não estavam registradas na parcela, apertar “enter” sem digitar nada (nunca colocar 0)!
• Entrando esses dados e seguindo as indicações do programa corretamente, será criado um arquivo no mesmo diretório onde encontra-se o arquivo do PointPicker com o nome da parcela seguido por _09.txt (ex. A00_09.txt). Esse arquivo contém a informação de todas as árvores do primeiro censo mais as novas árvores e correções.

Mapeamento erros R

protocolo_entradados_nov09.doc

Protocolo para a segunda parte da digitalização dos dados, com procedimentos e explicações.

• Abrir o arquivo subparcela (e.g. A06.txt) no excel. Selecionar o conteúdo, copiar e colar na planilha (na célula A2 da planilha Modelo_Entrada de Dados_peic).
• IMPORTANTE: Conferir se as colunas batem e deletar a linha 2 (com a repetição do cabeçalho), verifique se a linha toda foi excluída!

• Os dados de cada subparcela devem ser armazenados em arquivos separados, para facilitar a entrada de dados (salvar o arquivo com o nome B15.xls, por exemplo. Salvar o arquivo logo após o passo acima para evitar perda de dados. Quando estiver utilizando o Office 2007, não esqueça de salvar como .xls, ou seja, versão Office anterior!!
• Completar para cada árvore as informações nos campos, “entra dados” ou em vermelho.
• IMPORTANTE: Se houver mais de um fuste (mais de um dbh, eg. 20+10), duplicar a linha da árvore e mudar o número do fuste.
• IMPORTANTE: Se houver mais de uma observação, separar as observações na coluna “obs” por “;”
• IMPORTANTE: Quando você selecionar a família, no campo gênero só aparecerão os gêneros da família selecionada e no campo espécie só as espécies do gênero selecionado (isso acontece NA nova versão do arquivo .xls). Precisa selecionar a família, gênero e a espécie, quando houver. Se a categoria estiver indeterminada pode deixar em branco. Também só é possível entrar nomes que estão na lista. Se houver algum táxon que não está na lista anote no campo nomevulgar.
• Após o término da entrada de dados de cada linha (15 subparcelas), juntar os arquivos ( de cada subparcela) em um único arquivo. Salvar a planilha do excel com o nome da linha (e.g. LinhaA.xls). FAZER BACKUPS diariamente desse arquivo.

Para checar os dados seguir as instruções do protocolo abaixo.

protocolo_checardados_nov09.doc

Para conferir os dados da linha e checar dados, baixar o RData abaixo e seguir as instruções do protocolo

checa.peic30nov09.rdata

Programas para extrair as coordenadas das árvores a partir do mapa das parcelas de 20×20.

• Baixar a versão mais atualizada do ImageJ
• Baixar o PointpickerCTFS e colocar no diretório Plugin do programa ImageJ. Versão 01 Mar 09 – versão anterior da ferramenta remove cross do pointpicker eliminava ponto errado.
• Arquivo zipado contendo o ij e o plugin PointPicker já incluído imagej.zip

• Entre no linque a seguir para baixar o Repositório para baixar a versão mais atual do R

• Versões anteriores do R

OBS: Aparentemente, pode haver incompatibilidade com algumas versões mais novas do R. Até a versão 2.8.1 o script esta funcional, e na versão 2.10.0 também

• Para maiores informações veja o wiki da disciplina de Introdução ao R

Atenção novo arquivo RDATA versão 31 de março de 2010

• Baixar a o arquivo entradadospeic31mar2010.rdata no diretório que irá trabalhar. Se já tiver instalado o R no computador, poderá abri-lo diretamente do diretório de trabalho.

entradadospeic08dez2009.rdata

Para a entrada de dados das planilhas:

entra_dados_peic_07nov09.xls