Arquivos atualizados pela Mari em 23 de março de 2009.

Planilha recenso(cabeçalho)

Planilha censo

VEJA A PÁGINA QUE TRATA DO AJUSTE DOS DADOS planilhas

Notei que o campo codes do arquivo com os dados de recenso não tinham a legenda lx e ly quando os dados apresentavam problemas no mapeamento. Isso foi feito durante o workshop do CTFS. Por algum motivo isso ficou fora do arquivo que atualizei em novembro. Refiz isso, agora os códigos estão completos (Ale).

peic_fev2009.txt.pdf

Estamos utilizando os dados da planilha corrigida pelo Alê no Workshop CTFS, copie esse arquivo e depois de salvar exclua a extensão .pdf do arquivo que se chama peic.txt.pdf. Na realidade o arquivo está em formato txt, mas o wiki não aceita, portanto incluí a extensão pdf, depois da extensão .txt. Seu Windons precisa estar configurado para ver as extensões dos arquivos, caso contrário vc. não verá a extensão .pdf e não poderá excluí-la.

peic_nov2008.txt.pdf

Salvar esse arquivo no diretório que irá trabalhar. Abrir o R e mudar diretório, com a ajuda do menu FILE, para onde está o arquivo peic.txt

Ler esse arquivo no R:

read.table("peic_nov2008.txt", header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE)->peic

Criar uma coluna com um índice do tamanho dos pontos no mapa, relativo ao dbh, usando a função point.cex():

• Copie a função abaixo no R:

point.cex=function(dados)
{
  tam=dim(dados)[1]
  cex=rep(0,dim(dados)[1])
  cex[dados$dbh<100]=1
  cex[dados$dbh>=100 & dados$dbh<200]=1.25
  cex[dados$dbh>=200 & dados$dbh<300]=1.5
  cex[dados$dbh>300]=2
return(cex) 
}

• Rode esssa função nos dados peic e salve como uma coluna no peic$cex

point.cex(peic)->peic$cex 

• Selecionar as vivas:

peicA = peic[peic$status0=="A",]

• Selecione uma parcela dos dados:

peicA_D15=peicA[peicA$quadrat=="D15",]

• Salve os dados dessa parcela em arquivo .txt

write.table(peicA_D15, file="peicA_D15.txt", sep="\t", row.names=FALSE)
## esse arquivo pode ser aberto diretamente no Excel

• desenhe a parcela com os circulos proporcionais ao tamalho do dbh

plot(peicA_D15$lx, peicA_D15$ly, cex=peicA_D15$cex)

• copie a função para adicionar legenda no R:

legenda=function(dados)
{
  tam=dim(dados)[1]
  dt=duplicated(dados$tag)
  x=dados$lx
  y=dados$ly
  
  for(i in 1:tam)
  {
  legend(x[i]-0.5,y[i],legend=as.character(dados$tag[i]),cex=0.5,box.lty=0)
  }
}

• incluir as legendas do número das árvores no gráfico:

legenda(peicA_D15)

Exemplos de mapas

Dados da parcela A00

peica00.xls

Parcela D15

peica_d15.xls

Função interativa elaborada por Ale em janeiro de 2009 para produzir mapas das árvores, com o circulo proporcional ao diâmetro e as linhas de referência no campo. Além disso, lista as árvores com problemas de mapeamento (lembrar de fazer a lista para levar a campo junto ao mapa). Os problemas encontrados pela Mari em fevereiro (bordas cortadas) foram resolvidos em 17 de fevereiro.

Função R mapa recenso

Não esquecer de apagar o .pdf antes de carregar no R

Não me pergunte o que é essa linha vertical a esquerda…, acredito que são intrusões demoníacas*

Arquivo atualizado pela Mari em 26 de fevereiro de 2009.

Protocolo do censo e do recenso da parcela permanente do PEIC - 2009

Arquivo excell com indexação das familias, generos e espécies para Mari trabalhar (17/02/2009).

18/02/09 - Mari colocou a planilha já arrumada para o Alê poder trabalhar. Mari inseriu um campo cod_2009 com uma lista dos códigos utilizados no recenso e censo que talvez seja importante mostrar.

entra_dados_peic_18-02-09a.xls