O objetivo e as perguntas do capítulo sofreram pequenas alterações decorrentes do emprego de outras análises:
Objetivo:
Relacionar a estrutura das populações aos atributos de estrutura e idade dos fragmentos.
Perguntas:

1. Os fragmentos podem ser diferenciados entre si a partir da estrutura do componente arbóreo? Havendo diferença, eles podem ser ordenados ou agrupados por estádio sucessional/grau de alteração com base nesses dados?
2. Quais são as diferenças na densidade e estrutura das populações entre os fragmentos?
3. Qual é a relação entre a densidade e a estrutura das populações e os atributos de estrutura (densidade, área basal) dos fragmentos?

Como responder às perguntas:

1. Diferenças entre os fragmentos e sua ordenação: análise multivariada (PCO+DCA) - pacote vegan R
2. Diferenças na densidade das populações: intervalo de confiança por bootstraping?
3. Diferenças na estrutura das populações (sugestão Paulo Inácio): empregar funções de densidade probabilística para variáveis aleatórias contínuas, como é o caso do diâmetro, tais como a exponencial, lognormal e Weibull, a fim de verificar qual distribuição melhor se ajusta aos dados. Em seguida calcularemos o log da verossimilhança para essa distribuição em cada fragmento e usaremos o AIC. Diferenças nos parâmetros da distribuição entre fragmentos refletem a diferença entre eles. Uma vantagem é utilizar o conjunto todo de dados sem a necessidade da divisão em classes. Para entender melhor todo o procedimento fazer os tutoriais da disciplina de seleção de modelos e estudar as distribuições no livro do Bolker. Artigos sugeridos pelo Paulo Inácio:Palahi_etal_2007Podlaski_2008
4. Para relacionar os resultados de estrutura das populações à estrutura dos fragmentos, vamos fazer um procedimento de bootstraping para a área basal e a densidade e usar o intervalo de confiança resultante (ordenando as florestas por idade) para comparar com a estrutura das populações. O uso do bootstraping elimina o problema de dependência das amostras, já que faremos uma subamostragem com reposição. Não é possível empregar o procedimento de seleção de modelos utilizado em Arroyo-Rodriguez et al. 2007, pois o tamanho da nossa amostra seria apenas seis.

O Ale elaborou uma função para lidar com o problema do cálculo da área basal por indivíduo para uma planilha de dados em que os fustes múltiplos são as linhas e que o número (placa/tag) do indivíduo pode repetir entre fragmentos.
Funcao área basal para fuste múltiplo, por fragmento:
area.basal.r

1. Definição do escopo do capítulo de comunidades: fechar perguntas (ver abaixo) e análises que serão empregadas
2. Dúvida no R: como calcular os parâmetros por indivíduo

1. ESCOPO DO CAPÍTULO

Objetivo: Relacionar a estrutura das populações com os atributos de composição e estrutura dos fragmentos florestais estudados a partir dos quais será definido o estádio sucessional/grau de alteração da floresta.
1.1 Perguntas:

• Os fragmentos podem ser diferenciados entre si com base nos dados de estrutura do componente arbóreo? Os fragmentos podem ser agrupados ou ordenados por estádio sucessional/grau de alteração com base nesses dados?
• Quais são as diferenças na densidade e estrutura das populações entre os fragmentos?
• Existe relação entre a densidade das populações e variáveis descritoras do fragmento como densidade de árvores, área basal, riqueza, tamanho, idade (dados com Paula Lira)? Ou: Existe relação entre a densidade das populações e o estádio sucessional/grau de alteração do fragmento?
  

1.2 Como respondê-las…

• Diferenças entre os fragmentos: análise multivariada (PCO+DCA)
• Diferenças em densidade e estrutura das populações. Primeira decisão: é adequado usar a densidade inicial ou final (não vejo sentido em comparar os anos, já que tem o capítulo de dinâmica). Diferenças na estrutura: coeficiente de Gini (assimetria) key fit (pondera a proporção de indivíduos por classe)
• Como relacionar as duas coisas? Ver abordagem de Arroyo-Rodriguez et al. 2007. GLM onde a densidade das populações (densidade média?) é a resposta e as variáveis do fragmento (densidade árvores, área basal, riqueza, tamanho, idade) são as preditoras? Como lidar com a questão de que a densidade das populações foi tomada numa parcela só e as demais são no seu entorno?
  

1.3 Idéias para o título

1. Relação entre características estruturais dos fragmentos e a estrutura populacional de espécies comuns em uma paisagem de Floresta Atlântica no sudeste do Brasil
2. Características estruturais dos fragmentos são boas preditoras da densidade populacional? Um teste com duas espécies arbóreas comuns em uma paisagem de Floresta Atlântica
3. Características estruturais dos fragmentos são boas preditoras de parâmetros populacionais? Um teste com duas espécies arbóreas comuns em uma paisagem de Floresta Atlântica

1.4 Revistas possíveis

1. focar na fragmentação e então a revista teria seria voltada para a conservação. Exemplos: Biodiversity and Conservation (1.473), Biological Conservation (3.566), Conservation Biology (4.705), Forest Ecology and Management - mas essa não tem tanto a ver (2.110)?
2. focar na estrutura populacional e pensar em algo como Plant Ecology (1.73).

2. DÚVIDAS NO R
Como fazer para calcular os parâmetros por indivíduo (problemas com a numeração…). Calculei separadamente por fragmento, já que o número pode repetir e agora não consigo juntar…
comun.r comun.rdata dados_analise_comunidade.txt