LabTrop - projetos:planaltopaulista:restrito:cris

agora_o_glm_mesmo

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:59+00:00

O primeiro GLM para Rudgea: variável resposta = abundância Começando pelo modelo mais completo mod.1 <- glm(abund ~ dossel * serap * adultos * flor, family=poisson, data=dados) Resultado summary(mod.1) Call: glm(formula = abund ~ dossel * serap * adultos * flor, family = poisson, data = dados) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -5.4908 -1.4717 -0.3059 0.7598 7.9097 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|…

ajuste_dados

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:52:00+00:00

Calculando as transições Este script e ainda experimental para o calculo das transicoes. ### Preparando os dados o cálculo das transições ### #Estes procedimentos foram preparados para uma planilha típica de dados de demografia de árvores, onde as linhas são os indivíduos e as colunas as medidas tomadas, sendo que repetições temporais da mesma medida representam colunas diferentes. #O indivíduo pode ter uma das seguintes medidas: DAP(diâmetro à altura do peito), para plantas com DAP até 70mm…

analises_guapira

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00

Análises Guapira Aqui estão os arquivos para as análises matriciais de Guapira. Certamente muita coisa poderá ser melhorada, pretendo tornar os códigos mais gerais e todas as sugestões são bem-vidas. O Paul, pós-doc do Emilio está conseguindo fazer grandes melhoras no código dele, conversamos um pouco sobre isso. Assim que as coisas melhorarem de tempo pra mim vou ver isso.

analises_rudgea

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:59+00:00

Análises Rudgea Aqui estão os arquivos para as análises matriciais de Rudgea. Workspaces Scripts

antiga

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Funções Matriz Antigas Versão atualizada ja antiga A última última versão da função é de 22 de abril de 2010 e provavelmente não a última * * [Comentários ALe] Boot Lambda * Cris, acho que consegui fazer a rotina bootstrap para o lambda. Ainda precisa ser testada confrontando as estimativas com o popbio. O resultado é um vetor com um conjunto de dados de lambda bootstrap, para estimar o intervalo de confiança basta usar o seguinte comando no objeto resultante da função:…

arquivosantigos

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Arquivos antigos Nesta página são mantidos os arquivos antigos de todos os capítulos. Versões antigas das planilhas Planilhas de demografia * - em relação ao arquivo de 11 de janeiro de 2009, foram alterados: * campo status vazio: plantas que estavam com código

artigo1

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00

Manuscrito 1: desempenho de plântulas Andamento dos trabalhos 14 outubro de 2010 Manuscrito enviado para Emilio, após incorporação de parte das sugestões do Ale. 12 outubro de 2010 O Ale solicitou umas planilhas e informações sobre a sobrevivência das plântulas das duas espécies. São elas:

cap1

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Capítulo 1 23 abril de 2010 Versão corrigida do capitulo Ale * * * Fragmentação e a estrutura de populações Perguntas * Os fragmentos podem ser ordenados por estádio sucessional/grau de alteração com base na sua estrutura (densidade, área basal, altura do dossel, número de plantas com caule múltiplo, área basal de

cap2

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:57+00:00

Capítulo 2 Dinâmica populacional - modelos matriciais Testaremos a hipótese de que as espécies apresentam diferenças na dinâmica populacional conforme o estádio sucessional da floresta. Perguntas Questões a serem respondidas para cada espécie:

cap3

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00

Capítulo 3 Desempenho de plântulas 23 abril 2010 Versão corrigida Ale * * * Pergunta Plântulas de espécies arbóreas tolerantes à sombra apresentam desempenho diferencial (medido através da abundância, taxas de crescimento e sobrevivência/mortalidade), conforme as combinações de diferentes condições de abertura do dossel e profundidade da camada de serrapilheira, encontradas em fragmentos florestais secundários?

comentariosale15set09

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Comentários do Ale sobre a versão de 15 de setembro de 2009 Alê terminou uma primeira fase das funções. Além de construir as matrizes de transição normal e com taxas vitais, há agora uma função para rodar as análises de autovalor e autovetor, retornando o lambda, estado de equilíbrio(stable.stage), sensibilidade, elasticidade, valores reprodutivos e razão de amortecimento (damping ration).

comentariosale17fev2010

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cronograma

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:59+00:00

Cronograma de atividades EM PROCESSO DE ATUALIZAÇÃO!FIXME Capítulo Etapa Detalhes Data da conclusão Plântulas última coleta encerramento da série temporal 5-9/10/2009 Plântulas análises GAP Light conferência fragmentos analisados pelo Gabriel

cronogramareunioes

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Cronograma de reuniões Data Assunto Detalhes a serem discutidos 06/08/2009 Exame de qualificação: preparação Conversa sobre a postura no exame 11/08/2009 Exame de qualificação: como foi Conversa sobre as sugestões da banca e definição dos capítulos da tese

discussao

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distrdiametros

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duvidas

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funcoesmatrizes

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funcoesr

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00

Funções R Nesta página são mantidas as versões mais atuais das funções. Para versões antigas acesse: arquivosantigos 1. Preparação de dados a partir da planilha de campo 1.2 Preparação dos dados para análises dos modelos matriciais Este script foi escrito para gerar os dados a serem utilizados nas análises dos modelos matriciais a partir da planilha disponibilizada para tal

funcoesr2

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:52:00+00:00

Funções Arquivos Arquivos das funções construídas pelo Ale: Atual Pacote popbio Artigo sobre o pacote popbio:

funcoesr3

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Funções FUNÇÃO abasal.parcela --- Alexandre Adalardo 2009/11/09 14:48 Resolvido problema diagnosticado em 08 nov. 2009, segue o RDATA e a função reformulada: --- Cristiane Jurinitz 2009/11/09 15:18 Também testei e agora o cálculo está correto. Teste da função - 08/11/2009

glm_s

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inspecionando_as_relacoes_entre_as_variaveis

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manuscrito1

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00

Dinâmica populacional: modelos matriciais Análises Guapira Análises Rudgea

manuscrito2

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:59+00:00

Manuscrito 2 Desempenho de plântulas rudgeaglmbn Agora o GLM mesmo Inspecionando as relações entre as variáveis Relação entre a sobrevivência e o tamanho das plântulas Resultados dos GLM's para Rudgea GLM's

ordenacao

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parametrizacoes

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planilhasatualizadas

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00

Planilhas atualizadas Cris, nossos nomes de colunas continuam dando problemas, vc. precisa se ajustar ao meu padrão, ou as funções não vão rodar. Toda vez que começo a fazer os arquivos desde o início tenho problemas. O PADRÃO É AQUELE DO SCRIPT PREPARA.DADOSALE4 FEV2010.R

relacao_entre_a_sobrevivencia_e_o_tamanho_das_plantulas

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00

relatorio1auxilio

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:52:00+00:00

Relatório 1: dezembro de 2007 Parecer FAPESP [Parecer FAPESP] Versão final [Relatório 1] [Lista anexos]

relatorio2auxilio

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00

Relatório 2: janeiro de 2009 Parecer FAPESP [Parecer FAPESP] Versão final Da mesma forma que o relatório da Bolsa, essa versão foi elaborada em capítulos, sendo reformuladas a apresentação, as respostas ao acessor e anexados oo TCC do Marcel e o Projeto de IC da Juliana.

relatorio3auxilio

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:59+00:00

Relatório final: dezembro de 2009 Estrutura do relatório científico final * apresentação com os resumos do que foi feito em cada relatório (acho que não serão necessárias respostas ao parecer - mostrar parecer) * capítulo 1 nos moldes da tese e com a seleção de modelos pra diâmetro X um capítulo de comunidades mais descritivo (acho que não há tempo

relatorio3bolsa

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Relatório 3: dezembro de 2008 Parecer FAPESP [Parecer FAPESP] Versão final [Apresentação] [Capítulo 1] [Anexo 1] [Capítulo 2] [Capítulo 3] [Capítulo 4] [Considerações finais] Análise dos dados discussao resultados1

resultados_dos_glm_s_para_rudgea

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resultados1

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00

reuniao06nov2009

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reuniao11nov2009

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:59+00:00

reuniao30out2009

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:59+00:00

rudgeaglmbn

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start

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00

Doutorado Cris Manuscritos para publicação Manuscrito 1: desempenho de plântulas Manuscrito 2: estrutura das populações Manuscrito 3: dinâmica das populações Tese VERSÃO FINAL (postada em 10 de junho e 2010): [capa e índice] [corpo tese] [versão parcial (para gravar no CD)] Capítulos Capítulo 1: Fragmentação e a estrutura de populações Capítulo 2: Dinâmica populacional - modelos matriciais Capítulo 3: Desempenho de plântulas Planilhas de dados planilhasatualizadas arquivosantigos F…

taxas_de_crescimento

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-27T13:51:58+00:00