Filogenia
Através do phylomatic, construi a arvore filogenetica das 42 especies para as quais temos a chuva de sementes (e portanto é possivel estimar a fecundidade). Usei o algoritmo que cria uma arvore baseada em Davies et al. 2004, que usou o gene de plastideo rbcL. A partir de Wikström et al. 2001 retirei as idades dos nos da arvore (ancestral comum dos taxons terminais). As idades dos braços (branches) sao necessarias para o calculo do sinal filogenetico.
Árvore construída no phylomatic com o algoritmo Davies et al. 2004
Quando as datas são aproximadas, procuro aceitar a data mais antiga, desde que respeite a data do acestral imediato.
| Nó | Táxon | Idade (MYR) | Fonte |
|---|---|---|---|
| 0 | Pinales/Podocarpaceae | 252 | APG III |
| 1 | Angiosperms | 158 | Wikström et al. 2001 (nó ~1 - aqui ha conflito com as monocots) |
| 2 | Magnoliids+Eudicots | 143 | Wikström et al. 2001 (nó ~4 - conflito com as monocots) |
| 3 | Eudicots/Core eudicots | 114 | Wikström et al. 2001 (nó 13) |
| 4 | Rosids | 111 | Wikström et al. 2001 (nó 14) |
| 5 | Eurodids II | 100 | Wikström et al. 2001 |
| 6 | Myrtaceae | 87 | APG III |
| 7 | Eurosids I | 94 | Wikström et al. 2001 (nó 19) |
| 8 | Celastrales+Malpighiales | 89 | Wikström et al. 2001 (nó 20) |
| 9 | Malpighiales | 77 | Wikström et al. 2001 (nó 22) |
| 10 | Clusiaceae+(Erythroxylaceae+Humiriaceae) | 75 | Wikström et al. 2001 (nó 24) |
| 11 | Clusiaceae | 54 | Wikström et al. 2001 (nó ~55) |
| 12 | Erythroxylaceae+Humiriaceae | 73 | Wikström et al. 2001 (nó 25) |
| 13 | Euphorbiaceae+Malpighiaceae | 70 | Wikström et al. 2001 (nó 63 (seria nó ~22)) |
| 14 | Euphorbiaceae | 70 | APG III |
| 15 | Fabaceae (Fabales) | 64 | APG III |
| 16 | Santalales+Asterids | 112 | Wikström et al. 2001 (nó 211) |
| 17 | Asterids | 107 | Wikström et al. 2001 (nó 212) |
| 18 | Euasterids I + Euasterids II | 102 | Wikström et al. 2001 (nó 213) |
| 19 | Euasterids II | 99 | Wikström et al. 2001 (nó 214) |
| 20 | Euasterids I | 83 | Wikström et al. 2001 (nó 256) |
| 21 | Ericales | 106 | Wikström et al. 2001 (nó 315) |
| 22 | Theaceae+Clethraceae | 91 | APG III (idade de Theaceae) |
| 23 | Primulaceae+Sapotaceae | 83 | APG III (idade de Sapotaceae) |
| 24 | Magnoliids | 133 | Wikström et al. 2001 (nó 521) |
| 25 | Annonaceae | 110 | APG III (110.4) |
| 26 | Lauraceae | 100 | APG III |
| 27 | Ocotea | ||
| 28 | Arecaceae | 120 | APG III |
| 29 | Gomidesia | ||
| 30 | Myrcia | ||
código da árvore no R (generos com mais de uma espécie diversificando 1 milhao de anos depois do seu primeiro ancestral, politomias dentro de familias):
library(ape) TREE= "((((((Tapirira_guianensis:100,(Blepharocalyx_salicifolius:87,Calyptranthes_concinna:87,Eugenia_sulcata:87,(Gomidesia_affinis:86,Gomidesia_fenzliana:86,Gomidesia_schaueriana:86)Gomidesia:1,Marlierea_racemosa:87,(Myrcia_glabra:86,Myrcia_grandiflora:86,Myrcia_multiflora:86,Myrcia_racemosa:86)Myrcia:1,Siphoneugena_guilfoyleiana:87)Myrtaceae:13):11,((Maytenus_robusta:89,(((Calophyllum_brasiliense:54,Clusia_criuva:54,Garcinia_gardneriana:54)Clusiaceae:21,(Erythroxylum_amplifolium:73,Humiriastrum_dentatum:73):2):2,((Alchornea_triplinervia:69,Pera_glabrata:69)Euphorbiaceae:1,Byrsonima_ligustrifolia:70):7):12):5,(Andira_anthelmia:64,Balizia_pedicellaris:64)Fabaceae:30):17):3,((((Ilex_theezans:99,Schefflera_angustissima:99):3,(Tabebuia_cassinoides:83,Amaioua_intermedia:83):19):5,((Clethra_scabra:91,Ternstroemia_brasiliensis:91):15,(Myrsine_venosa:83,Manilkara_subsericea:83):23):1):5,Heisteria_silvianii:112):2):29,((Guatteria_australis:110,Xylopia_langsdorffiana:110)Annonaceae:23,(Endlicheria_paniculata:100,(Ocotea_dispersa:99,Ocotea_pulchella:99)Ocotea:1)Lauraceae:33):10):15,(Bactris_setosa:38,Euterpe_edulis:38,Geonoma_schottiana:38)28:120):94,Podocarpus_selowii:252);" treeDavies= read.tree(text=TREE) plot(treeDavies, show.node.label=FALSE, no.margin=TRUE, cex=0.7, root.edge=FALSE, label.offset=1)