Mestrado Gabriel
Dissertação: versão antes da banca:
ARQUIVOS
Gabriel, em 10 out 2009 - Projeto
Comentários da Cris (12_out_09)
projeto_mestrado_gabriel_1_cris_14out09.doc
DOCS FUSP
OLD...
O arquivo newick tinha um terminal a mais. Isso está acontecendo sempre. Retirei o últim “( )” junto com o nome do último nó e ele funcionou.
Segue o arquivo, camandos do R para fazer a figura e a figura.
library(ape)
## precisa antes baixar o pacote APE no menu > Pacote > Instalar Pacote
peic.gab = read.tree("listaGabr.txt")
## antes de ler deve retirar o último ramo e os respectivos "()". O arquivo deve estar no mesmo diretório do R, caso contrário não achara o arquivo. Pode mudar o diretório do R pelo menu > Arquivo > Mudar dir... ou pode colocar o endereço completo no read.tree("endereço completo")
plot(peic.gab, cex=0.6)
Projeto
Pergunta: Espécies mais relaciondas filogeneticamente tem demografia mais similar?
ACHO QUE A PERGUNTA ESTÁ BOA!
Hipótese: Espécies mais proximamente relacionadas apresentarão taxas de
crescimento estocástico populacional mais parecidas (demografia é uma característica mantida filogenéticamente)
AQUI EU NÃO ENTENDI DIREITO O QUE QUER DIZER COM CRESCIMENTO ESTOCÁSTICO! O MODELO A PRINCIPIO NÃO É ESTOCÁSTICO… PODEMOS ATÉ INCLUIR ALGUMA ESTOCASTICIDADE (AMBIENTAL OU DERIVA).
H:“ESPÉCIES FILOGENETICAMENTE PRÓXIMAS SÃO MAIS EQUIVALENTE DEMOGRAFICAMENTE”
QUANTO AS PREVISÕES: 1 E 2 ESTÃO OK! E TEM COMO PREMISSA QUE OS GENEROS E FAMILIAS REPRESENTAM SÃO MONOFILETICOS. 3: O APGII NAO CHEGA A ESPÉCIE…. SÓ A FAMILIA NO MÁXIMO!
POR ENQUANTO É ISSO! HÁ UM TRABALHO DO CONDIT QUE FALA SOBRE DEMOGRAFIA MAIS SIMILAR PARA AS ESPÉCIES DE BARRO COLORADO. QUANTO A JUNÇÃO DAS DUAS COISAS, ACHO QUE NÃO VAI ENCONTRAR… ESPERO! ISSO TORNA O TRABALHO MAIS RELEVANTE! ACHO QUE O LINK TEORICO É A ESTURUTURAÇAO DE COMUNIDADE NO MODELO NEUTRO DE HUBBEL QUE PREVE QUE AS ESPÉCIES (PER CAPITA) SÃO EQUIVALENTES DEMOGRAFICAMENTE… ISSO É VERDADE? HÁ UMA ASSINATURA DISSO FILOGENETICA OU NOS HABIATS? COLOQUE TUDO NO WIKI!…