1. os dois conjuntos de dados serão analisados separadamente, conforme o intervalo de tempo. As variáveis resposta (abundância final, sobrevivência e taxas de crescimento) serão calculadas separadamente para as plântulas nas seguintes fases: apenas cotilédones, cotilédones e folhas e apenas folhas. O Ale sugeriu incluir a variação na abundância também, juntamente com a abundância final, pois elas fornecem informações diferentes (o quanto aquele fragmento está mudando em termos do recrutamento dessas populações). Sugeriu ainda que eu procure informações sobre índices de turnover.
2. adotaremos o tamanho máximo de 50 cm, pois é o que tem sido visto em outros trabalhos.
3. testaremos a autocorrelação espacial. O Ale me passou uma função que ele construiu para o cálculo do índice de Moran e também fiquei de testar o pacote ecodist.
4. decidimos pelo emprego dos modelos mistos considerando a floresta como um bloco, por entender que a questão abordada fica mais geral, focada na luz e serrapilheira, ao invés de depender do tipo de floresta secundária.

Como foram amostradas as plântulas:

• acompanhamento por 27 meses de todas plântulas com altura mínima de 10 e máxima de 100 cm.
• acompanhamento por 15 meses de todas as plântulas com altura máxima de 100 cm.

1. o que fazer com os dois conjuntos de dados? A Vânia sugeriu que eu abandonasse completamente os dados de 27 meses e usasse só os que tenho todos os tamanhos. Talvez essa seja uma boa solução, pois a perda de informação se dá apenas no tempo de acompanhamento, o que seria compensado pela a inclusão de todos os tamanhos de plântulas. Incluir as plântulas desde bem pequenas faz mais sentido para a questão que estamos abordando.
2. qual o tamanho máximo adotar? Não faz sentido pensar em efeito da serrapilheira, por exemplo, para plântulas muito grandes. Algumas sugestões de limite de corte: 30 ou 50 cm? Há pouca diferença de tamanho amostral entre ambas, portanto sugiro 30 cm.
3. será testada a autocorrelação espacial? O Jean Paul perguntou se testamos a autocorrelação entre as parcelas. Quando nós conversamos sobre a banca da quali decidimos que isso seria testado, para saber o grau em que ocorre e decidir se seria ou não incorporado ao modelo.
4. empregaremos modelos mistos mesmo? LM para as taxas de crescimento, GLM binomial para proporção de mortas, GLM binomial negativa (ou zero-inflated POisson model - ZIP) para abundância.
5. como calcular as variáveis resposta? Para abundância, manter a abundância final? Separar por com e sem cotilédone para todas elas? Essa foi uma sugestão da Vânia também.