Projeto

BASE TEÓRICA (INTRODUÇÃO)

1. A Ecologia pretende entender os padrões de diversidade e os processos que geram e mantêm esses padrões
2. Importante olhar para diversidades funcional e filogenética
3. Sob movimento browniano, é esperado que as espécies que divergiram a menos tempo sejam mais parecidas.
   1. O movimento browniano é um processo, mas neste caso é o modelo nulo.
4. Filtros ambientais fazem com que as espécies sejam mais parecidas que por mov. browniano (convergência de caracteres)
5. Porém, competição gera divergência (teoria clássica do nicho) (espécies menos parecidas que por mov. browniano.
6. Para diferentes caracteres (morfológicos, ecológicos, fisológicos,etc) são observados diferentes padrões de relação das espécies com suas proximidades filogenéticas.
7. Não se deve assumir a priori a relação entre filogenia e semelhança de caracteres.
8. O fitness de uma população pode ser medido através de suas taxas demográficas.
9. Os caracteres demográficos são resultado direto das interações entre as espécies e de suas relações filogenéticas. O que esperar do comportamento desses caracteres quando se olha para a filogenia das espécies?

PERGUNTA:

1. Quais os processos ecológicos que levam aos padrões demográficos observados em uma comunidade?

1. Há sinal filogenético para a demografia das espécies?
2. Se há sinal filogenético, ele é mais conservador ou estabilizador?

1. Obter as distâncias ecológicas entre as espécies.
   1. determinar fecundidades das espécies usando chuva de sementes e plantulas.
      1. Encontrar um modelo alométrico para a fecundidade.
   2. Rodar Modelo De Projeção Integral (IPM)
      1. Roda bem com dados fictícios.
   3. Obter as elasticidades
      1. Como interpretar as elasticidades do Modelo de Integração Integral no R?
   4. Plotar as elasticidades no triângulo de Grime
      1. OK, função triax.plot do pacote plotrix
   5. Calcular as distâncias ecológicas.
      1. Como transformar a posição no triangulo em distancia ecologica?
2. Obter as distâncias filogenéticas entre as espécies.
   1. Aguardando o Jerome enviar os dados das sequencias.
   2. Construir a árvore.
      1. Que método usar? Parsimônia, verossimilhança…
   3. A partir da árvore, obter as distâncias entre taxons.
      1. pacote picante. Livro do Paradis.
3. Calcular o sinal filogenético.
   1. há sinal filogenético?
      1. Teste de Mantel.
   2. as espécies são ecologicamente mais ou menos similares que o esperado apenas por evolução em movimento Browniano?
      1. estatística K (Blomberg et al. 2003). Pacote picante calcula K.

• Phylogenetic comparative methods (PCMs) on R: http://cran.r-project.org/web/views/Phylogenetics.html
• Analysis of Phylogenetics and Evolution with R - Emmanuel Paradis (pdf)

• Sinal filogenético: tendência de espécies relacionadas parecerem mais entre si que com espécies tiradas ao acaso da árvore filogenética. EVOLUÇÃO NEUTRA

• Phylogenetic niche conservatism results when closely related species are MORE ECOLOGICALLY SIMILAR that would be expected based on their phylogenetic relationships. (Losos, 2008) EVOLUÇÃO NÃO-NEUTRA

Sinal filogenético é esperado quando há divergência evolutiva por movimento Browniano (divergência ao acaso). É necessário mas não suficiente para que haja “conservantismo de nicho filogenético” (tradução da Lúcia Lohmann).

sinal filogenético = efeito filogenético