Melhorias (future)
- filogenia das famílias com mais de dois gêneros (Sapo, Faba, Lecy)
- calcular abundância das espécies da lista para toda a área
Sinal filogenético no pool de espécies
Qual o peso da filogenia nos atributos funcionais das espécies?
Método
SYNCSA
Dados
B
A planilha de atributos funcionais (médias por espécie, exceto MH) foi modificada da seguinte forma:
- Só foram considerados como entradas válidas atributos cujo cálculo fosse baseado em pelo menos 3 (para efeito de comparação a análise também será feita com níveis de corte variando entre 1 e 6) coletas (exceto MH); em vez de “NA” foi utilizado o valor -999 (padrão Syncsa).
- Foram excluídos atributos reprodutivos.
- O único atributo categórico (divisão do limbo foliar) foi transformado em binário (simples - 0 e composta - 1).
W
Para esta análise foi considerada uma única grande comunidade. Os valores de desempenho usados foram a área basal (os mesmos valores que estão na planilha do diversus: plots 1, 3, 7 e 9). Essa matriz W não deve importar, afinal ela não entra no cálculo do sinal filogenético no pool de espécies (PSS, segundo Pillar et al. 2010 EcoLetters). PSS é calculado através da correlação entre as matrizes de similaridade filogenética (Sf) e funcional (Sb).
Sf
As relações filogenéticas, baseadas no phylocom e em artigos especializados, foram transformadas em uma matriz categórica (ver Pillar et al. 2010 EcoLetters) seguindo os seguintes passos:
- Atribui a espécies de um mesmo gênero os mesmos valores (e.g.: Protium hebetatum - 1, Protium tenuifolium - 1, Guarea convergens - 2, Pouteria anomala - 3, Pouteria macrophylla - 3). Espécies de mesmo gênero terão então as mesmas distâncias, a menos que as relações filogenéticas dentro do gênero já estejam estabelecidas.
- Atribui diferentes códigos para gêneros de diferentes famílias ou sub-famílias (e.g.: Abarema - 1, Zygia - 1, Pouteria - 2, Manilkara - 2, Couratari - 3, Eschweilera - 3). As informações disponíveis no phylomatic geralmente dão conta a partir de famílias.
- As relações a partir de famílias foram baseadas do APGIII (automaticamente pelo phylomatic).
- A atribuição de valores acaba quando restam apenas dois grandes grupos: Magnoliales e o resto.
Depois de feita a planilha que chamei de F_gower (o índice usado para calcular a similaridade é o de Gower), uso o script arv no R (pacote vegan) e obtenho a matriz de similaridade Sf.
Arquivos
| arquivos | detalhes |
|---|---|
| F | matriz com variáveis filogenéticas nominais |
| P | filogenia no formato newick |
| Sf | phylomatic + classificação (gen e fam) |
| BW | diversus-Manaus (as matrizes B e W estão no mesmo arquivo) |
| spp | nomes das espécies |
| INFO | detalhes da execução do programa |
| ORDEN |
Scripts do R
| .R | detalhes |
|---|---|
| arv.r | transforma o arquivo newick em umamatriz de similaridade filogenética |
| orden | gráfico da ordenação |
Resultados
Os sinais (PSS) foram calculados usando-se diferentes números mínimos de réplicas cujas médias foram usadas para calcular os atributos foliares. As randomizações foram feitas com base em uma mesma raiz (seed=125).
| Sinal filogenético | |||
|---|---|---|---|
| Corte1) | ro(BF) | p(10000X) | |
| n>=1 | 0,0355948 | 0,1786 | |
| n>=2 | 0,0173957 | 0,4868 | |
| n>=3 | 0,0169503 | 0,4905 | |
| n>=4 | 0,0310049 | 0,1841 | |
| n>=5 | 0,0426072 | 0,0608 | |
| n>=6 | 0,0520978 | 0,0204* | |
| Sinal filogenético | |||
|---|---|---|---|
| Corte2) | ro(BF) | p(10000X) | |
| a>=1 | Deve ser igual a n>=3 da tabela acima! | ||
| a>=2 | 0,0486999 | 0,0589 | |
| a>=3 | Não há espécies com apenas 3 atributos viáveis | ||
| a>=4 | 0,0885694 | 0,0124* | |
| a>=5 | 0,0880518 | 0,0144* | |
| a>=6 | 0,0867446 | 0,0155* | |
| a>=7 | 0,130979 | 0,0026* | |
Otimização
Quais atributos são mais conservados filogeneticamente? O conjunto de atributos que resultou num maior roBF(=0.07949631) foi: sla, ldmc, mh e wd, seguido do conjunto sla, ls, ldmc, lts e wd (roBF=0.07914028;p=0.63). A conferir esses resultados com análises individuais dos atributos!
Agora o conjunto de atributos que menor correlação tiveram com a filogenia (roBF=0.0005451079): sla, ldmc e lts.
Ordenação
- incluir abundância/área basal/frequencia gerais em toda a área de estudo (?)
Problemas
Há dois tipos de cortes que podem ser feitos quanto aos atributos:
- Como os atributos com que trabalhamos se referem à média de alguns indivíduos amostrados, quando o número desses indivíduos é baixo, não temos uma boa representação. Neste caso podemos não considerar o atributo, mas manter a espécie. No lugar do valor entra um NA (no caso do programa deve ser -999).
- Um segundo corte poderia ser ao nível da espécie: uma espécie com poucos atributos disponíveis ou viáveis representará um ruído desnecessário à análise.
- Há atributos que estão muito relacionados à filogenia, como a divisão do limbo foliar em unidades menores.
- Altura máxima deve ser tratada como variável categórica?
Soluções
- Vamos adotar o seguinte critério: apenas serão considerados atributos com pelo menos 3 réplicas.
- Só entrarão na análise espécies que contenham pelo menos 4 atributos viáveis.
- Atributos obviamente relacionados com a filogenia não serão considerados.
- Altura máxima será tratada como categórica ordinal.
Impressões
- Quanto menos espécies, maior o sinal filogenético.
- Atributos altamente relacionados com a filogenia (limbo foliar) inflam o sinal filogenético.
Discussão
Há um sinal filogenético no pool de espécies (p<0,02), porém ele é muito fraco (ro(BF)<0,09).