Preparando os dados
Atualização Nov 2010
— Alexandre Adalardo 2010/11/04 12:28 Esses dados foram repassados pelo Renato Lima ao Ale para as análises da Mari. Foram reajustados segundo mapa disponível em Gomes et. al 2007. As análises da Marcia foram feitas com a versão antiga. Depois de pequenos ajustes a versão atual é:
Essa versão está bem parecida com o mapa de Gomes. Entratanto, nossos códigos tem algumas diferenças que devem ser ajustadas para publicar (caso queiram adotar a classificação!):
- esp.hist = Organossolo + Espodossolo organossólico
- esp.org = Espodossolo organossólico com horizonte (Cgi)
No artigo ele comenta que são muito parecidos, tanto os Organossolos como os espdossolos organossólicos (que para ele inclui o hístico). Todos estão em terrenos mais baixos (“abaciados” no organossolo) e tem forte influência da flutuação do lençol. Parece que são os solos encharcados e alagados da parcela.
Dados Base de solo. solo.ale.txt.pdf
Matriz de habitat de solo
dados de solo no arquivo solo.ale.txt
> read.table("solo.ale.txt",header=T, sep="\t", as.is=T)->solo
> str(solo)
'data.frame': 256 obs. of 7 variables:
$ col : chr "A" "A" "A" "A" ...
$ row : int 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
$ quad : chr "A00" "A01" "A02" "A03" ...
$ ntree: int 62 51 80 69 62 73 65 57 47 55 ...
$ soil : chr "neo" "neo" "trans" "esp.aren" ...
$ pred : chr "total" "total" "" "total" ...
$ tipo : num 1 1 2 3 3 3 3 3 3 3 ...
> unique(solo$soil)
[1] "neo" "trans" "esp.aren" "esp.hist"
> solo$tipo[solo$soil=="neo"]=1
> solo$tipo[solo$soil=="trans"]=2
> solo$tipo[solo$soil=="esp.aren"]=3
> solo$tipo[solo$soil=="esp.hist"]=4
> solo$tipo
[1] 1 1 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 3 3 3 1 1 2 3 3 3 3 3 3 3 3 2 4 3 3 3 1 1 1 3 3
[38] 3 3 3 3 3 3 3 2 3 3 3 1 1 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 3 3 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3
[75] 3 2 4 2 3 3 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 2 4 4 4 3 3 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 2 4 4 4 3
[112] 3 1 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3 2 4 4 2 3 1 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3 2 4 4 2 3 1 1 1 1
[149] 1 3 3 3 3 3 3 3 2 4 2 3 1 1 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3 3 2 2 3 1 1 1 1 1 2 3 3 3
[186] 3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 1 2 3 3 3 3 3 3 2
[223] 2 3 1 1 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 3 2 2 3 1 1 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 3 2 2 3
> matrix(solo$tipo,16,16,byrow=F)-> matsolo
> image(t(matsolo))
##produz a imagem gráfica dos habitats de solo ####
Matriz de densidade de Calophyllum
read.table(“peic_nov2008.txt”,header=T, sep=“\t”, as.is=T)→peic
table(peic$spcode,peic$quadrat)→allspp
allspp[“Calobr”,]→calo