Reunião 15

Pautas

O que fiz

• defini dp e número de ciclos para as próximas simulações (dp = 500 e ciclo = 3e5) a partir de simulações-teste (explicar que as simulações eram interrompidas precocemente)
  • extremo 1 sp com evolução: hipercubo {xi0 (1 a 5000), dist.pos (1 a 3e5), dist.int (0 a 1) }/ fixos {S (1), j (5000), dp (500), ciclo (3e5), step (100)}
  • extremo várias spp sem evolução: hipercubo {S (5 a 500), dist.pos (1 a 3e5), dist.int (0 a 1)} / fixos {xi0 (1 a 5000), j (round(5000/S)), dp (0), ciclo (3e5), step (100)}
  • várias spp com evolução: hipercubo {S (5 a 500), xi0 (1 a 5000), dist.pos (1 a 3e5), dist.int (0 a 1)} / fixos {j(round(5000/S)), dp (500), ciclo (3e5), step (100)}
• modifiquei simula_input para fixar o dp em todas as simulações (e não colocar no hipercubo)
• modifiquei código de simula.neutra.step para gravar o número de mortes cumulativo
• modifiquei o código de simula_ouput para olhar pro tempo de 1 (ou mais) gerações
• modifiquei o código de simula_output para acrescentar análises por espécies (média das médias, média das variâncias, etc) e também “taxa de mudança” da estratégia (diferença entre estratégias final e inicial / estratégia inicial)
• modifiquei código de simula.neutra.step para retirar o trade-off, rodei algumas simulações e interpretei
• modifiquei o código de simula.neutra.step para gerar caracter “neutro” e rodei algumas simulações
• modifiquei o código de simula.neutra.step para aceitar indivíduos com valores diferentes de estratégia de vida inicial
• entendi problema do servidor (RStudio)
• paralelizei o código com os pacotes “plyr” e “doMC”

O que vou fazer

1

• interpretar melhor simulações com caracter neutro

2

• resolver dúvidas código
  • manter cálculo inicial de 1/J para a probabilidade de morte dos indivíduos?
  • usar o xi0 mín ou o xi0 máx no cálculo de X no código modificado para aceitar spp com diferentes estratégias iniciais? (escolha atual: xi0 min)
  • o fato de termos sempre gerado simulações em que as spp nunca estão no extremo r (já que X é xi0J) pode resultar/enviesar alguma coisa?
  • por que na hora de selecionar o papi, vcs não escolheram diretamente do banco de sementes? Isso é prejudicial pra galera r dentro de cada espécie, não? Devo mudar isso?
• olhar pacote “parallel” para outra opção de paralelização
• fazer marcação no código para que eu saiba como está o andamento das simulações
• rodar simulações (extremos) no servidor
• realizar SBMA para saber se o número de simulações foi o suficiente

3

• pensar em como operacionalizar coexistência (ou melhor: diversidade de estratégias)
• pensar sobre olhar para vários tempos (em gerações) para garantir que a mudança na média e na variância das estratégias esteja indo sempre para a mesma direção
• reduzir número de variáveis operacionais

4

• ler sobre contexto teórico!

Outros

• Curso Unicamp

Ata

• Gerais:
  • criar função geral com argumento lógico para trade-off (demônio de Darwin) e para prop/ciclo (caracter neutro)
  • rodar simulações (com valores de parâmetros acima!) no Ábacus
  • colocar dados no servidor do Labtrop!
  • depois de fazer as análises exploratórias das novas simulações, escolher as variáveis operacionais (output) mais informativas
  • olhar para vários tempos (em tempos de geração) para simulações mais interessantes (não é necessário fazer pra todas)
• Dúvidas:
  • usar o xi0 mín ou o xi0 máx no cálculo de X no código modificado para aceitar spp com diferentes estratégias iniciais? Resposta: usar xi0 mín. Possível problema: dar pau caso o xi0 máx seja maior que o J. Solução: Colocar no argumento apenas a opção de escolher o xi0 mín (o xi0 máx seria dado por xi0J).
  • manter cálculo inicial de 1/J para a probabilidade de morte dos indivíduos? Resposta: não.
  • o fato de termos sempre gerado simulações em que as spp nunca estão no extremo r (já que X é xi0J) pode resultar/enviesar alguma coisa? Resposta: talvez. Se resolvermos o problema de não calcularmos pi como 1/J, podemos colocar X como um argumento.
  • [Resumo (o que faz sentido disso tudo, já que tem coisas acima que não fazem sentido): criar um argumento X!]
• Dicas:
  • editor de texto: kate (tem integração com o R)
  • R Markdown (RStudio) - pacote: knit
• Extras:
  • Curso Unicamp: fazer últimos dois dias (2 e 3 de junho)
• O que faltou falar:
  • por que na hora de selecionar o papi, vcs não escolheram diretamente do banco de sementes? Isso é prejudicial pra galera r dentro de cada espécie, não? Devo mudar isso?
  • pensar em como operacionalizar coexistência (ou melhor: diversidade de estratégias)

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