Vanderlei

SYNCSA

Fiz algumas modificações nas funções, acho que ficaram bem mais eficientes agora. Agora há a opção de escolher se os atributos estão ou não na mesma escala, o mesmo para as variáveis ambientais. Também há a opção de escolher o método para calcular as distância para o cálculo das correlações de matrizes e o método das correlações. Na última atualização foram escritas as funções de maximização de atributos para TCAP, TDAP e TCAP and TDAP.

No arquivo abaixo há todas as funções assim como as instruções para as mesmas.

syncsa_r_com_intrucoes.r

Versões antigas das funções

Matriz P

p.matrix.r

Matriz T

t.matrix.r

Matriz X

x.matrix.r

Permutação de matrizes

permut.matriz.r

Centralização e normalização de matrizes

cent.norm.r

Correlação de matrizes

cor.matrix.r

SYNCSA

syncsa.r

Maximização de correlação entre matrizes

maxim.r

Script para os Testes

Se alguém tiver interesse de testar as funções abaixo esta o script com os comandos para entradas de dados, calculo das matrizes, das distâncias e correlações. Além disso deixei o Prinda (A saída de dados do Syncsa) quando calculados com os exemplos que estão nesta página. É preciso de todas as funções desta página para dar certo, além de carregado o pacote vegan.

testes.r

teste_syncsa.txt

Entrada de dados

community_data.txt

traits_data.txt

phylogenetic_distance.txt

ambiente_data.txt

Saída de dados

matrix.w.txt

matrix.q.txt

matrix.p.txt

matrix.b.txt

matrix.t.txt

matrix.u.txt

matrix.x.txt