Dúvidas e comentários
(06set09)
Ale, existe um problema na forma como a primeira função classes() está chamando as classes criadas. Com a tua última alteração, ela cria as colunas
# $ censo2007 : num 10 10 9 9 9 9 9 9 9 9 ... # $ censo2009 : num 10 10 9 9 9 9 9 9 9 9 ...
Esses nomes de colunas, no entanto, não são reconhecidos na função seguinte matriz.trans()
matriz.transicao = matriz.trans(dados=teste1, fator=NULL, censo.classe=c("classe2007", "classe2009"))
# Error in `[.data.frame`(dados, , censo.classe[1]) :
# undefined columns selected
O mesmo possivelmente acontecerá com a função taxas.vitais(), pois um de seus argumentos é o mesmo censo.classe da função matriz.trans().
Talvez seja simples de resolver, mas não entendi direito os comandos dessa parte que tu inseriu na função classes().
(31ago09)
Ale, estou revisando o cálculo que fiz das taxas vitais (talvez tu tenha razão quanto à sobrevivência) e lendo as explicações do livro do Morris & Doak (é no capítulo 6 mesmo, me enganei hoje tinha falado 8).
Vou precisar de um tempo para sedimentar isso e entender a parte da função que calcula a matriz a partir das taxas. Que tal se a gente marcasse para quinta ou sexta sentarmos novamente para ver isso tudo?
(30ago09)
Ale, juntar as classes piora o número de transições, uma vez que a classe fica ainda mais ampla. Eu fiz testes com menos classes e essas 15 e 18 foram as que precisavam de menos parametrização extra. Com menos classes continuávamos sem transições nas maiores, mas se tivéssemos mortalidade isso não seria problema. Agora com a função e a segunda transição podemos fazer um monte de testes e certamente chegaremos a um maior refinamento. Mas não acho que seja ruim esse número de classes. No capítulo 6 do Morris & Doak (2002) páginas 195-196 (Setting class boundaries) eles sugerem como fazer e advogam a favor de um número grande de classes para organismos com ciclo de vida longo. Encontrei artigos com árvores que empregam um número similar de classes (Chien et al. 2008, por exemplo).
(30ago09)
Cris, acabo de escrever um email com dúvidas a respeito:
- não houve nenhum recrutamento em 2008? O NA no tamanho2008 significa mortalidade? O mesmo não deveria acontecer para tamanho2007, NA significando recrutamento?
- não entendo os cálculos de regressão e sobrevivência que fez
Seguem o novo arquivo de funções. Agora já podemos calcular as taxas vitais e montar a matriz a partir dela. Isso irá permitir manipular as taxas (parametrizar é mais bonito!)