http://143.107.246.201:8081/labtrop/ 2026-04-23T08:53:01+00:00 http://143.107.246.201:8081/labtrop/ http://143.107.246.201:8081/labtrop/lib/exe/fetch.php?media=wiki:logo.png text/html 2026-03-27T13:51:48+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:analises&rev=1774619508&do=diff Análises Fecundidade IPM Filogenia Códigos text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:barcoding&rev=1774619507&do=diff Barcoding * Lista espécies faltantes para coleta do Barcoding (pós checagem do Renato) Abarema langsdorffiiAstrocaryum aculeatissimumCordia sellowianaFicus eximiaFicus organensisFicus pulchellaIxora sp.Malouetia arboreaMiconia cf. pusillifloraMiconia saldanhaei text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:bibliografia&rev=1774619507&do=diff Referências Bibliográficas Matrizes * Zuidema, P. A., Jongejans, E., Chien, P. D., During, H. J. and Schieving, F. (2010), Integral Projection Models for trees: a new parameterization method and a validation of model output. Journal of Ecology, 98: 345–355. doi: 10.1111/j.1365-2745.2009.01626.x text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:boneco&rev=1774619507&do=diff Boneco da Dissertação * [Versão 31/03/2013] * [Comentários e Correções Ale 02/04/2013] Resultados Suplementares Discussão text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:codigos&rev=1774619507&do=diff Códigos no R IPMs, filogenias e sinal filogenético Este é o código para geração dos IPMs, para as duas filogenias e para o teste de Mantel. Aqui também encontram-se os arquivos necessários para gerar o output do código, e a área de trabalho após rodar o código (um pouco demorado). text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:disc&rev=1774619507&do=diff Tópicos para a discussão * A melhor definição da hipótese filogenética (árvore molecular) não mostrou diferença no sinal filogenético encontrado. * O número de espécies amostrado pode alterar o sinal filogenético e portanto, a resposta à pergunta deste trabalho. É importante trabalhar com filogenias mais completas. text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:fecundidade&rev=1774619507&do=diff Determinação da Fecundidade A FECUNDIDADE É PROVAVELMENTE O “CALCANHAR DE AQUILES” DO PROJETO Agosto 2012 Decidi estimar a fecundidade aspenas com o recrutamento e mortalidade de plântulas nos censos da Mari. Isso é uma superestimativa, já que não temos os dados de mortalidade até os indivíduos entrarem no censo dos adultos (>10mm DAP). Outra opção seria usar o recrutamento dessa classe, porém só temos os dados de >50mm para os dois censos. text/html 2026-03-27T13:51:48+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:filogenia&rev=1774619508&do=diff Filogenia Através do phylomatic, construi a arvore filogenetica das 42 especies para as quais temos a chuva de sementes (e portanto é possivel estimar a fecundidade). Usei o algoritmo que cria uma arvore baseada em Davies et al. 2004, que usou o gene de plastideo rbcL. A partir de Wikström et al. 2001 retirei as idades dos nos da arvore (ancestral comum dos taxons terminais). As idades dos braços (branches) sao necessarias para o calculo do sinal filogenetico. text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:ipm&rev=1774619507&do=diff Integral Projection Models (IPMs) Pacote IPMpack para o R de Jessica Metcalf e Sean McMahon de January 20, 2011 * Problema 1: a coluna de dbh do segundo censo deve se chamar sizel com L e não size1 com o número 1. * Problema 2: definição da coluna 'surv' não deixa claro se status A=0 e D=1 ou D=0 e A=1. Mais sensato: A=1 , D=0. text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:projeto&rev=1774619507&do=diff Projeto BASE TEÓRICA (INTRODUÇÃO) * A Ecologia pretende entender os padrões de diversidade e os processos que geram e mantêm esses padrões * Importante olhar para diversidades funcional e filogenética * Sob movimento browniano, é esperado que as espécies que divergiram a menos tempo sejam mais parecidas. text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:ressup&rev=1774619507&do=diff Resultados suplementares Reunião 04/04/2013 Sugestões do Ale para novas análises: * Análise de sensibilidade para diferentes cortes no número de indivíduos que sobreviveram até o segundo censo (eu havia feito um corte para populações com mais de 5 indivíduos sobreviventes). Sugestões de cortes: >5, >20, >50 e >100 indivíduos. text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:reunioes&rev=1774619507&do=diff Reuniões Início do Mestrado: 17/02/2011 Reuniões Ale 08/03/2012 Reunião rápida, definimos o que preciso trazer para a próxima reunião: * Uma apresentação (no wiki ou powerpoint) com a pauta da reunião, que deve incluir: * diagnóstico de como está o andamento do projeto; text/html 2026-03-27T13:51:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) http://143.107.246.201:8081/labtrop/doku.php?id=projetos:pp_peic:restrito:gabriel:start&rev=1774619507&do=diff Mestrado Gabriel Projeto Barcoding Reuniões Análises Referências bibliográficas Boneco da Dissertação Dissertação: versão antes da banca: ARQUIVOS ---------- [Gabriel, em 10 out 2009 - Projeto] [Comentários da Cris (12_out_09)] [Projeto Final] ---------- DOCS FUSP [Plano de Pesquisa] OLD... O arquivo newick tinha um terminal a mais. Isso está acontecendo sempre. Retirei o últim “( )” junto com o nome do último nó e ele funcionou.