Ajuste Censo 2010

Link para os Dados em Uso — Gabriel 2011/06/07 18:26

Um diagnóstico rápido de alguns problemas que devem ser resolvidos ASAP! Baseado no arquivo abaixo peic10xy que não deveria estar aqui, veja a outra página de DADOS EM USO, tem arquivo com nome diferente!— Alexandre Adalardo 2010/10/12 06:26

## verificando os dados peic 2010 com a Julia. 12 out 2010
peic10=read.table("peic10_xy.txt", header=TRUE, as.is=TRUE, sep="\t")
str(peic10$dbh_09)
## codigo válido
unique(peic10$status09)
table(peic10$status09)
table(peic10$status09)

#          A    AS     D     E    NE 
#   76 47673    53   973     7  1575 
sum(peic10$status09=="")
#[1] 76
peic10[(peic10$status09==""),]
## Esses registros não apresentam status09. Isso é possível? Achei que o campo status fosse obrigatório!!
##Verificar. Maioria digitada pelo Gabriel, na mesma semana de agosto na linha K. 
##Um padrão interessante. Brigou com a namorada?!

n.parc=table(peic10$parcela)
mean(n.parc)
max(n.parc)
min(n.parc)
sd(n.parc)
hist(n.parc)

## temos uma parcela com 104 registro e outra com 398
## incluir ambas para fazer checagem no campo, ambos os valores estão muito fora da media, mas principalmente o que tem quase 400 (dobro)

## VIVAS EM 2009 
table(peic10$status09)
peic10a=peic10[grep("A", peic10$status09),]
sum(peic10a$fuste==1)
sum(peic10a$fuste>1)
## JU aqui os dados com fuste 1 vivo em 2009 somam 40002. 
##No seu problema os dados tinham menos fustes... o que fizemos de diferente? 
## RESPOSTA JU: os meus dados têm menos porque já havia feito seleção de dados válidos, retirando dbh, x e y com NA... 
str(peic10a)
peic10a$arvfuste[duplicated(peic10a$arvfuste)]


 [1] "50803_1"  "1203_1"   "1205_1"   "2345_1"   "470_1"    "896_1"   
 [7] "1133_1"   "54007_1"  "54008_1"  "1321_1"   "1825_1"   "2488_1"  
[13] "168_1"    "2645_1"   "5621_1"   "6537_1"   "6537_2"   "6537_3"  
[19] "364_1"    "2724_1"   "6195_1"   "6517_1"   "5996_1"   "6574_1"  
[25] "7002_1"   "56938_1"  "6828_1"   "8189_1"   "58706_1"  "58707_1" 
[31] "64548_1"  "8099_1"   "9479_1"   "9481_1"   "9489_1"   "9491_1"  
[37] "9493_1"   "52646_1"  "20821_1"  "21199_1"  "21355_1"  "21357_1" 
[43] "5331_1"   "69479_1"  "23167_1"  "62674_1"  "23098_1"  "23269_1" 
[49] "63300_1"  "21525_1"  "24543_1"  "5490_1"   "23472_1"  "70042_1" 
[55] "24506_1"  "5531_1"   "5531_2"   "112050_1" "114274_1" "112400_1"
[61] "112400_2" "112449_1" "74103_1"  "4883_1"   "50315_1"  "3418_1"  

peic10af=peic10a[peic10a$fuste==1,]
str(peic10af)
peic10af$arvfuste[duplicated(peic10af$arvfuste)]

#Ju, todos esses números acima são fustes duplicados com status "A" ou "AS". Esse deve ser o problema... Veja se consegue resolver os conflitos logo para verificarmos se é isso mesmo! Quando a função area basal  transforma o número da placa em fator ocorre a perda de dois indivíduos que devem ter 
#Resposta Ju: acontece que esses fustes são de fato duplicados, não é erro de digitação mas sim erro de coleta de dados ou problema de tags duplicados no campo... 

1. Função para criar os códigos das espécies

• spcode2010.r

2. Script para ajustar as coordenadas das árvores para a parcela toda

• minxy.parc.r

Primeiro levantamento de problemas, já estou trabalhando neles e postarei uma versão corrigida do banco de dados em Dados em Uso quando a versão acumular algumas alterações — Gabriel 2011/06/07 18:30. Vou especificar aqui todas as modificações para que fique registrado e não voltem problemas já resolvidos.

1. Padronização dos indivíduos sem identificação: há registros 'entra dados', 'Indet', 'Morta', etc. → Todos como Indet
   • As coletas dos indivíduos sem identificação foram iniciadas em 17/05/2011. Link para log das conferências de campo aqui
2. Samambaiaçus com nome padronizado: no campo com o Renato em nov/2010 e posterior confirmação com especialista indicou que ocorre apenas uma espécie de Samambaiaçu e a espécie é Cyathea microdonta. OBS: nem todos os indivíduos foram observados, mas supõe-se que todos sejam a mesma espécie.
3. Na coluna Familia, padronização de todas não identificadas para “A_indet”.
   • Os campos encontrados foram “Entra dados”, “Morta”, “NA” e campo vazio.
4. Na coluna genero, padronização de todos não identificados para “Indet”.
   • Os campos encontrados foram “entra dado”, “Morta” e campo vazio.
5. Na coluna specie, padronização de todas não identificadas para “Indet”
   • Os campos encontrados foram “entra dado”, “Morta” e campo vazio.
6. Erro de digitação para alguns indivíduos no campo Familia, Rubiacea foi corrigido para Rubiaceae
7. Geonoma sp. é Geonoma schottiana, corrigido.
8. Gênero Geonoma com espécie “Indet”, corrigido para Geonoma schottiana.
9. Coluna eg_campo2009 padronizada
   • todos os nomes em caixa baixa
   • todos os nomes padronizados (du/edu=eduardo, junior=juninho, jualdo=ivaldo, edson=edison)
10. Coluna digita_2009 padronizada, nomes começando com maiúsculas.
11. Conferências e correções de identificações feitas em campo pelo Renato em nov/2010 foram incorporadas.
12. Células vazias preenchidas com “NA” nas seguintes colunas: dataCol_2004 , alt_05 , pom_09 , alt_09 , codigo09 , nomevulgar , obs_09 .
13. Ind. 50803: a coluna pom_05 estava com a data de coleta de 2004, corrigido.
14. Ind. 76329: a coluna dataCol_2004 estava com o gênero, corrigido para “NA”.
15. Coluna dataCol_2004 padronizada: 7-Jan → 07/01/2004, 1-Jul → 01/07/2004 , 2-Jul → 02/07/2004
16. Incorporação de dados de mapeamento e DBH corrigidos na linha A.
17. fechamento desta versão em 02/07/11

Nova versão

1. Padronização dos nomes de cataia, todas como Pimenta cf. pseudocaryophyllus.
2. ind. 63954 tinha fuste 0 (zero)! corrigido.
3. coluna “codigo09” padronizada:
   1. NE's checados e mantidos apenas na coluna “status09”
   2. todos os códigos separados por “;”
   3. M's checados e mantidos apenas como D na coluna “status09”
   4. A's redundantes com a coluna “status09”, excluídos.
   5. NA's excluídos.
   6. NC = não coletada, excluído.
4. NA's substituídos por células vazias.
5. Espécies “sp.” trocadas por Indet. (exceto Myrcia sp., que é uma espécie só.)
6. Nomes científicos na coluna “nomevulgar” que eram redundantes foram excluídos.

1. TAGs duplicados
   1. O indivíduo em duplicata foi selecionado conforme as seguintes características:
      • sequência dos números na parcela distantes ao número duplicado;
      • ausência de dados no censo de 2009(indivíduos constava no status09 como NE ou D).
   2. O indivíduo em duplicata foi renumerado com os seguintes terminais:
      • arv/arvfuste.1
        • provavelmente, o mesmo indíviduo foi mapeado duas vezes;
        • o status09 do indivíduo foi alterado para E (excluído);
        • na planilha de dados, essas situações tem como código TDE ( Status & Códigos) - coluna “codigo_2012”.
      • arv/arvfuste.9
        • provavelmente, são indíviduos distintos, porém com o mesmo tag;
        • o status09 do indivíduo não foi alterado;
        • na planilha de dados, essas situações tem como código TDA ( Status & Códigos) - coluna “codigo_2012”.
2. Alteração do status09 para indíviduos encontrados vivos (A) em 2011/12 e que anteriormente estavam como NE ou D.